根据制度逻辑之基本理论，制度逻辑的冲突主要表现在两个方面：一是制度价值与目标之间的冲突，二是制度制定参与群体相互之间的冲突。首先看制度价值与目标之间的冲突。美国学者伯克（Burke）的研究发现，以绩效为导向的拨款制度至少在效率、质量、公平和选择这四种不同的制度价值目标之间会产生冲突。[5]市场化政府逻辑对于高等教育的经济价值更为重视，在此种逻辑指导下通过鼓励竞争进而激励高等教育的产出和绩效才是其关注之核心。而在此种制度逻辑的作用之下，高等教育的效率和选择必然会成为以绩效为导向的拨款制度的首要目标。而就高等院校自身固有定位而言，追求高等教育的效率和产出只是其目标之一，除此之外，高等院校作为知识的生产者和传授者更为重视自身声誉之提高，以此才能巩固其自身之合法性存在，因此其必然会以高等教育的质量作为最重要的价值追求。而社会逻辑则更为关注高等教育资源在不同群体之间的分配是否合理这一问题，因此此种逻辑的首要价值应该是公平这个制度目标。三种制度逻辑不同的价值目标追求，必然导致公平、效率、质量和选择这四个制度目标常常带有冲突性，从而进一步导致以绩效为导向的拨款制度制定和实施过程显得更为复杂多变。[6]
其次是制度制定的参与群体之利益和意识形态之间的冲突。以美国伊利诺伊州高等教育绩效拨款制度的制定和颁布为例，往往存在着三大参与群体：一是由政府及其代理人所组成的高等教育绩效拨款制度的倡导者联盟，基于其固有的身份权威和高等教育经费之负担者之特定身份，其更为关注高等教育效率的提升，因此希望加强对高等院校的问责与控制，进而更倾向于按照市场化政府逻辑提出制定建议和实施策略。二是以高等院校以及其管理者、教师和学生为代表的高等教育拨款制度之目标群体，他们从高等教育之知识价值（知识的生产者和传授者）出发，更为关注整个高等教育质量和水平的提升，进而反对通过运用过于量化的标准去衡量高等院校的绩效，因为高等院校之毕业率和就业率等绩效目标并非其根本的追求方向，而此种建议的主要依据则是大学运行逻辑。三是对于一些以关注弱势群体利益为根本宗旨的社会团体和组织，在他们看来，社会弱势群体之入学机会的均等化才是其关注的核心，此类参与者的行动逻辑依据是社会公平逻辑。虽然各个制度制定的参与者和制度实施的行动者在不同阶段的行为模式和强度会有所变化，但是这三种制度逻辑所左右的参与群体之间的相互冲突及其博弈，终将成为左右高等教育拨款制度结果的重要因素。[7](www.xing528.com)
具体到高等教育绩效导向的拨款制度，大学的运行逻辑与市场化政府逻辑之间不可避免地存在着许多矛盾冲突：一是市场化政府逻辑关心教育的经济功能，推行绩效拨款制度的主要目的是提高大学生产效率和人力资本的投资回报率，为未来经济发展提供足够的高质量劳动力。而大学运行逻辑则认为，促进经济发展只是高等教育的一项功能，如果不关注教育质量而只关注数量和效率，就有可能培养出不合格的大学生。二是市场化政府逻辑强调按照产出来分配资源，它要求大学有明确的、可测量的产出。而大学运行逻辑则认为，大学保持率和毕业率与很多因素相关，比如生源质量、教师质量、学校硬件设施等，并非仅提高行政管理效率就可以解决所有问题。三是市场化政府逻辑倡导学校之间的竞争，但是在大学学位获得率这个问题上，不同定位的学校却难以进行比较。四是市场化政府逻辑认为，应该在保持政府投入不变的情况下，通过大学管理效率的提高、大学之间的竞争来解决产出不足和学费高昂等问题。而大学运行逻辑则认为，大学提供的服务是一种准公共产品，要解决大学毕业生不足、学费高昂等问题，政府的投入必不可少。在政府投入不增加的情况下，既要保证教育质量又要增加教育产出是非常困难的。[8]
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