“基数+发展”是依据往年的教育经费支出结果，而不是依据高等院校教育支出合理的成本分析，而基数的确定往往又缺乏科学性依据，所以就会导致出现一种现象：基数越高的学校所获得的高等教育经费就会越多，即在短期内出现一个成本即收入的函数，恰恰符合了著名经济学家鲍恩的高等教育成本最大化理论[16]，而这就鼓励了高等院校的成本最大化行为，从而不利于学校对教育成本的控制和对教育经费使用效率的提高。除此之外，由于基数本身的确定存在主观性强的特点，因此，在对各高等院校的基数进行确定的过程中，存在某些高等院校能够对拨款决策部门产生相当程度的影响，进而可能导致高等教育资源配置的透明度与公正性存在问题。
伴随着我国高等教育事业的迅猛发展，高等院校对教育资金的需求也呈现出一种与日俱增的态势，“综合定额+专项补助”的财政拨款方式的缺点也随之日益显露，最突出的表现有以下方面：一是高等教育拨款的使用效率不高；二是资源配置不均；三是整体绩效结果较低等问题。综合定额对于高等院校的主要价值就体现在综合性成本经费上，这种拨款方式主要是依据生均定额为基础进行测算的，而生均定额这种测算方式本身的科学性以及实时性，随着该种拨款制度的进一步推进，同样也显现出其存在一定的问题；专项补助对于高等院校的主要价值通常表现为项目经费，分为上级戴帽项目和学校自主申报项目，主要是在基本经费保运行的基础上，大力发展学校的科研教育事业，是高等院校得以进一步发展的经费支持所在。然而这种经费拨款在使用效率以及激发师生创新方面究竟能发挥多大的作用，则是一个值得思考的问题。[17]如随着高等教育财政能力的不断增强，对于高校财政专项资金拨款规模也不断扩大，在某种程度上已成为地方高等院校办学经费的重要来源之一，但此种拨款却存在以下几个主要问题：一是专项资金分配的差异性不明显，没有考虑教学为主型、教学研究型和研究为主型大学之间的差异以及不同层次高校和不同学科专业类别之间的差异，导致各高校由于对近期利益的竞争而忽视办学定位的科学性及长远发展。二是专项资金的预算执行进度缓慢，不仅影响财政资金的使用效率，而且影响高校发展目标任务的完成。三是专项资金的使用有僵化的限制，在一定程度上制约了高校财务自主权。[18]
“综合定额+专项补助”这种拨款模式，基本上属于高等教育拨款与高等院校办学绩效相脱节的拨款方式。虽然在该模式中也会实行公式拨款等方式，但在拨款公式中并未引入绩效指标，参数则过于单一，而拨款方式则过于简单、粗糙，高等教育拨款只与高等教育投入的成本估计与注册学生数相关联，而忽略了其他相关的参数尤其是能够反映资源利用效率的参数对高等院校办学行为的激励作用。而这无法准确地反映出高等院校的实际运行成本，也无法准确地反映出各高等院校之间的差别，更无法准确地反映出我国高等教育实际办学成本的变化规律，因此，国家也无法准确地对不同高等院校的办学活动及其相关功能进行有效区分并据此予以划拨经费。更为严重的情况是，如果只是把在校生数作为唯一的政策参数，那么高等院校所能获得的教育经费就会变成取决于各高等院校的规模，而这在某种程度上自然会刺激某些高等院校盲目追求扩大招生规模，以及片面追求学生教育层次（硕士、博士）的提高。如此一来，各高等院校为争夺有限的高等教育资源，重复性建设行为大量存在，从而造成各高等院校间同质化的局面十分严重，进而影响整个高等教育的办学效率。(www.xing528.com)
不论是“基数+发展”这种拨款模式对于生均成本与规模效益的忽略，还是“综合定额+专项补助”这种拨款模式对于高等院校教学成本的粗略性“核算”以及其他开支项目的简单性估计，都未能准确地反映出对于财政性教育经费使用效率的追求。而后者这种拨款方式往往是按照平均成本而不是边际成本进行资源配置的，明显刺激了高等院校盲目地追求扩大规模，从而导致学科以及专业不必要的重复性设置，即它缺失提供激励效率的有效机制。[19]同时，高等教育拨款如果政治性太强，有时则会使整个拨款脱离社会教育需求，导致经费分配的透明度和公正性的下降，致使财政分配缺乏规范性。[20]
现行的“基本支出预算+项目支出预算”拨款模式中，基本支出预算主要用以维持高等院校的正常教学经费，项目支出预算则主要用以保障高等院校专门的科学研究，这样的拨款设计在某种程度上不仅能够保障高等院校的基本运行，而且对高等院校的持续发展也是有利的。从某种程度上而言，这种拨款模式能够较为有效地解决资金使用效率的问题，从体制上也能够较好地杜绝资金使用的腐败，在一定程度上是适应了宏观体制环境的要求。然而，这种预算模式对解决微观资金的使用效益问题却并无太大裨益，高等院校提高效益的动力可能仍然不会有很大的提高。因为此种模式中的基本支出的核算标准仍然是依赖于生均定额的计算方式，而正如前文所讲，这种计算方式的科学性和实效性仍有待考证。财政生均拨款的问题主要表现在以下几个方面：一是整个教育经费的实际使用效率通过此种拨款模式难以反映出来，这主要是由于其中的“生均成本指标”确定的依据并不是基于预算年度高等院校在校生的实际成本，而是根据前一财政年度年度实际决算的高校在校生成本，并且在制定该指标时通常对价格波动和通货膨胀等因素的影响难以纳入考虑范围。二是国家对于高等院校进行分类支持和发展的目标难以实现。此种拨款方式依据的最主要政策参数仍然是学生，而对于学生所在的学校层次以及学科专业结构对实际培养成本的影响通常不予考虑，与此同时对于不同高等院校办学功能的差异以及不同学科建设任务的差异并未予以重视，进而可能导致各类高校同质化发展现象比较严重。[21]除此之外，在项目支出方面，尤其是上级拨付的项目，对于绩效产出的忽视是这种拨款模式的缺陷所在。[22]总而言之，“基本支出预算”拨款模式仅仅考虑大学运行成本以及当期发展变化所需的支出，具有短期发展的功利性，而未将大学的发展目标与之相联系，并未从长期发展的视角对其予以安排，难以调动大学在人才培养、科学研究社会服务和文化传承与创新方面的积极性，并且使得大学处于一种被动和顺从的发展模式之下，往往为了追求更高的拨款基数而对预算支出产生的效益予以忽略，从长期而言，不利于整个高等教育质量的提升。[23]
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