明朝自立国起就实行专门的军队管理及其运行体系——都司卫所制度，其大概状况如下：一郡设一所，相邻的几个郡设一个卫，郡上面是省级布政司，设立的军事机构为都指挥使司，都指挥使司的上级机构是中央的五军都督府（前、后、中、左、右五军），五军都督府为全国的最高军事机构。虽然被分为“五份”，但在开国皇帝朱元璋看来还不够保险，于是做出进一步规定：五军都督府只管领兵和兵籍管理，没有调兵权；兵部只管军官的铨选与军令；调兵权由皇帝直接安排，“征伐则命将充总兵官，调卫所军领之，既旋则将上所佩印，官军各回卫所”（《明史·兵志一》卷89）。明代人将其概括为：“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而出兵之令……合之则呼吸相通，分之则犬牙相制。”（【明】孙承泽：《春明梦余录·五军都督府》卷30）
这就是说，一旦有战事，某个被任命为总兵官的将领，凭着皇帝的谕令与兵部的手续证明，到都督府下属的卫所去领兵、出征。战争结束时，该总兵官将军队归还给卫所，将印奉还给皇帝。要是没有皇帝的命令，任何领兵的卫所都不能将部队做任何的调动。这样一来，大明的军队始终掌握在皇帝的手中，由此以皇帝为首的中央集权得到了大大的加强。(www.xing528.com)
但即使这样，在明成祖及其子孙看来还不保险，由于永乐迁都北京，将大明首都置于帝国北疆线上，自此而始，皇帝、大明朝廷与北疆军事防御几乎完全黏在一起。正如前文所述的，一旦蒙古草原上响起了阵阵的马蹄声，北京紫禁城里的皇帝老爷就会被惊魂。为了进一步加强北疆的军事控制与防卫，永宣朝廷派出了谭广、薛禄等一批“靖难”英雄与将领充任总兵官，长期镇守北疆重镇，但又不完全放心这些武官，于是派出了宦官进行监军，“（永乐）八年，敕王安等监都督谭青等军，马靖巡视甘肃，此监军、巡视之始也”。洪熙元年，“敕（太监）王安镇守甘肃，而各省镇皆设镇守矣”（《明史·职官三》卷74）。由此一来，大明帝国地方上的主要军事领导由原来的一个变为三个，即都指挥使、总兵官和镇守太监。如果要对这三号人做个归类的话，一是武夫，二是宦官，从整体来看素养都不高，常常会做出出格的事来。为此，大明朝廷已开始注意到向地方上派遣文职重臣——督抚，巡视和管辖地方军事、行政等方面大事，“巡抚大臣受一方之寄”（《明宪宗实录》卷243）。因此说督抚官的设立恰恰能起到监督总兵官武将的作用，史籍记载说：“国初兵事专任武臣，后曾以文臣监督，文臣重者曰总督，次曰巡抚。”（《古今图书集成·铨衡典》卷56）
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