在桓玄刚开始有篡晋的想法的时候，他的兄长桓谦曾经问过刘裕的态度，因为当时刘裕通过讨伐孙恩，成为当时东晋的又一名封疆大吏。
如果桓玄果真是反了的话，那么这是刘裕的重要机会，能够借此作为借口讨伐桓玄。当然，桓玄并不知道刘裕心中真实的想法，还把刘裕当作“股肱之臣”予以依赖。
在刘裕这样一番怂恿之后，桓玄终于篡晋称帝，而此时刘裕在暗中做了大量准备工作，时刻准备着起兵平灭桓玄。
等到一切准备停当，到了元兴三年（404）二月，刘裕组织了一次所谓的“游猎”，这实际上是一个借口，真正的目的在于有一个集结部队的理由。刘裕在暗中与何无忌等人集结部众，并且在暗中联合了魏咏之、檀道济、周道民、田演等一批对桓玄的所作所为不满的将领率众起兵，在京口、广陵杀死了桓玄的亲信桓修和桓弘。
桓玄派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒刘裕。
元兴三年（404）三月，刘裕和桓玄手下的勇将吴甫之会战于江乘。吴甫之的军队是桓玄阵营当中的一支精锐部队，但是最终吴甫之被杀。接着，双方军队又战于罗落桥，桓玄的部下皇甫敷率数千人迎战，但刘裕却愈战愈勇，前后奋击，所向披靡，最后皇甫敷兵败被斩。
听说皇甫敷战败后，桓玄更加恐惧，他看到大势已去，只得让殷仲文守住建康，自己率子弟沿长江南下逃走。(www.xing528.com)
刘裕的部队马上直奔建康，刘裕并没有直接代晋自立，而是打着恢复晋朝的名号，并且将原先桓玄所立的宗祠彻底烧毁，重立晋新主在太庙中。
通过这样一番宣誓之后，他摇身一变成了东晋的大功臣。于是朝廷派尚书王嘏率百官迎接刘裕，朝廷命刘裕都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事，领军将军，徐州刺史。地位比当初桓玄的地位还要高，刘裕几乎掌握了全国的军事权力。
在这之后，刘裕又派人去追击苟延残喘的桓玄，最终在峥嵘洲大败桓玄。桓玄继续逃窜。到了义熙元年（405）正月，刘毅等人到达江津，攻破了桓玄的亲族桓谦、桓振，将桓玄的老巢江陵攻下，桓玄仍旧坐船逃走。听闻江陵被攻陷，晋安帝司马德宗被刘裕给接到江陵，下诏历数桓玄罪状，竭力称赞刘裕平定桓玄之乱中所立下的功绩，并封刘裕侍中、车骑将军，都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。至此，刘裕已经是全天下官职最高的人物，成为东晋朝廷的新主心骨。
桓玄仓皇向西逃亡到蜀中，当初他的父亲是志得意满地前去攻伐成汉，现在桓玄却只能是向着蜀中逃命了。最终在逃命的路上，他被益州刺史的部队截杀。
这时候，北方的局势也发生了变化。苻坚的前秦已经被消灭。但慕容垂所建立的后燕也没有长久，被后魏政权打败，截成了两个部分。其南边靠近东晋的一部分就成为慕容德所创立的南燕政权。
刘裕为了进一步巩固自己的地位，兴师北伐，目标就是南燕政权。这个南燕就是个落败而形成的残余政权，并没有什么真正的实力，轻易就被刘裕所打败，南燕的领土就此成为东晋的疆域。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
