从明初洪武、建文年间的辽东海运到永乐、宣德年间的郑和下西洋，再到明代中后期遮洋总在蓟州的短途海运，以遮洋总的发展为线索，可以看到其中制度和人员的传承与联系。洪武末期，朱元璋认为辽东屯田事业已有成效，将从太仓到辽东的长途海运停止，但到建文年间，又重新开始海运。永乐初年，为了建设北京准备迁都，海运又继续进行了数年，但因会通河开通，以大运河为主体的内陆南北运粮体系建立，之前的海运被停止[18]，海运官军也被要求全都转入内河运粮：
自永乐十三年为始，依拟于里河转运，却将海运停止。所据退下海运官军，俱令于里河里驾船运粮。[19]
在下西洋的官兵中，有一部分来自海运队伍，正如当时的记载所说：
南京及直隶卫所运粮官军，递年选下西洋及征进交趾、分调北京，通计二万余人。又水军右等卫官军今年选下西洋者亦多，俱无军拨补。[20]
而在下西洋事业间隙，从海外回还的官兵又被补充入运河行船：
营造献陵，先用下西洋官军一万人，皆江南属卫，便于舟楫，请于平江伯陈瑄漕运，以易山东、河南诸卫军之漕运者一万伍千人。[21]
到下西洋活动彻底停止之后，回还的官兵继续被补充进漕运队伍中：
敕谕运粮军士有年老软弱、家道贫窘者，宜于西洋停止军旗及减省跟官军伴内选补。[22]
就这样，到正统初年，辽东海运和下西洋活动均已停止，海军官兵全面转入内河航运。洪武年间多达8万余人的海运队伍，发展到明朝中期依然保留的海运遗迹，只有遮洋总及其承担的数十里蓟州海路。经过长期变迁，遮洋总的航海能力也发生了很大变化。洪武海运时，船队每年入黄海航行，远涉海洋深处。而在与海运同时进行的捕倭战斗中，船队还曾追至琉球大洋，以保卫周边海域安全。后来永乐、宣德年间的下西洋活动中，郑和船队更是远及印度洋，航程长达十万余里。但自此之后，海运队伍在渤海湾北部的航程中，仅数十里的短途航行也遇到了很大困难，时常出现颠覆事故，造成损失。于是天顺年间开通一条运河，使漕粮经由内河直抵蓟州，避免再从海上航行。官员李贤在《蓟州新开运河碑记》里曾有说明：
东北之境控弦之士无虑十数万人，而粮饷之需大抵取给于江淮。是以大河诸卫岁运三百六十余艘，抵蓟州为仓而贮之。往时由直沽循海道，多风，船至海滨，不敢遽，必淹及旬日，甚至弥月，候风色止息，方敢一渡。或之中流，遇风涛迅作，遂罹漂荡覆溺之患。岁损船不下数十，而粮斛动以万计，主漕运者恒以为忧。[23]
文中描述的数十里海运状况极为艰险，看起来更甚于洪武海运和下西洋活动。但从《大元海运记》和《海道经》等文献来看，当时中国北方海域较为艰险的航段主要是苏北海岸外的浅滩和山东半岛顶端的成山角，天津沿海并不在其中。以此看来，当时的海运官兵已经出现了航海能力下降的现象，与洪武海运和下西洋活动相比，此时的航程在距离上已有百倍甚至千倍的差异，而在航海经验和技术上，更不可同日而语。航海本是一项需要实际操作的技术，要有海上行船经验和对水文、气象等因素的了解，才能在实地安全顺利航行。而在郑和下西洋之后的二十余年间，海运官兵长年奔波于陆地和内河之中，主要生活与工作环境都与海运业无关，明朝的军卫又实行世袭制，代际更迭之后，原有的经验技术消失，随着时间的推移，连最后的海运形式也无法保存。这些问题带来的后果，在辽东战事的后勤粮饷供应上，充分显露出来。正如《秘阁元龟政要》中所说：
世道未必久平，天时未必咸顺……那时将求海运济急，恐无及矣。夫凡事关军国，所有建论，当精于虑始而详于考终。苟幸目前之安，不顾日后之变，非善议军国者。况海运军夫俱驱以河运，自永乐丁酉至今，未有能谈海道之由者。济后之急，谁当任之？[24](www.xing528.com)
从洪武、建文时期自太仓到辽东经行黄海的长途海运，到永乐、宣德时期远涉印度洋的下西洋活动，长期积累起来的航海经验、技术和人员队伍逐渐在内河航运中衰退无存，这的确是中国传统航海业的极大损失。然而回顾导致明代国家航海业由盛转衰的历次决策，却会看到在当时的历史情境下，每次决策都是顺应时势的合理选择。朱元璋以淮西官军进行海运，虽然在一定程度上造成了人地关系的错位，却是以政治安全保证技术安全的举措，有着合理的理由。明仁宗和明宣宗停止下西洋，从当时朝廷反响来看，也是因国家力量无法支持，又广受反对而导致的结果。
明成祖营建北京及北伐沙漠的重大物资压力，促进了内河转运南粮的发展，河船相对于海船的造价较低，使决策者最终选择内河航运作为南粮北运的方式。如《漕河图志》中对当时论证过程的记载：
造千料海船一只，须用百人驾驶，止运得米一千石。若将用过人工、物料估计，价钞可办二百料河船二十只，每只用军二十名，运粮四千石。以此较之，从便则可。[25]
从这种成本的对比来看，选择用河运取代海运确有充分理由，一则节省成本，二则风险较低。但将参与海运的官军尽数转入河运，后来又将下西洋的官军也补充到内河航运中，实际是逐步放弃了原有的技术经验和标准，同时也放弃了明朝水军的远洋航行能力。在明朝航海业由盛转衰的过程中，除停止下西洋活动外，使海运官兵全面转入河运，同样是造成其航海能力退化的关键所在。这两件事情并没有同时发生，朱棣将海运转为河运时，正是郑和船队远涉重洋、明朝国家航海业达到巅峰的时期，决策者自然无法预料到后人将下西洋活动停止，原有的海运官兵转入内河，此后世代相袭，再也无法恢复到明朝前期的航海水平。
而到明朝中期，在内河航运之余保留遮洋海运，一方面是为了运输蓟镇粮饷，另一方面也是为了尽量保存一些航海业的传统。明朝前期的国家航海业职能虽然全由遮洋总继承，但却未能保留之前的航海技术水平，又因从直沽到蓟州的短途海运转为河运，海运官兵主要在内地活动，平时从事的工作与海洋无关，导致其航海能力退化，最后完全无法进行远程航海。
在这种情况下，遮洋总的组成番号几次调整，先是将南京各卫调出，编入北直隶所属的几个卫，然后又彻底裁撤遮洋总，的确是因南方各卫前往渤海湾北部运粮距离太远，给军士生活造成诸多不便。后来明政府又在名义上恢复了遮洋总，是因为存有重建航海业的计划。由此可以看到，当时的每一次具体决策都有充分的理由，起因都是问题出现已久，有官员提出合理的建议和可行性方案，然后进行讨论，予以实施，在程序上并无问题。然而就是在这一次次合理的决策中，明朝的国家航海业由盛转衰，几至废弛。
作为明初洪武海运和郑和下西洋活动的直接继承者，遮洋总没能保持航海水平，由此造成的后果在运河通行时并不明显，但当明末辽东战事爆发，江南漕粮又难以运送到北方时，海运废弛带来的后果便显得格外突出。明朝前期国家的航海业发达，郑和下西洋的举动尤其引人注目，但其实际建立在明初洪武海运的基础上，后者又直接承袭元代从太仓到大都的海运，有着深厚的历史渊源和民间基础。元人行海运时，积累了丰富的航海经验，并留下大量技术熟练的水手，成为明朝前期国家航海业的基础。为了确保明政府对航海业的绝对控制，其动用大量内陆官兵从事海上活动，这样虽然保证了远洋活动的政治安全，却也为日后埋下了人地关系错位的隐患。
然而，当明初海运与下西洋活动停止之后，朝廷所能提供的航海人员及其经验的土壤已经不复存在，导致居住在内地的遮洋总官兵航海能力日益退化，民间的海洋事业又常受限制，政府也未对这些问题加以重视解决，直至明朝结束，也未采取切实措施重建国家海运体系，也没有着意吸收民间航海力量参与其中。因此只能认为在明朝中后期政府的主要治国思想中，并没有重视对海洋的主动经营，而是以防御为主，尽量避免海外力量对本土造成影响。早在明朝立国时，朱元璋就曾说，“朕以海道可通外邦，故尝禁其往来”[26]，这很大程度上成为后来明朝国家航海业的发展基调。而在明末，茅瑞征的一段话更能体现这种思路：
岛夷出没鲸波，西戎远在天末，从古不能与中国争衡。而通番之舶不禁，则勾引转滋；贾胡之来日众，则窥伺渐启。[27]
班固在《汉书·食货志》中曾说：“理民之道，地著为本。”[28]明政府在海洋问题中的一些举措看起来并不符合这个原则，比如让内地人去海上行船，又曾在沿海禁止海洋活动，在具体区域上是一种非地著的表现，但从明朝政府的角度来看，尽量减少海洋对国内的影响，让国家人口不流向海外，是一种更宏观的地著，是保证国家安宁的举措，是更广义的理民之道。晁错曾言：“不地著则离乡轻家。民如鸟兽，虽有高城深池，严法重刑，犹不能禁也。”[29]明朝中期之后的国家航海业不能令人满意，还曾一度给明末辽东战事带来困扰[30]，都体现了这种主流思想的长期作用和影响。
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