高等教育资金依赖于政府，从政治学的角度分析，随着20世纪以后“国家主义”盛行，政府更是作为一种不可忽视的力量参与到大学的管理当中并延续至今。从经济学的角度分析，高等教育作为一种“准公共产品”势必与政府有着千丝万缕的联系，政府有责任为大学的生存提供基本保障。由于我国大学长期依赖行政性、指令性的资源配置使大学的话语权、自主权缺失，“象牙塔”的光环日渐失色。[1]
而“双一流”战略的建设与推进需要创新资源投入机制，防止形成新一轮的高校对政府的资源依赖。政府推行重点建设政策的初衷为通过资源的集中投入，为中国顶尖大学冲击世界一流大学提供充足的资源保障。然而在运行过程中，却加剧了高校对政府的资源依赖，使得资源投入的应有效益难以发挥。这与重点专项拨款在高校经费中所占比例过高及重点项目的不稳定性与不透明性密切相关。“双一流”采取绩效拨款的方式进行投资建设。《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》指出，要“创新财政支持方式，更加突出绩效导向，形成激励约束机制”。绩效拨款方式有利于唤起高校办学的质量意识，激发高校提高办学经费的使用效率。然而，“双一流”建设在按照“以绩效为杠杆”原则进行投资时，必须考虑到绩效评估及基于绩效评估结果的资金分配机制可能产生的负面效应。作为最先开展科研绩效评估的国家，英国高等教育拨款机构对大学已开展7轮科研绩效评估。经过近30年来的大学科研绩效评估，英国大学之前相对自治的学术场域已经遭受了外部规制力量的干预、侵蚀和渗透。
在这种新的学术激励结构下，学者要想在学术场域中生存和发展，就必须在科研评估中取得更好的绩效。这种“绩效主义”和“管理主义”笼罩的学术场域内，学者可能逐步失去选择研究主题、研究方法和研究进度方面的自由，更重要的是学者们追求学术、探求真理的动机日益被外在的、功利的激励机制所遮蔽。由绩效评估所带来的规制力量及其内隐的“理性的自负”，在一定程度上对于学术空间的持续扩展存在潜在的负面效应。[2]因此，需要注意绩效拨款的应用限度，合理地确定固定拨款与绩效拨款的比例，防止形成高校对政府及拨款机构的过度资源依赖，以免产生资源投入与资源依赖的“摩擦效应”。“双一流”建设应使高校在获得办学资源的同时，不为行政资源依赖问题所困。(www.xing528.com)
对于政府来说，规划国家范围内的资源分配和不同类型高等教育机构之间的分工本身是可取的，而且是对学术自治的必要限制。但过度限制自治权对于长远发展是不利的，因为高校内部一定程度的学术自治可以更好地促进高等教育的发展。纵观我国高等教育财政拨款体制的发展历程，主要经历了计划经济时期的中央统一财政和市场经济体制时期的分级财政分级管这两个阶段。但无论是哪一阶段，中央政府和地方政府都直接左右着高校的财政经费拨付。这种“政府－高校”单向的资金拨付过程，使得高校严重依赖政府的财政分配，导致高校发展极受限制。因此，有必要设置一个中介机构，在政府和高校之间充当润滑剂的作用，缓冲二者的关系。既能代表高校的共同利益，又能传递政府的声音，成为高校与国家之间的双向管道。一步步完成由“政府－高校”二元机制向“政府－中介机构－高校”三元机制的转变。如今高等教育愈发普及，成立高校基金委员会这类中介组织能有效起到缓和政府与高校之间资源分配的冲突，提高高校财政资金使用的能动性和自主性，并应对其恰当地增能赋权，用以打通高校及政府的藩篱。[3]
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