很显然，在崇祯时代担任政府高级官员——尤其是那种负有独当一面重任的高级官员——并不是一件愉快的事情。前面我们业已列举过崇祯朝非正常死亡的高级官员的名单，那一数字或许远远高于中国历史上的其他时代。朱元璋时期，吏治甚严，高级官员常因一点小事掉脑袋。当时的官员每天下朝回家，总要痛饮一番，以庆祝又苟活一日。这事见诸史料，有点夸张。但崇祯朝的高级官员，虽然不至于如此夸张，却也常有朝不保夕之虞。
洪承畴在打定主意决定投降清朝之前，脑子里是否走马灯似的想起过他的同僚们的结局呢？比如熊廷弼，比如王化贞，比如杨镐，比如杨鹤，比如杨嗣昌——这是一个可以继续开列下去的非正常死亡的高级官员的名单，他们要么死于当权者制造的冤狱，要么死于崇祯的一纸诏书，要么死于事败后的畏罪自杀。
但是，与一代名将袁崇焕之死相比，上述官员的死已经算得上非常体面，非常人性化了。
说及袁崇焕冤死之前，我们有必要回顾一个血腥的词语：凌迟。古代中国的刑法，可谓集人类残酷之大成；而凌迟，是其中最令人毛骨悚然者。所谓凌迟，民间通俗地称为“千刀万剐”。要言之，就是把受刑人绑在柱头上，再由刽子手用锋利的小刀，把受刑人身上的肉一小片一小片地割下来。至于这个倒霉的受刑人到底该挨多少刀，这要由有权决定他的命运的人发话。凌迟作为一种刑法，始于五代，那时一般是八刀到一百二十刀。到了朱明，这一数字升级到了一千刀到三千刀。血肉之躯要想承受一千刀甚至三千刀之后才死去，这需要刽子手的精准技术。显然，把死亡的过程拖延得如此漫长，目的只有一个，那就是通过受刑者的极度痛苦来警告世人：若敢作奸犯科，这就是下场。
考诸史籍，历史上最有名的凌迟受刑者大概要数以下三人：
其一，明朝大太监刘瑾。刘瑾被判凌迟三千三百五十七刀，分三天完成。第一天凌迟了三百五十七刀，第一刀从胸部开始，首先割下乳头。晚上，刘瑾被押回监舍，这个浑身是血，身上少了三百五十七片指甲大小肉片的家伙，居然还有心思喝两碗粥。第二天，凌迟继续进行。大约熬不住痛苦，刘瑾大声向围观人群揭发宫中丑事，监斩官只得令人用核桃堵住他的嘴。又剐了几十刀后，刘瑾气绝身亡。
其二，太平天国将领石达开。石达开在大渡河陷入绝境后，主动向清军投降，想用牺牲自己的方式来挽救数万部属的性命。可悲的是，他的部属仍遭到了大屠杀，他本人和几个重要将领被处以凌迟极刑。受刑时，石达开的部将吃痛不过，连连惨呼。原本一声不吭的石达开叹了口气说：怎么就不能忍受这片刻的痛苦呢？你想想要是我们把他们抓住，还不是同样处置！说罢，再不发一言，听任刽子手将他的肉一块块割掉。
其三，就是袁崇焕。那是公元1630年的事情。在明为崇祯三年，在后金为天聪四年。袁崇焕从逮下诏狱到绑赴刑场，其间长达九个月。这九个月的时间足以说明，崇祯一开始并不打算把这位久镇辽东的名将处死，更没想到要施以凌迟。最终，袁崇焕不仅被处死，而且还是处以极度惨烈的凌迟，这又说明，崇祯对袁崇焕的仇恨已达极点——仅仅消灭他的肉体已难消解这位寡恩君王的心头之恨，袁崇焕必须死得很痛苦很难看，崇祯才会稍稍释然。
霜风凄紧的农历八月，北京城的深秋一派肃杀，凌迟袁崇焕的消息早就不胫而走。多次遭受后金军队骚扰的北京吏民无不欢呼雀跃，在他们看来，袁崇焕这个引狼入室的汉奸终于要遭到应有的惩罚了——袁崇焕是被加以勾结后金、阴谋叛逆的罪名被捕的。
袁崇焕受刑时表现如何，史料语焉不详。和他同时代的另一个叫郑鄤的人，也是被凌迟处死的，而关于郑鄤受刑，计六奇的《明季北略》留下了当时目击者的珍贵文字，因而我们不妨从郑鄤的情况来推测袁崇焕的受刑：
二十六日黎明，凌迟郑鄤的圣旨下达了，外面原来猜测的判决并不对。许曦那天很早就过来，一同往西市，也就是民间所称的甘石桥下的四牌楼。天色还早，四周尚无一人，只有一些地方上的工人在据地搭建，竖起一根有横枝丫的木头在东牌坊下。旧规，处斩在西而凌迟在东。篷里则坐着总宪、大理寺少卿等执行的官员。一会儿，行刑的刽子手每人手里提着一个小筐来了，筐里装着铁钩和利刃之类的工具，他们拿出刀和钩，在砂石上磨起来。辰巳二刻，观者如山，房顶都坐满了人，声音嘈杂。郑鄤被押到南牌楼下，坐在一只大筐里，科头跣足，还在对身旁的一个童仆絮絮叨叨地交代后事。旁边观看的人说：都察院还没到，还要等一会儿才行刑。
稍顷，郑鄤从人群中被押进场，看到横木丫，还在好奇地问：这是干啥的？人声鼎沸中，有人宣读圣旨，最后一句的声音特别大，“照律应剐三千六百刀”，上百个刽子手一起高声应和，如同雷震，令人恐怖。炮响后，观者都踮起脚仰起头，好像一下子高了一尺多，拥挤之极，根本看不到行刑，也不知道是如何下刀的。那根有横丫的木头上，有指头大的绳子系在上面，一个人高踞其后，伸手从下面取来血淋淋的东西放到横丫上，众人仔细看时，发现是郑鄤的肝和肺，都不胜害怕。一会儿，绳子又放下来了，这一次挂上去的是郑鄤的人头。人头之后，挂上去的是郑鄤的身子，他的背还是全体，只是被一刀刀地割成了刺猬状。须叟，一个拿着小红旗的人向东边疾驰而过，据说是到宫中向皇帝汇报凌迟刀数的。
到中午，凌迟结束，天亦暗惨之极。回家途中，看到许多购买郑鄤的肉的人，听说是用来作治疮疖药的原料。——一个多年来富有才名的士大夫，竟然一刀刀地零割了给人用作治疮疖的药。二十年之文章气节、功名显宦，竟与参甘皮同奏肤功，亦大奇矣。
《明季北略》对袁崇焕受凌迟记载得较为简略，只记载了两个细节，却是两个令人感慨万千的细节。细节之一，袁崇焕被凌迟到“皮肉已尽”时，还没有断气，“心肺之间叫声不绝”。细节之二，“百姓将银一钱，买肉一块，如手指大，噉之。食时必骂一声，须臾，崇焕肉悉卖尽”。也就是说，这位在辽东为大明王朝呕心沥血的国之干城，最终的结局是被他所保卫的同胞一人一口吃掉了。
如果说刘瑾受凌迟纯属作恶多端的报应，郑鄤也算是事出有因，而石达开造反的确对清廷威胁无比的话，那么袁崇焕的受凌迟则是有史以来最大的冤案。
袁崇焕是广东东莞人——另一说广西藤县人，可能因为生得黑瘦矮小，崇祯曾亲切地称他“袁蛮子”。就像明朝的大多数官员一样，袁崇焕也是通过科举考试进入仕途的。他是万历四十七年进士，同年被授福建邵武知县。万历四十七年之前一年，努尔哈赤发表七大恨宣布与明朝誓不两立，它像一座城市的地标，乃是晚明的标志性事件：对袁崇焕来讲，它意味着这位固执自负的南方人，即便身处远离辽东数千公里外的福建做地方官，却依然在处理钱粮与诉讼之余，对辽东边事无限关注。《明史》称袁崇焕“为人慷慨富胆略，好谈兵……以边才自许”。在偏僻的、远离首都的邵武，他每遇退伍老兵，一定要拉上人家谈谈边塞之事。由于御史侯恂的举荐，知县袁崇焕被破格提拔为兵部职方主事——相当于国防部里掌管疆域图籍等情报的处长。
袁崇焕和熊廷弼都是以进士出身而后接触兵事，他们的个性也有颇多相似之处——对朝廷和君主同样忠心耿耿，也同样极其自负刚烈。如果要找出他们之间的不同，那就是袁的个性比熊还要咄咄逼人。两人的最终结局都是悲剧，袁崇焕的结局尤其是大悲剧，这和他们所处的时代虽然不无关系，但究其实质，他们自身的性格因素也要占很大比重。
有两个关于袁崇焕的细节，可以看出他的处世方式：第一个细节是，天启二年，刚被提拔为兵部职方主事不久，恰好遇到广宁战役中明军大败，朝廷商议派人守卫山海关。袁崇焕得知此事后，单骑前往山海关明查暗访。由于没给兵部首长请假，部里竟不知道这位主事上哪里去了，家里人当然也不知道。过了段时间，袁主事回来向首长表示：给我军马钱粮，我足以守卫此关。第二个细节是努尔哈赤去世时，身为宁远前线最高指挥官的袁崇焕不经朝廷授权，自作主张派人前往吊唁。虽然究其实质，是想借吊唁之机刺探敌情，但后金毕竟是大明多年来的强硬敌对者，没有朝廷的命令而擅自与之互通往来，此乃大忌。
这两个细节可以看出，袁崇焕是一个优秀的实干家，一个行动主义者。这个行动主义者富于理想和激情，却往往为了理想而置游戏规则于不顾。作为体制内的高级官员，他喜欢独行专断，机杼自出。凭借他的才华和一腔报国激情，他也的确干出了一番成效。但他并不明白一个事实，那就是他是个刚愎自用的人，而他的主子崇祯，恰好同样也是一个刚愎自用的人。两个刚愎自用的人成为上下级，当外在形势紧张时，他们或许可能有蜜月。然而蜜月注定是短暂的，转瞬即逝的，互相的猜忌一定会随着时日的流逝而潜滋暗长。这种潜滋暗长的猜忌注定有一天会酿出一场不可避免的大悲剧。
事实正是如此。前面我们说，决定明朝与后金生存还是毁灭的战争有三场半，三场即前文已述及的萨尔浒、沈辽和松山三战，至于半场，即指由袁崇焕指挥的宁远之战。三大战役均以后金（清）的大获全胜告终，而宁远战役则是明朝取胜。只是，宁远战役之所以只能算是半场，乃是明军并没能趁此大好时机，进一步扩大战果。
宁远之战发生于1626年。之前，袁崇焕在辽东经略王在晋手下任职。王在晋提出要在山海关外八里铺筑重关，执行所谓“重关设险，卫山海以卫京师”的战略计划。袁崇焕力谏不可，主张坚守关外宁远，保卫关内。袁崇焕的意见受到了时任兵部尚书孙承宗的认可，孙亲自出任督师，命袁驻守宁远，王在晋被调往南京。细数晚明杰出人物，孙承宗无论如何也要算一个。由于有了孙承宗的支持，袁崇焕坚守宁远的方略得到朝廷认可，宁远城本身的防务也得到了加强。
就在宁远之战前夕，由于阉党的忌恨，孙承宗被以一个体面的方式解除了职务，优旨回籍养病。接替他的是一个叫高第的官僚。高第断言关外不可守，强令诸将统统从关外撤退到关内。作为高第部属，袁崇焕据理力争，但力争没有结果。这一回，没有上次和王在晋力争时那样能幸运地得到朝廷要员的支持。最后，袁崇焕只得表示：我是宁前道，在此当官，就在此死，我坚决不撤。当同僚们都奉高第之命撤回关内后，孤城宁远就像狂风巨浪中的一座孤岛——对努尔哈赤来说，它更像一枚眼中钉肉中刺，必欲除之而后快。
1626年早春，宁远之战爆发了。当是时，后金军有十三万之众，宁远城的明军则不足两万。但决定战争胜负的因素是多重的，军队的多寡只是因素之一。尽管我们不能说意志决定一切，但许多时候，人的意志，尤其是主将的意志的确能对胜负起到关键作用。西谚说，由一头狮子率领的一群绵羊，能够打败由一头绵羊率领的一群狮子。显然，蛮子袁崇焕就是一头意气风发的狮子，他剽悍的人生中浓墨重彩的一笔就是宁远之战。
战前，袁崇焕聚众誓师，他拔出佩刀刺破手臂写下血书，表示决心与宁远城共存亡。得到后金发动进攻的警报后，袁崇焕和几个幕僚，以及朝鲜使者韩瑗一同登上城楼，气定神闲地迎战。他先令守城将士偃旗息鼓以待，等到后金兵进入射程后，一声令下，城上的红夷大炮发出惊天巨响。
依凭坚定的意志和令人胆寒的红夷大炮，尽管后金军队一次次如同海浪般地扑上来，小小的宁远城却像一只永不沉没的航空母舰，后金军队的多次冲锋都被击溃。身经百战的努尔哈赤大为恼怒，他不相信宁远这个弹丸之地能够阻挡自己的十万铁骑，亲往前线督战。然而，宁远城注定是努尔哈赤的滑铁卢，他此生的一次次胜利在这一天走到了尽头：后金军的冲锋又一次被击退。如果说努尔哈赤是一柄锋利的剑，那么袁崇焕就是包容和遮蔽剑的鞘。对努尔哈赤来说，最不幸的事发生了：他在指挥攻城时被红夷大炮的流弹击中，身负重伤。皮肉之伤还不算最重，对一生心高气傲，攻无不克、战无不胜的努尔哈赤而言，宁远之败给他带来的更大打击是精神上的挫败感。几个月后，努尔哈赤郁郁而终。接替他的，是八子皇太极。
原本已决定放弃的孤城宁远，竟然取得了一次大捷，这是明朝的一个意外惊喜，相当于捡垃圾的乞丐原本只想捡几片废纸，却意外地发现废纸中藏着一大叠钞票。宁远告捷的消息传到北京，再一次暴露了这个政权的腐朽和当权者的无耻——按规矩，取得如此大捷，朝廷要奖赏有功之臣，以便彰显朝廷恩义。稍有常识的人都应该明白，功劳最大，从而奖赏最丰的人也理应首推袁崇焕，其次是和他一同坚守宁远的前线将士。但官场的举动往往有悖于常识，因为官场本身就不属于常识所能解释的另一个系统，它有自己古怪深奥的潜规则。
天启下旨说，宁远之战屡挫敌军，并打伤其头目，此乃七八年来绝无仅有。论功行赏，袁崇焕提升为辽东巡抚，另赏银四十两，纻丝三匹。奇怪的是，与此战毫不相干者却得到奖赏最多：首辅顾秉谦晋光禄大夫、太保；次辅丁绍轼和冯铨各加少保兼太子太保，改户部尚书，晋武英殿大学士。最荒唐的是，阉党领袖魏忠贤被认为是此战运筹帷幄的幕后指挥者，被加恩三等，荫其弟及侄一人任锦衣卫都指挥。
更离谱的是接下来的宁锦之战。皇太极即位后，加紧对辽东用兵。这一回，他先攻打锦州，但锦州久攻不下，只好又回兵攻打袁崇焕防守的宁远。宁远是块硬骨头，双方均有一批高级将领负伤。二十余天后，清军无功而返。宁锦保卫战的胜利，再一次给朝廷大佬们带来了升官发财的机会。但这一次袁崇焕不仅没有得到任何升迁，反而被人抓住把柄，不得不辞职回家——宁锦守卫战时，袁崇焕亲自坚守最重要的核心堡垒宁远，没有派兵营救锦州。这原本是他作为辽东主帅的战略筹划，然而早就对他不满的阉党却以他没有及时派兵援锦为由，再加上他曾经派人借为努尔哈赤吊唁之名到后金刺探情报，这些都成为他的罪名。尽管他为了保住自身地位，也曾在辽东为魏忠贤建生祠，却仍然不能得到阉党的“谅解”，袁崇焕只好向朝廷提请病退。
当袁崇焕在军营里黯然神伤地向朝廷写病退报告时，与宁锦保卫战毫不相干的众多官员或升官或得到赏赐，连魏忠贤的孙子也被封为伯爵。兵部尚书霍维华为袁崇焕鸣不平，向天启提出把自己的赏赐让给袁崇焕，这当然只能是发发牢骚，于事无补。
尽管历史不容假设，但有时候我们仍然未免浮想联翩，在给出一个事实上并不曾发生的假设条件后，再推测历史或许可能会呈现出迥然不同的新面目。比如说，假设天启享国不是那么短暂，不是二十多岁就急急忙忙辞世，而是一直活到六十岁。那么，魏忠贤和他的阉党就有可能把持大明朝政长达半个世纪，而作为阉党深恶痛绝的人物之一，只要阉党一日不倒，袁崇焕就一日无东山再起之机。这样，辞官归家的袁崇焕很可能从此远离官场，远离晚明政治旋涡，在老家广东灿烂的阳光下，做一个受人尊敬的致仕官员，过着诗酒相随的平淡却幸福的生活。当然，就既不会有后来名著青史的轰轰烈烈的英雄伟业，也不会有后来惨无人道的千刀万剐。
然而历史没有给出这种假设条件。身体健壮的天启在位才几年工夫，就被夜以继日的花天酒地掏空了身子，二十多岁便一命呜呼。崇祯被推上了历史舞台，成为这个四面楚歌的大帝国的所有者和经营者。与乃兄的不问政事迥异，崇祯过度热爱政治。他以一个理想主义者的姿态接过亡兄手里至高无上的权力时，面对的却是一个烂摊子。
解决来自东北边境的威胁，是崇祯必须解决的最重要问题之一。这样，曾经在辽东干得风生水起的袁崇焕进入了崇祯的视野，再一次面临历史的机遇。当魏忠贤集团这个长在帝国身上的恶瘤刚刚被清除，还远在家乡的袁崇焕一下子成了抢手货——几个月前朝廷的高级官员们还对他不闻不问，现在一窝蜂地争着向求贤若渴的崇祯大力举荐。对此，《明史》用了这样几个字：廷臣争请召崇焕。
崇祯元年（1628）四月，崇祯任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登、莱、天津军务。七月，经过几十天的长途跋涉，袁崇焕从家乡来到了熟悉的北京城。崇祯立即在平台召见，并十分谦虚地向他请教治辽策略。然而，此次平台召问，再次暴露了袁崇焕的性格弱点。他不假思索的豪言壮语，成为日后遭受极刑的诱因之一。
这次著名的平台召见是在崇祯元年七月。崇祯礼貌地和袁崇焕略事寒暄后，就迫不及待地问袁崇焕：建部（指后金）跳梁已有十年，封疆沦陷，辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！袁崇焕回答说：所有方略已另写奏本。臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。(www.xing528.com)
这肯定是第一个被朝廷上下视为能吏的人在崇祯面前为平定辽东定下日期。一听说只要五年时间就能化解辽东大麻烦，被汹汹天下搞得焦头烂额的崇祯喜悦之情溢于言表，一旁陪同接见的内阁重臣们也莫不欢欣鼓舞。然而，也有人对袁崇焕的五年计划表示怀疑，此人就是职位相对低下的兵科给事中许誉卿。他趁崇祯接见中途回后宫休息的间歇，悄悄问袁崇焕：你说五年可以平辽，到底有些什么胸有成竹的方案？袁崇焕的回答大出许誉卿的意料，他不假思索地吐出五个字：聊慰圣心耳！——也就是说，袁崇焕的五年计划，仅仅是为了宽慰崇祯的心。许誉卿大为震惊，提醒袁崇焕说：皇上英明之极，你岂可浪对？到时按期责功，你怎么办？这时，袁崇焕才感到后悔，刚才在皇上面前把牛皮吹大了，皇上肯定以五年为期，到时没能复辽，拿什么来交代呢？
当崇祯再次回到平台时，袁崇焕立即对五年计划提出了相当的条件：第一要户部保证钱粮；第二要兵部保证武器；第三要吏、兵二部保证给他用人上的主动权。对这些近乎苛刻的条件，崇祯都一一应允，并进一步赋予了袁崇焕便宜行事之权，赐给他先斩后奏的尚方宝剑。正是这把令人望而生畏的尚方宝剑，后来断送了袁崇焕的性命，也在某种意义上断送了大明的江山。
现在来考察，袁崇焕的确是晚明时期少见的将才和边才，他的人品和工作能力都无可挑剔。然而，有些时候，业已成为定势的历史潮流，并不因主事者的敬业和忠诚而稍加改变。早在萨尔浒之战以后，大明和后金的攻守之势就已经发生了根本性的变化。袁崇焕的敬业、能干和对朝廷的忠诚，无法动摇这种早已形成的根本性变化，就好比一列高速奔驰的列车，无论我们的信心和决心有多大，我们都没法伸手拉住它。与时代潮流这列列车相比，个人的力量总是过于渺小，甚至渺小到了可以忽略不计的地步。
曾亲历过甲申之变的明季文人张岱在他的著作里对这次平台召问和袁崇焕本人的悲剧性格作出了深入的剖析，他认为：“袁崇焕短小精干，形如小猱，而性格躁暴，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭，而自灭之矣。”张岱的评价略嫌刻薄，却基本符合历史的真实。知识分子出身的袁崇焕尽管久在沙场，过着铁马甲衣的行伍生活，却仍然有着知识分子特有的夸夸其谈、好为大言的特性。这样的知识分子，他们对国家和君主的忠诚无可置疑，对所负责任也竭尽全力——总之，就人品看，他们基本无可挑剔。但他们谈起动荡的天下就涕泗纵横的慷慨激昂，却无法掩盖一个铁定的事实，那就是他们往往有志大才疏的嫌疑。他们过于自信，过于相信自己的忠心与赤诚能够挽狂澜于既倒，却不知道大厦将倾时已是独木难支。
更何况，手捧尚方宝剑，在崇祯热切的期望里远赴辽东的袁崇焕面对的是一个极其麻烦的烂摊子。这烂摊子就像宇宙中的黑洞，足以吞噬一切不小心靠近它的天体。
首先是钱粮。令人难以置信的是，尽管衮衮诸公都清楚要想马儿跑就得让马儿吃草的浅显道理，守卫辽东的将士却长年领不到军饷。无粮不稳，何况是守卫边疆的军队呢？因此，几乎横贯了晚明时期明军军史的主线就是缺饷的士兵不断哗变、逃亡。就在袁崇焕赶往辽东时，辽东最高行政首长毕自肃和总兵朱梅等人被缺饷四个月的士兵抓住后打得血流满面。毕自肃获释后，又气又怕，愤而上吊自杀。袁崇焕到任后，朝廷的确给辽东拨发了部分军饷，但与巨大的开支相比，仍属杯水车薪。袁崇焕不得已向崇祯上书，要求崇祯能把内帑用于辽事，否则兵变还会不断发生。但崇祯最恨大臣们提议动用他的私房钱，哪怕这私房钱是用来保卫他们朱家的江山和朱家的性命。可以想象得出，袁崇焕的提议根本不可能被崇祯采纳，反而在崇祯心里投下了第一道不满的阴影。然而，像历代大忠臣那样怀有道德洁癖的袁崇焕依然我行我素。
其次是坐大于皮岛的毛文龙已成尾大不掉之势。处理毛文龙问题的轻率与专断，乃是对袁崇焕悲剧命运起过重大作用的因素，我们不妨叙述详细一些。皮岛又称椴岛、东江，是位于渤海中的一座长十五里、宽十里的岛屿，它与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分重要。
毛文龙原是杭州的一个无业游民，三十岁时经其舅推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升任到副总兵之职。此后，他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛“遂称雄镇”。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守后，皮岛的战略意义更加突出。应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷——包括对政事一向不感兴趣的天启——都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：“建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处著手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。”也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了。朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙本人，的确由于久镇一方而变得骄横不法。其一，他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军——军中担任要职的，大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛；其二，他虚报兵额二十万，其实不到五万，其他十几万人的军饷，大多数落入他的私囊；其三，他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡和袁崇焕谈天，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之——作为全权处理辽东事务的最高指挥官，袁崇焕在赴任之前就画地为牢式地定下了对付毛文龙的简单处理方法。不难看出，驱使他这样做的，当然不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员。如此草率地加以戮杀，袁崇焕何其失策也。
果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯诉苦，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任伊始，首先对付的竟是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事。它隐约向我们表明，这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉攘外必先安内的信条。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是“不可用”。不可用如何处置呢，那就是像他和钱龙锡说过的那样：杀之。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋。可惜的是，这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，还主动给他送上一大批军饷。紧接着，袁崇焕以阅兵为名，于崇祯二年六月深入皮岛。对此，毛文龙全然不备。当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁当即煽动——毛文龙手下将领全都姓毛，有的本是毛文龙子侄，有的则是改姓依附——说：你们都姓毛，是出于不得已。像你们这样的好汉，哪里用得着这样。我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸。你们受我一拜吧。毛文龙手下将领对袁崇焕一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大抵如此。
就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪。不论是现在的我们还是比袁稍后一点的明清人看来，这十二大罪真正沾得上边的不过二三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况，真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了，何苦拼凑这么一大堆呢？过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。被认为是这个帝国最有能力的的袁崇焕也未能免俗。
毛文龙当天即被斩首于帐前，死在他苦心经营了十年的皮岛上。毛的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。处死毛文龙后，袁崇焕继续做了两件和此有关的事，其一是向崇祯报告。崇祯接报后大为震惊，史书上说他是“意殊骇”——虽然此前他赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名被朝廷和崇祯本人均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅“官”命。
然而，崇祯也有他的苦衷，既然他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么，追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙人已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。也就是说，当崇祯迫不得已地下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。
如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路，因为不要说五年平辽，即使五年内守住辽东，不让后金势力进一步渗透都得打上大大的问号。袁崇焕在请出尚方宝剑斩首毛文龙之前，曾当着众人的面向着京师方向叩首请旨：臣今天诛毛文龙以严肃军纪，将领中再有如毛文龙者，必将同样处置。臣五年不能平奴，求皇上也像臣斩毛文龙那样斩臣吧。后来的事实证明，袁宗焕不仅被崇祯所杀，而且比毛文龙死得更为悲惨。史家谈迁总结说，袁崇焕杀毛文龙乃是“适所以自杀也”。
袁崇焕做的第二件事是在返回辽阳途中写了一首诗——未曾杀敌一人而斩自家一将却有心情赋诗，这同样是颇令人惊讶的事。不过，在袁崇焕的这首诗中，他表达的也是我们想表达的，那就是痛心于大敌当前而同室操戈：边衅久开终是定，室戈方操几时休。
以后来人的视角看，袁崇焕的权位在崇祯时代才达到巅峰，但他事业的巅峰却在天启时代就画上了句号。他被认为是名将和边才的最主要依据就是他在天启时代指挥的宁远之战。可以说，他在崇祯时代的二度被重用，根本没能如他和崇祯所愿的那样消弭边患，平复辽东。
事情的发展有迅雷不及掩耳之势。当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率十万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦州，从辽西经蒙古地面，由蓟门一带明军防守的薄弱地带入侵。当皇太极的大军越过喜峰口长城兵临距北京只有两三百里的遵化城下时，袁崇焕才如梦初醒，急忙亲率主力进入山海关增援。
这时的北京早已人心惶惶。崇祯二年十一月初四，也就是袁崇焕星夜驰往关内的前一天，山海关总兵赵率教为免北京被围的困境，在遵化与皇太极激战，不幸战败而全军覆没。次日，也就是袁崇焕大惊之余入关那天，遵化守军崩溃，巡抚王元雅自杀，副总兵朱来同等人弃城逃跑，总兵朱国彦与夫人一同自杀。朱国彦自杀前，把临阵脱逃将领的名字一一书写在案。
几个月前，袁崇焕在平台召问时，信誓旦旦地向崇祯表示五年平辽，刚愎而又多疑的崇祯正是看在这一点上，才对袁崇焕冒失诛杀毛文龙不加计较。而今，不但平辽成泡影，后金大军竟然兵临城下。崇祯气恼之余，还多了一种被欺骗的愤怒。崇祯一面起用孙承宗守卫京师，一面下令调外地军队勤王。事已至此，如果袁崇焕能够及时打退皇太极，估计崇祯虽然仍会对他心怀不满，但多半不至于将他撤职，更不至于下狱。可怕的是，袁崇焕一不小心又犯了个错误——导致他犯这个错误的，不是能力，而是他的忠心。
当时，京城已有谣言，说皇太极此次入侵，是袁崇焕暗中降了后金。袁崇焕从关外星夜赶往京城，他本应在京城以外的通州地面和后金军队决战。没想到他怕北京有所闪失，径直率大军直抵京师门外，并要求军队入城。早就对谣言半信半疑的崇祯自作聪明地认为，袁崇焕果然没有和后金决战的意思。手握重兵的大将要求深入京城，多疑的崇祯哪里信得过？在袁崇焕而言，他以为自己是十足的忠诚，是在为君王考虑；而在崇祯和朝廷大臣而言，袁崇焕不在城外退敌，却想率军入城，谁能保证他真的和后金没有瓜葛？再者，由于不少皇亲国戚和太监都在城外修有别墅，这些别墅大多遭到后金军队的洗劫和焚毁。皇亲国戚和太监们没法找后金讨说法，却可以迁怒袁崇焕：就是你袁崇祯引狼入室才导致了今天的局面！
这时，皇太极仅仅套用了《三国演义》中一个并不高明的离间之计，就使得袁崇焕从封疆大吏一落而为阶下之囚。与其说这是皇太极的高明，不如说是崇祯对袁崇焕的所谓信任原本就是镜花水月。
后金进逼北京前，曾俘虏了几个明朝太监，其中一个地位较高的太监叫杨春。皇太极安排了两个部将在杨春的隔壁高声谈天，有意让杨春听见。杨春果然在隔壁悄悄偷听，两个部将声音越说越低，却也足以让杨春听清楚。一个姓鲍的部将说，今天我们暂时撤兵，那是皇上的计谋。刚才我看到皇上在接见两个人，他们说了很久的话才走，听说是袁督师有密约，那件事不久就可以成功了。第二天，看守士兵故意疏忽，杨春得以成功脱逃。杨春回宫后的第一件事就是向崇祯报告袁崇焕和后金之间有密约，这位总揽辽事的高级官员竟然是后金的内应。生性多疑的崇祯把前后的各种事情稍一分析，很容易就相信了杨春带回来的“情报”：看似忠心耿耿的袁崇焕，他似乎已经是皇太极的人了。
崇祯没有立即对袁崇焕动手，这倒不是他相信袁崇焕，而是后金军队还在北京城外。崇祯于十一月二十三日在平台召见袁崇焕——一年多以前，他在这里和袁崇焕第一次见面，现在是第二次。袁崇焕此时也深知自己处境不妙——当然他肯定不知道皇太极的反间计，而是自己曾在这里夸下五年平辽的海口，没想到现在却是后金兵临城下。因此，他极力向崇祯和其他大臣渲染后金如何强大，如何势不可挡。他甚至向其他大臣说，满洲人此来是想做皇帝，已选定在某天准备登基了。——如此犯禁的话由袁崇焕之口说出来，在场的户部尚书毕自严吃惊得张口结舌。袁崇焕之所以如是说，并不是他惧怕后金，而是希望藉强大的后金胁迫朝臣们向崇祯提出与后金议和，争取缓冲时间以备战。有记载说，这是袁崇焕想以议和为自己找退路。如此一来，他的五年平辽的宏伟计划也许就不会再有人去追究了。然而，已经对袁崇焕和后金有密约半信半疑的崇祯只是顾左右而言他。
深究君王与大臣的关系，很容易就能感受到其中难以用语言描述的微妙。他们之间也是一种博弈，只是这种博弈往往被喷上了忠诚和贤明之类的油彩。尽管崇祯已对袁崇焕心生恶念，但他在平台召见时仍然做出和蔼可亲的样子，还把他身上的貂皮大衣脱下来，亲自给袁崇焕披上——中国历史上，经常可以看到的一个细节就是，主子脱下自己的衣服给臣子披上，而臣子此时除了感恩戴德，那就是暗暗下定决心，要为主子流尽生命中的最后一滴血。总而言之，主子们那件名贵的衣服，最终都获得了难以用金钱计算的回报。
仅仅过了几天，当崇祯安排好接替袁崇焕的人选之后，这位和蔼可亲的人君一下子变得声色俱厉：十二月初一，袁崇焕被召进宫，依然是前两次召见的平台。这是他和崇祯的第三次、也是最后一次见面。当袁崇焕来到平台时，崇祯直截了当地问他和皇太极之间有何密约？密约原本就是不存在的莫须有的东西，袁崇焕一下子有点摸不着头脑，无言以对。崇祯却以为袁崇焕默认了，指责袁崇焕擅杀毛文龙、引皇太极进犯京城、指使手下人射伤满桂。崇祯越说越激动，不容袁崇焕分辩。事实上，震怒中的皇帝不可能听得进任何形式的分辩。最后，这位暴怒的君主下令：着锦衣卫拿掷殿下！
此后大半年时间里，袁崇焕一直关押在狱中。种种迹象表明，崇祯最初似乎并无意处死袁崇焕。当他听说袁崇焕的部将祖大寿等人击退皇太极的消息时，还在兴奋之余亲切地说：守辽非蛮子不可——蛮子，系崇祯对袁崇焕的昵称。但是，袁崇焕所处时代和环境之险恶，完全不是当事人以外者所能想象的。朝廷大臣中，为袁崇焕喊冤者固然有之，必欲除之而后快的政治对手更是不少。何况，还有一些人坚信袁崇焕已经投敌，他们正义凛然地上书崇祯，要求予以严惩。前者，如与毛文龙交厚、曾收受过毛文龙大量贿赂的温体仁，他对袁崇焕杀毛文龙而断了自己的一条生财之路早就恨之入骨，这时候落井下石是情理中事。后者，如山东道御史史范，他在奏章中认为袁崇焕的罪过比秦桧还有过之而无不及。袁崇焕是秦桧，那当今圣上岂不成了忠奸不辨的赵构？对这一说，自视甚高的崇祯不由怒不可遏。一旦曾经脱下衣服给臣子的主子变得怒不可遏，纵然他脱过一千件衣服，臣子的命运也不容乐观。
接下来，就是我们前面说过的明末大悲剧。崇祯下旨，将袁崇焕“依律磔之”。至于其妻子，崇祯宣布将她们和袁崇焕的兄弟一起，流放二千里以外。那场“大快人心”的凌迟就这样不可阻挡地发生了。当袁崇焕在刽子手冷漠无情的数刀数的声音和周围看客们兴奋的斥骂声中，慢慢地承受着死的煎熬时，大明帝国注定了只有毁灭才是它最终的结局。
许多年以后，作为胜利者的后金（清）向天下宣布了袁崇焕与皇太极密约的真相，已经习惯了清朝统治的人民才隐约想起，不久之前的晚明，曾经有过一位叫袁崇焕的忠臣，他为那个日薄西山的帝国无辜断送了自己的身家性命，却依然无法挽住帝国坠向深渊的车轮。因为一步步坠入深渊是他效忠的那个帝国不可避免的宿命。
清人所修的《明史·袁崇焕传》中，对袁崇焕之死作出了简洁而又一语中的的评价，那就是——
自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。
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