1998—1999年，自治区人民政府办公厅的内设机构，续用1995年内设的17个处室，分别为：主席办公室、综合处、第一秘书处、第二秘书处、第三秘书处、第四秘书处、第五秘书处、第六秘书处、第七秘书处、第八秘书处、文书处、人事处、行政处（含轿车定编管理办公室）、财务处、接待处、机关党委、离退休人员管理处。
2000年机构改革，自治区党委、自治区人民政府根据自治区人民政府办公厅履行职责需要，对自治区人民政府办公厅重新进行“三定”，将自治区人民政府办公厅内设机构定为19个处（室），分别为：主席办公室、金融办公室、第一秘书处、第二秘书处、第三秘书处、第四秘书处、第五秘书处、第六秘书处、第七秘书处、综合处、文电处、信息处、人事教育处、接待处、行政财务处、离退休人员工作处、机关党委、宗教事务一处（自治区人民政府宗教事务局一处）、宗教事务二处（自治区人民政府宗教事务局二处）。
2003年，自治区党委、自治区人民政府注销自治区人民政府办公厅内设机构中的宗教事务一处（自治区人民政府宗教事务局一处）、宗教事务二处（自治区人民政府宗教事务局二处），注销后，自治区人民政府办公厅职能处室为17个。
2004年机构改革，自治区党委、自治区人民政府根据自治区人民政府办公厅履行职责需要，规定自治区人民政府办公厅内设17个处（室），分别为：主席办公室、综合处、第一秘书处、第二秘书处、第三秘书处、第四秘书处、第五秘书处、第六秘书处、第七秘书处、第八秘书处、文电处、信息处、人事教育处、接待处、行政财务处、离退休人员工作处、机关党委。同时规定自治区金融工作领导小组办公室、自治区边防委员会办公室、自治区打击走私领导小组办公室、自治区交通战备办公室仍设在自治区人民政府办公厅。原自治区政策法规室管理的自治区调解处理土地山林水利纠纷办公室划归自治区人民政府办公厅管理。自治区宗教事务局在自治区人民政府办公厅挂牌，委托自治区党委统战部管理。(www.xing528.com)
2005年，广西政报室更名为广西壮族自治区人民政府公报室，仍在信息处挂牌；成立自治区人民政府督查室（副厅级），为自治区人民政府办公厅内设机构。
2006年，在自治区人民政府值班室的基础上设立自治区人民政府应急管理办公室（自治区人民政府总值班室）和协调处置处、应急管理处。
2007年，明确自治区人民政府应急管理办公室（副厅级）下设自治区人民政府总值班室、协调管理处、应急管理处。同年，将自治区政务服务中心管理办公室（副厅级）调整为设在自治区人民政府办公厅的行政机构，下设管理处、监督处、技术处。至此，自治区人民政府办公厅内设机构，至2008年1月不变。
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