明承元制规定，在地方政府官署中设立惠民药局，配置医学官员。从明代四川的地方志上可以看到，四川省是普遍贯彻了这一制度的。不仅在四川首府设有惠民药局（在成都府治前），而且在偏远的马湖府也设有医学官员与和济局。例如，夔州府的惠民药局，设在府西中街税课司之左，由郡守吴潜改名，并为之“新立牌匾”[223]。连偏僻的云阳县也设有“医学训科”[224]。完善的医学管理机构的设立，有利于医学的发展，使得蜀医代不乏人。
在明代蜀医中，以弘治、成化时泸州人韩懋的影响较大。据《四川省医药卫生志》记载，韩懋少弃儒学，留心医学，又得峨眉山高人陈斗南等数名医师秘传，云游四方，以其精湛艺术而名满天下。曾著《方外奇方》，又著《杨梅疮论治方》一卷，为文献所载治梅毒的最早专书，惜已失传。今传世者为韩懋所著《韩氏医通》，共二卷。书中发展了西汉医学家淳于意的医案程式，具体指出四诊对病症鉴定的重要性，还记载了不少效验药品制法，所论补法的运用有独到心得。明代蜀医以医学著述名世的还有：云阳人冷开泰著《天花谱史》三卷，今尚存明抄本；南充人罗仲光著《伤寒补古》和《活人奇方》；营山县人王宗诰著《针法要览》；彭水人李天成著《古今医方》四卷；内江县人高信著《医脉捷要》；新都人杨慎著《素问纠略》三卷、《何首乌传》一卷和《男女脉位图说》等[225]。
除此之外，明樵阳子著《绀珠经》《二难宝鉴》，朱国桢《涌幢小品》称其为蜀人。新繁人黄俅著《黄帝内经素问节文注释》二卷。阆中人童养学著《图注八十一难经定本》二卷、《伤寒六书纂要辨疑》[226]。赵琢，合州来苏里（今合川县太和、三庙区一带）人，约为明嘉靖、隆庆间人，精熟《内经》《难经》《伤寒论》等经典著作。临诊治病，效验卓优，医名远播川东、川北一带，常有不远千里前来求诊者，一时誉称神医。万历《合州志》称其为人“浑朴和厚，行已端方，且治人不责报，不亚于古之撄宁生也”。撄宁生为元代著名医学家滑寿晚年之号，是元代富有成就的医学大家，州志将赵琢与滑寿相提并论，足见对其医德医风的嘉许。万历《合州志》还记载他“著有《六经治要》《却疾延龄集》《伤寒法略》行于世”，惜后世未见流传，其名亦鲜为人知。(www.xing528.com)
民国《绵阳县志》记载了这样一则故事，说是明末时，张献忠“至州，病痢索医”。在“已杀医数十”的情况下，有一个叫何三爷的绵州人被带去给张献忠治病，后用计脱逃。为躲避追踪，“乃入石泉坝坻堡（今北川县境）避之”。“时瘟痢大作，病者十不生一二”。何三爷与父“采药施救，全活甚众”[227]。根据“病者十不生一二”的情况推测，此处的“瘟痢”，可能就是鼠疫，而不是一般的“病痢”即痢疾。何三爷父子能“全活甚众”，说明其医术十分高明。
康巴地区为藏族集中居住的一个地区，历代以来，出现过不少对藏医药事业作出巨大贡献的医药学家。其中，有明代藏医药学派之一的直贡学派的创始人直贡曲扎及其继承人。直贡曲扎出生于藏历第十个饶迥的木羊年（1594），尽管其学术思想偏向南方的舒卡学派，但却颇有独立的见解，自成一派。后来在喇钦木（Ra-khyim）地方的藏医学校，其所用的教材即为直贡曲扎的著作，包括《四部医典释难注解》《珍宝例规》以及《论说医典单部问题答桑吉嘉措所问·消除疑难》等[228]。
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