从上述的简单梳理看，目前学者在咸阳问题上的主要分歧，集中在两个既有差异但又相互联系的方面：一、咸阳城是否被渭河冲毁，冲毁程度如何，留存的遗存位于咸阳城的什么部位；二、咸阳城是仅有宫城，还是有外郭城。当然，在上述说法之外，对咸阳宫位于何处还有另外的意见。如1999年时瑞宝先生提出，咸阳宫应在发现前述一、二、三号宫殿遗址牛羊村所在头道塬北面的二道塬上，头道塬为官署区，塬下渭北岸坡地带为平民居住区（含作坊区）。[56]不过近年许卫红先生已指出，“渭河北岸海拔420米左右的‘二道塬’是目前可以推知的咸阳城北至的一条‘线’。从目前已知的遗迹分布情况看，秦都咸阳城的建筑遗迹除泾河北岸的望夷宫之外，鲜有超过此界的”，[57]表明前说并不能成立。
从学者分析看，对咸阳城问题的讨论分歧主要来源于对文献和有关考古资料的不同解读。就文献而言，对传世文献的不同认识，是造成理解差异的最主要原因。2003年徐卫民先生指出，“古人一般是将城和郭分开讲的，即内称城、外称郭。《墨子·七患》云：‘城者，所以自守也。’《孟子·公孙丑下》云：‘三里之城，七里之郭。’《管子·度地》也云：‘内为之城，外为之郭。’我们没有理由将古人文中讲到的‘城’理解为外郭城”。[58]在咸阳城研究中，如门、墙等的分歧都与此类似。那如何理解数量很少，且存在着成书时代不同、叙述地域差异、本身歧义等很多限制的传世文献，就成为解读前述咸阳问题的重要难题——当然在历史时期考古中因文献解读不同而造成歧义的问题早已屡见不鲜。
在文献之外，最主要的差异产生于咸阳城考古资料的不平衡。这种不平衡，既有不同时间考古工作量的差异，也有不同区域考古工作开展程度的不同。比方说，迄今为止咸阳城的考古工作虽已开展了近六十年，但因各种原因时断时续，对咸阳城遗址的最大规模发掘，是二十世纪七八十年代进行的一、二、三号遗址的大面积揭露，而在此之后就再无较大面积清理工作（墓葬区除外）。这样对咸阳的考古认识，就基本停留在二十世纪七八十年代所积累考古资料的基础之上。而受到时代、技术等等的限制，二十世纪七八十年代考古资料自然存在着这样那样的问题尚待后来解决。
以城墙的寻找来说，一般情况下凸出地面的城墙容易在自然和人为的双重作用下遭到或多或少的破坏，甚至连基础一起完全被破坏，不存于世，但深入地下的城壕相对来说就更容易保存一些。因此，即使我们在地面上找不到城墙，但如能从地下找到城壕的话，那同样可将古代城市“圈起来”。不过遗憾的是，如咸阳发掘报告指出的，“在勘探城墙的过程中，只是为了单一寻求夯墙去向，而忽略了与之相关的城壕遗迹”，[59]而之后即使发现了西、北城壕，也未据既有线索追踪探寻。这样一来，在缺少城壕的佐证和验证后，究竟现已勘探发现的城墙是否存在等等的问题，就很难回答——特别是在对勘探发现的城墙、城壕并没有进行一定数量解剖加以确定的情况下。
从发掘报告提供的《秦都咸阳宫城城垣范围及其建筑遗址分布图》看，不仅已发掘的二号建筑与勘探发现的北城墙存在较大面积的叠压，而且勘探出的五号建筑更在穿过北城墙后，在城墙外还有较大面积建筑存在，已发掘的三号建筑的西部不仅与西墙直接连为一体，且西南部分还向西穿过城墙继续延伸。因此从上述情况看，我们其实并不能轻易地从遗址分布图上，确定已勘探发现的北墙、西墙是否真的存在。想来，如果在现在城墙之外还有一圈城壕围绕的话，那么不仅类似的疑问能减少很多，而且城市的平面布局还能更加丰富和合理。(www.xing528.com)
也就是说，基于二十世纪七八十年代考古资料而来的咸阳城认识，很多都需要在考古资料的进一步确定后，才能逐渐丰富。如果没有了对旧资料的重新确定和新资料的发现和补充，那么对咸阳城的认识当然会继续迷雾重重。
2013年，郭璐先生在梳理咸阳城资料和学者分析后指出：
基于文献的研究历史悠久，但因为历史文献的限制，研究较为零散、单薄，并存在较多争议；考古学界的研究，基于文献与考古成果之互证，取得了一系列宝贵的成果；其他领域，如建筑与规划史、历史地理等，多借重考古学界的研究成果。现有研究的主要方法是“二重证据法”，即从考古发现出发，结合历史文献，进行综合推演，考古成果起着决定性作用，可以说是从考古发现来“逆推”秦都咸阳。这种研究方法踏实、严谨，但也造成了研究视野的局限，带来了研究中的一些问题，如：在一些关键问题上，分歧多于共识；一些有创造性的观点多集中产生于考古成果发表以后的二十世纪八十至九十年代，此后研究趋于零散，且对前期研究中存在的问题未做出合理解释或提出新的开创性的观点；研究中忽视了一些整体性的问题。[60]
她所指出的问题确有道理。
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