1998—2000年，自治区人民政府抓住西部大开发和国家政策向民族贫困地区倾斜的机遇，实施一系列教育建设工程，改善老少边山穷地区基础办学条件。组织实施世界银行贷款“第二个贫困地区基础教育发展项目”，第一、第二期“国家贫困地区义务教育工程”，“广西边境建设大会战学校建设工程”，“中小学危房改造工程”，“自治区基层公共基础设施建设教育项目工程”，“受灾水毁校舍重建工程”等六大工程，累计投入27.15亿元。实施“两免一补”政策，逐步建立起广西扶持家庭困难学生接受教育的助学制度；组织实施教育对口支援贫困地区“两大工程”（即“广东省对口支援广西贫困地区学校工程”和“区内大中城市对口支援贫困地区学校工程”）。开始启动自治区级重点中专、重点职高评估工作；注重大中小学素质教育的研究和实践，逐步推开中小学电化教育。其中，通过自治区实验教学普及验收县（市、区）6个，普及实验教学的中小学分别达到1287所和4389所。
同期，通过调整、合并、改制、改组等多种形式，实现对高等学校布局结构的调整。升格、设立广西大学等13所高等院校；以“中央与地方共建、以地方管理为主”方式，共建、接管桂林电子工业学院、桂林工学院、桂林航天工业高等专科学校等6所国家下放的高等院校；拓宽高等教育办学模式，引进民间资本兴办高等教育，试点成立广西大学行健文理学院等8所独立学院。加强广西大学“211工程”建设和自治区高校重点学科、重点实验室的建设，投入1.80亿元的广西大学“211工程”第一期建设已经完成。启动第三批高校学位授权点学校建设计划，推进自治区三级师范向二级师范过渡。
到2000年，累计有69个县（市、区）的“普九”工作先后通过自治区评估验收，并得到国家审查认定，“普九”人口覆盖率达到71.12%。
2001年，自治区人民政府制定下发《广西职业教育振兴行动计划》。图为南宁市第四职业中学教师指导学生进行技能训练
2001年，广西医科大学设立广西高校第一个博士后科研流动站——临床医学博士后科研流动站。图为该站揭牌仪式
2001年，自治区人民政府推动高中建设工作，组织专家对自治区各地申请立项建设示范性普通高中的81所学校进行评估，最后确定南宁三中等80所学校为第一批自治区示范性普通高中建设对象。到2002年末，自治区示范性普通高中立项建设对象新增18所普通高中，南宁三中、南宁二中等17所学校已通过自治区示范性普通高中评估验收，有15所立项建设的学校接受了中期评估。
2002年，组织立项建设自治区级重点中等职业学校53所。年底，自治区已有80个县（市、区）和其他28个县（市、区）中的193个乡镇基本普及九年义务教育，人口覆盖率85%以上。全自治区有小学16070所，在校生5100397人，专任教师205469人；普通初中2368所，在校生2471312人，专任教师114872人；特殊教育学校46所，在校生14623人，专任教师451人；自治区共有博士后流动站1个，博士学位授权单位2个，博士点9个；硕士学位授权单位9个，硕士点153个；自治区有普通高等学校36所，广西高等学校本、专科招生6.85万人，普通高校本科、专科在校生18.63万人，专任教师12115人；成人高校本科、专科招生计划7.03万人，研究生招生规模1756人，在校生规模17.33万人，高等教育招生规模13.88万人，在校生总规模35.96万人。
2003年，随着九年义务教育的进一步普及，学龄儿童的减少，农村小学校点布局调整后，在小学设置幼儿班或学前班。同年，推进高等教育专业结构调整，对70个新增普通本科、成人本专科、高职高专专业进行评审，停办高职高专专业11个。实施优秀专科生选拔制度，使普通高等教育、成人高等教育和高等职业教育相互衔接、相互沟通的教育“立交桥”框架基本形成。
2001—2003年是广西“普九”第三阶段，自治区人民政府加大资金投入，共计投入资金18.77亿元。组织实施“农村中小学危房改造工程”“基层基础设施建设工程”“边境建设大会战”以及第二期“国家贫困地区义务教育工程”等一系列项目工程。
农村中小学远程教育工程教学光盘播放点现场（2003年摄）
2004年12月，自治区人民政府办公厅转发自治区教育厅等部门《关于幼儿教育改革和发展指导意见的通知》，加大依法治教力度，进一步规范学前教育的办园、办班行为，促进学前教育健康发展，促进幼儿园办园条件的改善和办园水平的提高。同时，启动新一轮自治区示范幼儿园评估验收工作，通过验收幼儿园13所，自治区示范幼儿园增至36所。(www.xing528.com)
是年，调整高校结构。广西大学“211工程”二期建设项目列为国家“十五”期间重点建设项目，广西大学列为教育部和自治区人民政府共建的“省部共建高校”。广西财政高等专科学校和广西商业高等专科学校合并升格为广西财经学院。高等职业学院有广西经贸职业技术学院（由自治区直属机关干部业余大学和广西供销学校合并升格）、广西工贸职业技术学院、广西电力职业技术学院、广西东方外语职业学院和广西演艺职业学院等5所。本科独立学院有广西师范大学漓江学院、桂林电子工业学院信息科技学院、桂林工学院博文管理学院、广西工学院鹿山学院、广西师范学院师园学院、广西民族学院相思湖学院、广西大学行健文理学院、广西中医学院赛恩斯新医药学院等8所。同时，在教学改革中，南宁职业技术学院的居室空间设计课程被评为国家级精品课程，实现广西获国家级精品课程零的突破。
2006年9月，广西师范大学漓江学院雁山校区开工奠基典礼
2005年起，自治区人民政府落实中央支持职业教育发展的要求，在自治区实施“振兴职业教育九大工程”（即百万技能型人才培养培训工程，千万农村实用人才培训工程，500万农村劳动力转移培训工程，千万成人继续教育与再就业培训工程，百所示范性职业院校建设工程，百个职业教育实训基地建设工程，百县职教中心建设工程，万名职业院校教师素质提高工程，职业教育教学改革工程），加快中等职业教育发展。
是年3月5日，广西国家助学贷款新机制正式开始实施。自治区共32所高校签订银校合作协议，全年实际发放贷款1.76万人、1.02亿元。
该年，组织开展广西高校首批结对子帮扶工作。确定广西大学帮扶广西工学院，广西师范大学帮扶河池学院，广西医科大学帮扶右江民族医学院，桂林电子工业学院帮扶玉林师范学院。下放专业自主设置权，专业管理由三级管理改为两级管理，学校自主设置目录内的本科专业范围由62%扩大到100%，高职高专专业目录内自主设置专业范围为42%。
2006年，广西民族学院更名为广西民族大学，桂林电子工业学院更名为桂林电子科技大学，广西工贸职业技术学院更名为广西工商职业技术学院，广西大学梧州分校升格为梧州学院，梧州师专升格为贺州学院，右江师专升格为百色学院，钦州师专升格为钦州学院。本科高校由原来的15所增加到19所。此外，经教育部备案设立广西英华国际职业学院、柳州城市职业学院和百色职业学院。
2006年9月，百色学院成立庆典大会
2004—2007年，广西“普九”工作进入第四阶段。2007年1月，全部如期实现“普九”目标。2007年6月11日—18日，国家教育督导团督导检查组对广西“两基”工作进行评估验收。经自治区组织评估验收，教育部督导检查确认，广西41个攻坚县的办学条件达到国家授权广西制定的标准要求；普及程度和教师学历合格率都达到国家标准要求。7月31日，教育部正式认定广西全面实现“两基”目标。年内，龙胜各族自治县获得联合国教科文组织颁发的扫盲工作奖。是年，自治区妥善解决进城务工子女以及留守儿童义务教育问题。秋季新学年，各中小学校共接收进城务工人员子女21.6万人（其中公办中小学校接收16.2万人），免除借读费人数14.77万人。妥善解决97.3万名留守儿童接受义务教育问题，其中接受小学教育68.8万人，接受初中教育28.5万人。
2007年12月29日，平南县思旺镇新政金谷张婉小学教学楼竣工投入使用
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