第一，绩效拨款制度设计和实施的前提首先应该是高等院校的类型化。高等教育绩效拨款模式的选用是绩效评价方式在我国高校评价实践中的具体运用，其将整个绩效指标体系分为“投入”和“产出”两个视角予以划分，并且比较倾向于从“产出”这一视角对绩效指标体系予以构建。然而，这一绩效评价指标体系的架构会面临众多困难：如高校层次和类型呈现多样化、高校发展定位和方向具有差异性、高校发展规模和需求呈现层次化，难以运用具体统一的指标体系来对这些高等院校的“投入”和“产出”的绩效作出评价。
就高等院校的本质而言，追求知识、探索发现和培育人才是其最根本的价值目标。基于此，政府在对高等院校进行绩效评价进而实施拨款之时，其评价的根本出发点和落脚点要以是否有利于提高教育质量和提升教育水平为重。[13]然而高等院校的总体绩效又是极其复杂且难以衡量的，因为针对高等院校绩效之界定和评价方法本身就是存在较大争议的两个问题，而且理论和实践中有很多建议在设置评价指标时并未对高校的类型差异予以充分考虑，评价指标具有单一性和无差异化，而这种绩效评价指标体系的使用必然与高校目标的模糊性、产出的不确定性等特点相冲突，进而引起高校的抵制情绪也在所难免。因此，如要构建一套合理的高校分类评价管理指标体系，首先就要对不同层次的高等院校进行合理化分组。我国高等院校的数量非常庞大，有近3000所，而且类型多样可以分为重点高校、普通高校、高职高专等。按照不同的标准可以将其划分为不同的种类。如按照其管辖政府级别的不同，可以将其分为部属高等院校和省属高等院校；按高等院校发展定位的不同，可以将其划分为研究型、教学研究型和教学型三种不同类型；按照学位授予权的差别，又可以将其划分为博士学位授权高校、硕士学位授权高校和仅授予学士学位的普通高校；按照国家重点建设项目名单所属不同，又可将其划分为“985/211工程”高校和非“985/211工程”高校。综合而言，不同层次不同类型的高等院校，在战略发展定位、人才培养目标、发展基础层级等方面的不同，必然致使其在经费收入和支出结构方面也会存在差异。因此，要进行绩效拨款必须要对高等院校进行类型化分类。
第二，绩效指标体系的构建应该坚持一种多元化的参与机制，以平衡不同类型高等院校之间的利益。毋庸置疑，绩效指标体系的构建是整个绩效拨款制度的重点和难点，毫无疑问也会是所涉各方利益主体博弈的关键点。如何融合和平衡各方主体之利益诉求，进而保证拨款制度制定的合理性、完备性和可实施性，则显得尤为重要。[14]多种利益诉求之冲突必然需要多元化的参与机制，以充分满足各方利益诉求，从而实现利益平衡。因此具体绩效指标的选择要充分考虑不同层次不同类型高等院校运行的实际特点。制度制定者在对高等院校进行合理类型化的基础上，应对不同层次不同类别的高等院校采取不同的指标权重，不仅要在统一指标评价的基础上突出效率目标，而且还要通过对实力较弱的高等院校进行特定指标的加分、加权，进而对绩效拨款方案所造成的倾斜予以调整以突出对公平目标的追求。除此之外，在不同绩效指标的权重安排上，还可以采取一种相对灵活、平衡的解决方案，以使各高等院校能够根据自身的实际情况给自己赋分。而此种安排的合理性必须依赖于一种多元化参与机制的设置，只有在这一机制下实现多方利益主体的平等对话，才能设计出让各方都接受的技术指标和权重安排。
通常而言，比较完善的绩效评价指标体系应当包含四个方面的指标：投入指标、过程指标、产出指标及结果指标。其中投入指标关注的重点应该是所投入资金的结构安排，具体到高等教育方面便类似于基本支出预算、项目支出预算等；过程指标关注的重点应该是高等院校对所拨付之资金进行分配及使用时是否合理，如教学和科研资金分配比例和数额是否合理等；产出指标则更为关注对所拨付资金的使用效果，如高等院校培养出毕业生数、学生就业数等；结果指标通常是开展绩效评价的最重要的依据，关注学校在战略规划实施过程中所产生的成绩和亮点，这些成绩和亮点并不只是通过财政性的数据来呈现，其更为关注高等院校整体地位的提升。如高校在社会声誉、毕业生质量、科研产出、社会贡献率等方面的突出表现，鼓励高校提供对学校办学绩效起到积极影响的、能够全面反映和证明学校办学绩效的材料。[15](www.xing528.com)
第三，高等教育绩效评价体系的建构应坚持以战略管理理念为指导的设计思路，并以循证为依据不断完善评价指标体系。对高等院校开展绩效评价的主要目的是为了提高高等院校的办学质量和办学水平的提升，而战略管理理念对高等院校的整体发展和教育质量的提升起着非常重要的引领作用，将高等教育绩效评价体系聚焦于高等院校的战略管理层面，把高等院校的战略管理作为提升其办学质量和办学水平的重要杠杆。在此基础上，又把高等院校的战略定位和发展目标的确定作为绩效评价的重要关注点之一，通过评价学校所采取的战略举措以及战略目标的实现程度来衡量高等院校的办学绩效。[16]如此将战略管理理念融合到高等院校之发展和高等教育绩效评价体系双主体之中，以实现二者之互动提升。当然，高等教育绩效评价不应该拘泥于或受制于建构一个完全统一的指标体系，而是要建立多种绩效评价指标体系并存的评价模式，依靠多种评价体系而使绩效评价最终更加趋于合理化。同时要尽可能充分利用社会或政府现存的对高校的评价结果，即充分利用已有的一些比较有影响的对大学的社会评价结果，也可以参照省级及以上教育行政部门的各项评价结果，对高校进行二次评价。[17]
除此之外，还要注意绩效评价的核心目标是高等教育的整体性发展。一方面，“整体性”是指政府对高等教育开展绩效评价的目的之一是提升高等教育的整体水平和系统发展，这一整体性内含每一所高校的个性化发展。而每一所高校的个性化发展，在于将质量改进作为持续的追求。另一方面，“整体性”还指高等教育的发展还要和整个经济社会发展相协调。[18]与此同时，绩效指标的设计必须有较强的实践性或可行性，不仅包括指标设计及评价上的可行性，还包括政府财政预算上的可接受性、获取各项指标所花费成本以及实施绩效拨款占全部高等教育财政的比例[19]。
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