1998年，自治区人民政府抓住国家重点新产品试制计划的机遇，下达工业科技攻关和新产品试制计划项目50项，其中有2项列入国家计划。重点抓好广西糖业加工降低成本综合技术推广项目的实施，推广6项先进成熟技术，指导、协调隆安县糖厂、贵港甘化股份有限公司2个示范企业。4月，对项目实施情况进行验收。隆安县糖厂、贵港甘化股份有限公司1997/1998年榨季压榨量分别提高22.9%和24.1%，糖分总回收率分别提高2.3%和2.8%，标煤耗率分别下降2.8%和11.8%，吨糖加工成本分别下降22.1%和20%。在这两家示范企业的带动下，一批先进、成熟技术开始在柳州、南宁、百色、河池等地（市）的糖厂中得到推广。同年，在高新技术企业、国有大中型企业、乡镇企业中选择一批专利工作基础较好的企业，作为专利开发、实施、保护的样板。柳州建筑机械总厂、桂林康兴激光仪器厂、广西黑五类食品集团公司被列入全国企业专利工作试点企业预选名单。
1999年，自治区人民政府组织实施《广西创新计划》，3年为一轮。制定《企业技术中心考核办法》等政策性文件，推动工业企业技术进步。全面实施科技创新计划。其中，工业产品升级换代计划项目，重点围绕新产品开发和现有产品质量的改进与提升，抓好柴油机、空压机、机床等产品的升级换代和中草药、电池、建筑机械、日用品、赖氨酸深加工等新产品开发。高新技术产业化计划项目，着重加强高新企业孵化工作，支持重点行业，完善投资软硬环境。桂林、南宁、柳州的3个高新区创业服务中心全年孵化项目107项，重点扶持的37家企业形成年产值约26亿元的规模。重点组织实施的人表皮生长因子软膏剂、铜钎焊双波浪带散热器等8个项目，完成中试3个，投入批量生产2个。年内，下达工业科技项目52项，安排科技经费1475万元，其中列入国家新产品计划11项，补助科技经费160万元。
2000年4月，自治区人民政府印发《关于加快自治区直属27个技术开发类科研机构改革转制工作的实施意见》。推动工业科技开发项目81项，安排科技经费1564万元，其中58项列入国家重点新产品计划，补助经费650万元。6月19日，自治区人民政府主席办公会议讨论通过《广西煤炭工业结构调整总体方案》，明确煤炭年产规模控制在600万吨，国有煤矿和非国有煤矿生产规模上限分别定为300万吨，并用3年时间完成结构调整，使保留的煤炭生产企业成为自主经营、自负盈亏的经济实体。同时，着手对自治区直属的5个矿务局实施关闭破产或调整下放。
2000年，日本西铁城公司在梧州市独资兴办领冠电子（梧州）有限公司
2001年5月，《广西壮族自治区高新技术产业开发区条例》出台，自治区科技厅、知识产权局按自治区人民政府工作部署制定《关于加强专利工作促进技术创新的若干意见》，继续推进高新技术发展。按照突出重点、择优扶强的原则，推动企业技术进步。年内，工业企业实施国家重点技术创新项目11项，新产品试产项目16项，重大装备国产化创新研制项目1项；自治区技术创新项目148项。
2002年，自治区人民政府实施《广西创新计划（2002—2004年）》《广西壮族自治区科学技术进步奖励办法》，并提出要集中力量在电子信息、生物工程和新医药、新材料等领域突出抓好一批重大科技攻关项目和高新技术产业化项目，促进相关高新技术行业的快速发展。同年，下达国家、自治区技术创新项目261项，总投资11.2亿元。推广应用新型燃烧、清洁生产等高新适用工艺技术，对燃煤锅炉和重点行业进行改造，提高燃烧效率和能源利用率,降低生产成本和污染物排放,企业经济效益提高。
2003年，自治区人民政府颁布实行《广西壮族自治区高新技术产品认定办法》《广西壮族自治区高新技术企业认定办法》。推动区内企业形成高新技术产业为先导，基础产业和制造业为支撑，运用高新技术改造提升传统优势产业，培育开发名牌产品，抓紧新上一批制造业项目和高新技术产业项目。年内，74家企业申请列入示范企业，经专家评议，批准38家企业成为广西首批制造业示范企业，这些企业涵盖了机械（含汽车）、轻工、化工、纺织、医药、电子、冶金、建材等8个行业。
南宁市高新技术产业开发区枫叶药业公司的技术人员在研制新药（2003年摄）(www.xing528.com)
2004年，自治区人民政府实施《广西壮族自治区民营科技企业促进条例》《广西壮族自治区专利保护条例》，促进民营科技企业发展与企业专利的申请。组织实施火炬计划、高新技术产业发展计划、创新计划和高新技术产业化重大项目，引进、嫁接高新技术，应用高新技术改造传统产业。计划安排工业项目704项,其中技改项目585项,基建项目119项。技改项目中，投资在1000万元至1亿元的项目有301项,投资在1亿元以上的项目有36项；技术创新项目206项，投资总额9.32亿元。
2005年，自治区人民政府实施《广西创新计划（2005—2007年）》《广西壮族自治区科学技术普及条例》《广西壮族自治区科学技术进步奖励办法实施细则》《广西壮族自治区专利保护条例》等一系列政策法规，增强企业技术创新能力和核心竞争力。下达国家企业技术中心创新能力建设专项和信息产业企业技术进步和产业升级专项项目4项，总投资2.97亿元。编制自治区重点高新技术产业化项目27项，总投资10.78亿元，通过自治区级鉴定验收的技术创新与高新技术产业化项目共39项，评出自治区新产品优秀成果奖16项。广西高新技术产业开发区（园）完成高新技术产品产值152.95亿元，比上年增长18.5%，引进高新技术项目73项，在孵化项目124项，孵化毕业17项。在电子信息产业、海洋技术、高新开发区以及科研院所技术改造项目管理工作中，重点技术改造项目43项，总投资15.06亿元，财政补助3320万元。完成投资3.81亿元，累计完成投资5.43亿元，投资完成率36.07%。全自治区工业企业申请专利314项，获授权255项。
2005年，广西高新技术产业主要集中在医药制造业和电子及通信设备制造业。图为嘉裕（深圳）电子在北流市的生产线
2006年，自治区人民政府推进一批影响经济发展全局的重大工业项目建设。包括华银氧化铝项目、金桂浆纸业公司林浆纸一体化项目、平果铝氧化铝三期工程、中石油钦州炼油项目、中外合资北海林浆纸项目、防城港钢铁基地项目等。
2007年，全自治区电子信息、茧丝绸、服装、生物质、造船等新优势产业逐步形成并呈现快速发展态势，规模以上工业企业实现新产品产值489.1亿元，比上年增长29.9%，新产品产值率10.7%。
南宁丰达公司电子设备生产线（2007年摄）
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