1998年1月，广西壮族自治区行政区划为6个地区，9个地级市，10个县级市，59个县，12个民族自治县，26个市辖区，3个市郊区，691个镇，607个乡，62个民族乡，60个街道办事处。同年，自治区党委、自治区人民政府决定采取地市行政区划合并的办法，解决桂林地市同一驻地问题。8月27日，国务院作出《关于同意广西壮族自治区桂林市和桂林地区合并的批复》，批复同意桂林市和桂林地区合并，组建新的桂林市（地级）。9月4日，自治区人民政府印发《关于桂林市和桂林地区合并成立新的桂林市的通知》，新的桂林市辖原桂林市的临桂县、阳朔县和秀峰区、叠彩区、象山区、七星区、雁山区以及原桂林地区的灵川县、荔浦县、永福县、全州县、兴安县、灌阳县、资源县、平乐县、龙胜各族自治县、恭城瑶族自治县，各县（区）原辖区不变。
2001年自治区人民政府印发《关于调整部分乡镇行政区划有关问题的通知》，调整部分乡镇行政区划工作，主要调整撤并对象应是人口在1万左右且布局不合理、财政收入少、尚难以形成经济文化中心的乡镇；两个乡镇政府同驻一地或靠得很近的原则上要合并；有的乡镇虽然规模较大，但撤并后有利于促进经济和社会发展的，也可以撤并；城市郊区与城区融为一体的，撤销乡镇，设街道办事处（至2005年，全自治区总乡镇数从2000年的1361个减少到1126个，减幅17.27%）。
2002年6月2日，国务院作出《关于同意广西壮族自治区撤销百色地区设立地级百色市的批复》，6月18日作出《关于同意广西壮族自治区撤销贺州地区设立地级贺州市的批复》《关于同意广西壮族自治区撤销河池地区设立地级河池市的批复》，6月22日作出《关于同意广西壮族自治区调整柳州市部分市辖区行政区划的批复》，9月29日作出《关于同意广西壮族自治区撤销柳州地区设立地级来宾市并调整柳州市行政区划的批复》，12月23日作出《关于同意广西壮族自治区撤销南宁地区设立地级崇左市并调整南宁市行政区划的批复》。
1998年1月广西壮族自治区行政区划统计表 单位：个
1998年1月广西壮族自治区县级以上行政区划表
2002年6月19日，自治区人民政府转发《国务院关于同意广西壮族自治区撤销百色地区设立地级百色市的批复》，7月3日，自治区人民政府印发《关于撤销贺州地区设立地级贺州市的通知》《关于撤销河池地区设立地级河池市的通知》，开始全面开展撤地改市工作。
随后撤销百色地区和县级百色市，设立地级百色市，百色市新设右江区，新的百色市辖田阳县、田东县、平果县、德保县、靖西县、那坡县、凌云县、乐业县、西林县、田林县、隆林各族自治县和新设立的右江区。撤销贺州地区，设立贺州市，辖八步区、昭平县、钟山县、富川瑶族自治县；撤销河池地区和县级河池市，设立地级河池市，河池市新设金城江区，新的河池市辖原河池地区的南丹县、凤山县、天峨县、东兰县、都安瑶族自治县、大化瑶族自治县、巴马瑶族自治县、罗城仫佬族自治县、环江毛南族自治县和新设立的金城江区，并代管宜州市。
2002年11月2日，地级贺州市成立庆祝大会
8月6日，自治区人民政府印发《关于调整柳州市部分市辖区行政区划的通知》，随后撤销柳州市郊区，把原郊区管辖的10个乡镇相应划归各城区管辖。
11月19日，自治区人民政府印发《关于撤销柳州地区设立地级来宾市并调整柳州市行政区划有关问题的通知》，随后撤销柳州地区和来宾县，设立地级来宾市，来宾市新设兴宾区，来宾市辖原柳州地区忻城县、象州县、武宣县、金秀瑶族自治县和新设的兴宾区，代管合山市；原属柳州地区管辖的鹿寨县、融安县、融水苗族自治县、三江侗族自治县划归柳州市管辖。(www.xing528.com)
2003年1月，自治区人民政府印发《关于撤销南宁地区设立地级崇左市并调整南宁市行政区划有关问题的通知》，随后撤销南宁地区和崇左县，设立地级崇左市，崇左市新设江州区，崇左市辖江州区和原南宁地区宁明县、扶绥县、龙州县、大新县、天等县，代管凭祥市。南宁市行政区划调整为：将原南宁地区的横县、宾阳县、上林县、马山县、隆安县划归南宁市管辖。同月，按照《国务院关于同意广西壮族自治区调整梧州市市辖区和苍梧县行政区划的批复》和《国务院关于同意广西壮族自治区设立贵港市覃塘区的批复》，自治区人民政府印发《关于调整梧州市市辖区和苍梧县行政区划有关问题的通知》，随后撤销梧州市郊区，设立梧州市长洲区，调整万秀区、蝶山区、苍梧县行政区划。3月，自治区人民政府印发《关于设立贵港市覃塘区调整港北区行政区划的通知》，随后设立贵港市覃塘区，撤销覃塘管理区，调整贵港市港北区行政区划。8月，崇左市挂牌成立，广西全部实现市管县的体制。至此，全自治区建制市增加到21个，其中地级市14个、县级市7个。
2003年6月，南宁地区的横县、宾阳县、上林县、马山县、隆安县五县划归南宁市
2004年9月，国务院作出《关于同意广西壮族自治区调整南宁市部分行政区划的批复》，2005年2月，自治区人民政府根据国务院批复文件精神，印发《关于调整南宁市部分行政区划的通知》，南宁市部分行政区划调整方案为：撤销城北区、永新区、邕宁县，设立西乡塘区、邕宁区和良庆区：扩大兴宁区、江南区管辖范围；将新城区改名为青秀区，并扩大其管辖范围；调整后，南宁市区由兴宁区、江南区、青秀区、西乡塘区、邕宁区、良庆区等六城区组成，城区面积由原来的1834平方公里扩大到6559平方公里，人口增加90多万，共240多万人。
2008年1月，广西辖14个地级市，56个县，7个县级市，12个自治县，34个市辖区，702个镇，366个乡，58个民族乡，106个街道。
2003年8月6日，庆祝地级崇左市成立大会
1998年11月—2007年广西壮族自治区行政区划统计表 单位：个
2008年广西壮族自治区行政区划统计表 单位：个
续表
2008年广西壮族自治区县级以上行政区划情况表
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