虽然漕运各卫的负责区间自有其合理原因，但长途北上运粮的任务，还是给遮洋总下属的南方官兵造成了很大负担。在嘉靖初年的调整之后，南京各卫被划出遮洋总，但余下的江北淮安等几个卫依然转运艰难。因此在嘉靖末期，根据淮安籍官员胡应嘉的建议，遮洋总被直接撤销。这次调整后来被认为是胡应嘉出于桑梓之情，照顾家乡军队的结果，但从实际情况看，淮安等卫距离蓟州依然太远，长途转运确实不便。正如裁撤遮洋总时的记载所说：
各总卫所疲乏居多，而遮洋远运边储，尤为困累……南京八卫缘以道路不便，改入江南等总，今淮、大等六卫官军非直道路不便，而流离困惫已极痛切，诚有大不便者。[13]
裁撤之后，江北的淮安、大河等6个卫被并入江北等总，北方的德州、天津等卫被并入山东总。但到隆庆五年时，内河堵塞，宋良佐建议重开海运，江北的淮安等6卫又成了海运的主力军队：
海运总：隆庆六年复开海运，设把总一员，领原设遮洋总下淮、大、高、扬、长、泗六卫，及分割扬州总下通州、盐城二所，下江总下镇海、太仓二卫，以河运额内旗军驾新造海船二百七十四艘，领漕一十二万石，其千百户官俱于原试海运及滨海卫所选用。[14]
到万历年间，海运因事故停止，但遮洋总的建制又被恢复，仅管辖江北的淮安、大河、高邮、扬州、长淮、泗州6卫和通州、盐城2所。新的遮洋总职责与海运无关，只是在内河与山东总一同运输漕粮。[15]万历四十六年，后金军队攻陷抚顺，辽东战场急需后勤供应，当地又存粮不足，户部希望遮洋总能够恢复明初海运路线，由淮入海，将南方漕粮运至辽东，但却出现了官兵“久不习海”，遮洋海船早被改造成内河运船，甚至是“遮总卫官惮于泛海”[16]的现象，给辽东战场的后勤补给带来许多障碍。
遮洋总是负责海运的部队，按说应当以航海业为分内职责，不致对航海产生恐慌心理。但从当时情况来看，遮洋总官兵长期不从事航海活动，让他们猝然进行长途海运，目的地又是辽东战场，官兵们确实也有恐慌的理由。而且从航海能力上看，遮洋总属卫的驻地在运河沿线的淮安、高邮、扬州，以至位置更偏西的泗州、凤阳，距海尚有一段距离。既不在海滨生活，又没有从事航海业的经验，遮洋总的海运功能已经名存实亡。早在明代中期，就已经有太仓生员毛希秉质疑官员邱浚的海运计划，认为应当让沿海人从事海运业，而不是让不习水性的内地人参与其中：
但当自募番客、灶丁、盐徒，及傍海大户惯习海涛者，听其所欲，不可强定腹里军民不习水性之人，以败乃事，斯可久行而无害矣……军夫不习水性，素怯海涛，岂可强所不能而驱之以冒险耶！[17](www.xing528.com)
这段论述中提出了一个现象，就是让不习水性的内地军夫从事航海业，出现了人地关系错位的问题。而从遮洋总的下属军队和功能来看，这种现象确实存在，虽然它是一支具有悠久航海业传统的军队，但其管辖的并不是沿海卫所，这支具有标志意义的国家专业航海队伍，其实是由内地驻军组成的。
为什么会有这种现象？如果从历史传统来看，虽然遮洋总一开始管辖的各卫确实航海活动经验丰富，但驻地并不在滨海地带，而明初海运时的大部分卫所，其实也都是内陆驻军。如本书第一章第二节中所述，从朱元璋时代开始，从事航海业的就主要是内陆卫所，这种以内地军民从事海运事业的，人地关系错位的现象，实际在明初就已经形成。
如本书第一章第二节中所述，洪武海运的一个典型特点，就是主要使用驻京和江北淮安、江南苏浙的一些卫所，其中又以京卫居多。而从军士籍贯上看，内陆官兵，尤其是淮西人在明初海运基层军官中所占比例很大。这是由于洪武年间使用元末割据政权水军运粮，要有大量来自淮西的嫡系官军一同出海，以起到监督作用。正是由于这些原因，朱元璋大量使用驻京军队和淮西官兵，从而保证了海运和辽东经营的顺利实施，却也造成了人地关系错位的现象。此后建文、永乐时期的海运继续沿用当年的卫所，使这种人地关系错位的现象进一步深化。
而在永乐年间开始的郑和下西洋远航中，也存在着与朱元璋时代类似的现象，只是这时的淮西官兵变成了北直隶官兵。如第二章第一节中所述，许多下西洋官兵的原籍是内陆北直隶地区，履历中没有任何与海运相关的经历，也没有航海技术和经验，之所以让他们出海，是因为他们曾随明成祖南下夺位，在政治上可高度信赖，又因下西洋需使用福船，所以在下西洋部队中加入了福州右卫、建宁左卫、建宁右卫、汀州卫这些福建官兵。
郑和下西洋之后，明朝再也没有其他的远洋航行机构，而仅存的遮洋总，也只是为了保存一些形式上的海运传统而设立。在长期的发展过程中，已然形成的人地关系错位现象逐渐固化，遮洋总因势相循，最终形成参与海运的各卫全是内陆驻军的情况。
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