秦国在东方取得对三晋的初步胜利后，将矛头转向西南的巴国、蜀国。
巴国和蜀国是秦国西南的两个小国，位于今天的四川盆地。巴国都于巴（今重庆），在四川东部；蜀国都于广都（今四川广汉），在四川西部。巴蜀与秦接壤，从秦立国开始，与秦就有冲突。据《华阳国志》记载，“卢帝攻秦，至雍”，[36]雍当时为秦的都城。可能是秦在立国之初、势力尚弱的时候，蜀国曾经进攻到雍。随着秦国国力的发展，两国之间形成鼎立之势。秦厉公二年（前475），“蜀人来赂（秦）”。[37]随着秦国的对外拓展，秦蜀之间的矛盾逐渐激化，从双方对南郑（今陕西汉中）的激烈争夺可见一斑。南郑战略地位重要，本属于蜀国。《史记·六国年表》记载秦厉共公二十六年（前451），“左庶长城南郑”，[38]说明秦夺取南郑并且修建城池。但蜀国未放弃这一地盘，至秦躁公二年（前441），“南郑反”，[39]南郑又落到蜀国手中。秦国也不善罢甘休，惠公十三年（前387），“伐蜀，取南郑。惠公卒，出子立”。[40]同年，蜀国趁秦国国君易位而无暇外顾之机又夺回南郑，所谓“蜀取我南郑”。[41]
此后的五六十年，秦国致力于变法图强、与东方诸侯争霸，与蜀国大致维持表面上的和平关系。《史记·秦本纪》记载：“惠文君元年（前337），楚、韩、赵、蜀人来朝。”但是秦人吞并巴蜀的野心一直都有。《华阳国志》记载：
周显王之世，蜀王有褒、汉之地。因猎谷中，与秦惠王遇。惠王以金一笥遗蜀王，王报珍玩之物，物化为土。惠王怒。群臣贺曰：“天奉我矣，王将得蜀土地。”惠王喜。[42]
这段记载虽有传说的成分，但从中不难发现秦国君臣吞并蜀国土地的野心。秦蜀之间的大战不可避免。
秦伐蜀最大的困难是入蜀的道路艰险，惠文王时道路艰险的问题得到解决。据记载：“昔秦欲伐蜀，路无由入，乃刻石为牛五头，置金于后，伪言此牛能屎金，以遗蜀。蜀侯贪，信之，乃令五丁共引牛，堑山堙谷，致之成都。秦遂寻道伐之，因号曰石牛道。”[43]蜀王因为贪婪派五名大力士去取石牛，在把石牛拉进蜀国的过程中，开辟了一条入蜀的“石牛道”。这个传说在《水经注》中也有记载：“秦惠王欲伐蜀而不知道，作五石牛，以金置尾下，言能屎金。蜀王负力，令五丁引之，成道。秦使张仪、司马错寻路灭蜀，因曰石牛道。”[44]这个传说说明当时已经开辟出一条入蜀的道路。
不久，蜀国与巴国发生矛盾，成为秦国灭蜀的导火索。蜀王分封其弟葭萌于汉中，号为苴侯，封邑即曰葭萌（今四川广元昭化）。苴侯跟巴王交好，而巴国与蜀国有世仇，蜀王对弟弟亲近仇国非常不悦，一怒之下出兵攻苴。苴侯逃到巴国避难，巴国也无力对抗蜀国，情急之中向秦国求救。秦国一直对蜀国虎视眈眈，想趁此机会出兵伐蜀，恰巧这时韩在东南方侵秦，秦惠文王为先伐蜀还是先伐韩犹豫不决。大臣们也意见相左，以张仪为首的一些大臣主张先集中兵力伐韩，对巴蜀置之不理；以司马错为首的一些大臣主张抓住这个千载难逢的时机向巴蜀进兵。张仪和司马错在惠文王面前进行辩论，张仪说“争名者于朝，争利者于市”，三川、周王室就是天下都想争夺的焦点。张仪认为“秦攻新城、宜阳，以临二周之郊，诛周王之罪，侵楚、魏之地。周自知不能救，九鼎宝器必出”，[45]伐韩可以攻占新城、宜阳等中原要地，有利于向魏、楚展开攻势，更重要的是可以逼近周朝王都，逼迫周天子交出九鼎和图籍。如此一来，秦国就可以“据九鼎，案图籍，挟天子以令于天下”，[46]从而成就王业。相反，放弃进军中原而去争夺偏远的巴蜀戎狄，“敝兵劳众不足以成名，得其地不足以为利”，[47]与王业南辕北辙。(www.xing528.com)
司马错对张仪的观点进行反驳，他认为攻取蜀地是富国强兵成就王业的良策。他劝惠文王说：“欲富国者务广其地，欲强兵者务富其民，欲王者务博其德，三资者备而王随之矣。”[48]认为扩大国土、富裕百姓、广施恩德是成就王业的三个条件。又说：“夫蜀，西僻之国也，而戎翟之长也，有桀纣之乱。以秦攻之……拔一国而天下不以为暴。”[49]认为蜀国内部发生混乱，秦国发兵不仅名正言顺，而且握有十足的胜算。进而指出，进攻蜀国秦得到的实惠最多，“得其地足以广国，取其财足以富民缮兵……利尽西海而天下不以为贪，是我一举而名实附也，而又有禁暴止乱之名”。[50]得到巴蜀的土地，让秦国的疆域扩大，得到巴蜀的财富，让秦国军民富足，总之攻取巴蜀于秦国而言是名利双收。而攻韩，将要背负“劫天子”的恶名，韩、周必定向齐、赵、楚、魏求援，各国齐来干涉，秦国并无取胜把握。
秦惠文王权衡再三，采纳了司马错的建议，于公元前316年派张仪、司马错、都尉墨率兵伐蜀。[51]蜀王率兵在葭萌迎战，被秦军打败。蜀王率众逃到武阳，兵败被杀。蜀国太子所率领的残余力量退到逢乡也被消灭，蜀亡。在蜀地基本平定后，张仪等人挥兵东指，顺利地占领了巴，俘虏了巴王，《华阳国志》记载：“仪贪巴、苴之富，因取巴，执王以归。置巴、蜀及汉中郡，分其地为三十一县。”[52]秦灭巴蜀之战进行得非常顺利，几个月就结束了。
秦灭巴蜀之后采取分而治之的方法：在巴地设郡管理；在蜀地则保留旧俗，实行怀柔政策，一方面封蜀王之子通为蜀侯、[53]以陈壮[54]为蜀相，另一方面任命张若为蜀郡郡守，由蜀侯和蜀郡郡守共同治理。刚开始，秦在巴蜀的统治尚不稳定。秦武王二年（前309），陈壮反秦，杀蜀侯通国，秦派张仪、甘茂、司马错等人第二次入蜀杀陈壮，平定叛乱。不久秦封蜀侯子恽为蜀侯。秦昭王时，蜀侯恽密谋叛秦，司马错第三次入蜀平定叛乱。秦在蜀地的统治逐渐日益稳定。
秦得巴蜀后，重视对巴蜀的经济开发：修筑从秦国到巴蜀的栈道，移民万人进巴蜀。移民把内地的生产技术带入巴蜀，促进了当地农业的发展。秦还注意发展巴蜀的手工业和商业。张若担任蜀守期间，模仿咸阳城的规模和建制修建成都城、郫城和临邛城，“（成都城）周回十二里，高七丈；郫城周回七里，高六丈；临邛城周回六里，高五丈”。[55]张若还在成都修整街道，开设店铺，“置盐、铁市官并长丞”，设立管理盐铁市场的机构和主管官员。这些措施都促进了蜀地经济的发展。
秦兼并巴蜀意义重大。首先，秦可以擅“巴蜀之饶”，[56]从而“秦以益强，富厚，轻诸侯”。[57]巴蜀地域广阔，物产丰富，史载“其宝则有璧玉、金、银、珠、碧、铜、铁、铅、锡、赭、垩、锦、绣、罽、氂、犀、象、毡、毦、丹黄、空青、桑、漆、麻、纻之饶”。[58]从此，巴蜀丰富的物资为秦所用，大大加强了秦国的人力和物力。其次，巴蜀处于汉水和长江上游，顺流而下就临楚国，秦得巴蜀使得秦对楚取得一种居高临下的战略优势。张仪出使楚国时说，“秦西有巴蜀，大船积粟，起于汶山，浮江已下，至楚三千余里。舫船载卒，一舫载五十人与三月之食，下水而浮，一日行三百余里，里数虽多，然而不费牛马之力，不至十日而距扞关。扞关惊，则从境以东尽城守矣，黔中、巫郡非王之有。秦举甲出武关，南面而伐，则北地绝。秦兵之攻楚也，危难在三月之内”，[59]认为秦有巴蜀之后，派兵乘船沿长江顺流而下，不到十天就到达楚国扞关，威胁楚国。后来秦攻打楚国的时候，确实是兵分两路，一路由司马错、张若率领从巴蜀顺江而下；另一路由白起率领出武关，在两路大军的夹击下，楚国很快溃败。
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