康熙帝亲政之后，除了每天听证处理日常事务之外，还开始了一系列的改革活动：废除了内三院[3]，重建了内阁和翰林院，并选择翰林入值内廷。除此之外，还设置了南书房。南书房看似只是一间面积不大的屋子，却在这里开启了皇权集中制的道路。
由于受到历史局限性和民族狭隘性的影响，清朝初期是满洲贵族大臣专权的时期，议政王大臣会议全部由满洲贵族和八旗首脑组成，凡军国大事均由议政王大臣会议一一裁定，汉人不得参与。为了打破这种专制的局面、加强中央集权、稳固朝廷政权、广纳贤士，康熙皇帝设立了南书房。
南书房原为皇帝的书房，是位于紫禁城乾清宫西南侧的一所不大的屋子，俗称南斋。根据《清实录》的记载，康熙十六年（1677），在经史文学上不断进取的康熙帝，产生了身边应常有内廷翰林侍值的想法，于是，便对内阁大学士提出：“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应付。今欲于翰林内选择二员，常侍左右，讲究文义。但伊等各供厥职，且住外城，不时宣召，难以即至。著于内城拨给闲房，停其升转，在内侍从数年之后，酌量优用。”随后，内阁大学士、学士奏称：“皇上勤书写，甚盛事，皆应钦奉上谕遵行。选择翰林，寻取善书之人，相应交与翰林院。”康熙帝表示同意，南书房便由此诞生了。这个原本冷清的地方，也一下子热闹了起来。
康熙十六年十二月十七日，翰林院侍讲学士张英、内阁撰文中书高士奇以南书房侍从身份入侍内廷，清宫档案《南书房记注》从这一天开始记载，标志着南书房作为一个内廷机构正式设立。
南书房是专门为皇帝个人服务的内廷机构，明确规定“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”。皇帝选择品学兼优的翰林院汉族官员入值，凡被召入南书房，不论官职崇卑，概称“南书房翰林”、“南书房供奉”、“内廷供奉”。
起初，翰林入值南书房是单纯地作为文学侍从，随时应召侍读、侍讲，常侍皇帝左右。皇帝每外出巡幸便作为随从跟随，皇帝即兴作诗、发表议论等皆记注。康熙帝与南书房翰林讲解经史，除了加深学术修养外，重要的目的在于探讨治道。
比如，康熙帝在阅读完《资治通鉴》之后称：“千古治乱不能出其范围。”他评论汉朝对待功臣的政策，说：“汉高帝之待韩信，不能如汉光武、宋太祖之待功臣者，亦时势不同也。”从而从历史中吸取教训。
再后来，南书房便成了康熙帝的机要秘书机构，常代皇帝撰拟诏令、谕旨，参与机务。为了使南书房的集权制得到更好的发挥，康熙帝还设置了“南书房行走”一职。
康熙帝选拔南书房行走并不看其出身，而是“拣择词臣才品兼优者充之”、“惟视学问之优，不尽为官职”。只要是才学甚好的人，都有可能被皇帝选中。出身寒微，曾以卖字为生，但能诗、善书法、精鉴赏的高士奇就是其中的一个典范。
南书房的设立使许多身份卑微的才子能参政议政
高士奇是浙江钱塘人，从小好学能文，但因家庭条件十分贫困，并未考取功名。流落到京城之后，靠替人写字、卖字为生。
一日，康熙身边的重臣纳兰明珠偶然间看到了高士奇所作书法，对其甚是赏识，便将其推荐给了同样喜好书法的康熙。康熙一向重视人才，便让其入内廷当了詹事府录事。能够得到纳兰明珠和皇帝的赏识，高士奇可谓是遇到了命中的贵人。那么，高士奇到底有多少学问，能有资格入选南书房，陪皇帝读书呢？
据清光绪《平湖县志》《高士奇传》记载：高士奇擅长图书编纂，写得一手“二王小楷”[4]；不仅会作诗写论，还懂得收藏。可见，他是一位名副其实的学者。
在当时，很多文人雅士都以能够成为“南书房行走”而作为荣耀。然而，每一位侍奉皇帝读书的“南书房行走”，其当值之路却并不是那么容易。(www.xing528.com)
就拿高士奇做个比方吧。相传高士奇为了得到皇帝的恩宠，到南书房值班时常揣着几颗金豆子，一有机会便以金豆子作为报酬向乾清宫的太监打探，皇上最近读的什么书，读的是哪几页，回去之后便找来皇上正读的书，先读个滚瓜烂熟，以便在皇上问起时，可以做到对答如流。所以，在皇上眼中，这位南书房行走的学问一直是那么渊博。
高士奇的做法虽然有投机取巧的成分，但这也足以说明一点：康熙帝挑选南书房行走是将学识看得十分重要的。而且，这些南书房行走绝大多数是汉人，这说明康熙帝作为满洲贵族的政治代表，能够接受汉族文化，赏识儒家学说；南书房行走的设立又是缓和满汉民族矛盾，消除汉族人反清意识，从而使之为清朝服务的具体表现；同时也是笼络汉族官僚、士大夫的一种手段。
清军入关后，多尔衮很注意团结汉族地主，但是，他更喜欢任用北方汉族地主阶级的代表人物，对江南士大夫多有排斥和打击，这使得江南士大夫对清朝统治怨声载道。后来，发生“三藩”叛乱时，各地纷纷响应，这使得康熙深为震动。
于是，康熙在对南书房行走的选拔中，有意对江南官僚、士大夫给予较多的关怀。南书房也成了江南汉族官僚、士大夫向皇帝反映自己的意见和要求的正常渠道，继而利于加强皇权、联合汉族地主阶级，削弱了议政王大臣会议和内阁的权力。
因此，在当时的形势下设置南书房，也实为明智之举。它是康熙实施高度中央集权的重要步骤，也为建立稳定的清朝统治进行文化上、政治上的准备，为形成其治国理念奠定了基础。
皇帝的秘书——南书房行走
在清史读物和清宫影视作品中，常能见到“南书房行走”这个有点古怪的官名。那么，这个所谓的南书房行走，到底是怎样的一个职务呢？
实际上，“南书房行走”不是一个官位，而是前清时代的一个“差使”，这个差使是由当时的御用知识分子——翰林来担任的。南书房在翰林官员中“择词臣才品兼优者”入值，称之“南书房行走”。
所谓“行走”，是指本来有官职而被派到其他机构中办事；顾名思义，南书房行走，就是指原来有翰林一职，而被派到南书房中去执勤。
康熙皇帝选拔南书房行走的方式十分严格。如选拔张英之时，“召入对，上心识之。自是再四咨询，对者无异词”，因此才得以入选。
南书房行走虽然身居高位，但因为担任着伴读的职务，又是康熙帝加强皇权的工具，所以非常辛苦。而且，南书房是御用机要秘书机构，因此事事都要十分保密。如各地有上报康熙帝的密缮小折子，都要交与南书房管理宫报的首领，由其秘密送达御前。因此，身为南书房行走，在供职时也要处处小心谨慎。
如此看来，这个所谓的南书房行走似乎并不是什么美差。但是，因为这个职务能够直接接近皇帝，而且对于皇帝的决策有一定影响力，所以，在翰林们看来，能够成为南书房行走是对自己一生学术的肯定与褒扬，是十分引以为荣的事情。清初不少著名文人学者入值过南书房，诸如王士桢、查慎行、方苞等。
可以说，在康熙朝，南书房行走是十分抢手的职位。直到雍正朝设立了军机处之后，南书房逐渐失去了中枢机要秘书机构的作用，南书房侍从也就成了专门侍奉皇帝读书消遣、专司文辞书画的文学侍从了。
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