隗瀛涛先生进行学科建设的另一个重要方面，就是他对中国近代史、中国地方史（专门史）和城市史学科建设的突出贡献。
专门史，现今是我校设在历史文化学院的一个强项学科。其建设历程是：1986年，我校获得国务院学位委员会批准，建立中国地方史硕士点。1993年，获准建立全国第一个“中国地方史”学科博士点，导师为隗瀛涛教授；以后，这个点的名称被调整为“专门史”，并增加覆盖其他研究方向。2000年，专门史被批准为国家重点学科。隗瀛涛先生为了这个学科的建设做了长时期的努力（1957—2006年，前后经历了40多年）。
早在大学读二年级（1954年）期间，隗瀛涛先生就参加了历史系有关大足教案和川东北地区白莲教起义的调查。1957年，他毕业留校，分配到四川大学历史系中国近现代史教研室。随后，他带领川大、川师历史系部分同学，到川陕苏区作红军革命史调查。1959年，开设中国近代史课程，并辅导“中国近现代史专门化”的学生进行《四川近代史》科研项目和教材编撰。
此后，他在科学研究上，经历了三次较为集中的大的探索开拓，使研究工作和学科建设不断拓展、创新、深入和提高。
第一次，是从中国近代史深入到中国地方史（1959—1986年，约27年）。学术代表作是《四川保路运动史》、《辛亥革命》（中册）、《四川近代史》（担任第一主编）。
1959年，隗瀛涛先生开始四川保路运动史的研究，因各种原因未成专著，此后20多年中继续研究，1981年出版《四川保路运动史》，为四川辛亥革命史研究的开拓性著作。
1976年，隗瀛涛先生参加新中国第一部大型辛亥革命史专著的编写，担任中册第一主编，1980年人民出版社出版《辛亥革命（中册）》，获得学术界高度评价。
1983年，隗瀛涛先生与四川省社科院合作，开始编写《四川近代史》，他担任第一主编，1985年该书出版，亦获得好评。
此一时期，隗瀛涛先生潜心于中国近代史和中国地方史专题研究，发表有关论文50余篇。
从1982年起，隗瀛涛先生招收中国近现代史学科的硕士生，并积极筹备和申报中国地方史的硕士点。我校于1986年获得“中国地方史”学科的硕士授予权（当时全国很少，记得新疆有一个点），此后他招收这两个学科的硕士生。
在1985年出版《四川近代史》之后，隗瀛涛先生认为他的研究见解还未充分展露，又配合我校历史系深入四川地方史研究之需（当时，系里在接受省地方志编委会委托举办数届全省地方志干部培训班之后，又组织本系教师撰写《四川古代史稿》，1988年出版），结合研究生培养，进行《四川近代史稿》（1990年出版）的撰写，集中反映了他独立研究的成果，深化了对近代四川社会的研究。在完成《辛亥革命史》（中册）的编写工作之后，他又开辟新的研究领域，将视角触及新的历史境地，探求新的理论，采用新的方法，组织编写了《辛亥革命与四川社会》（1991年出版）。
这一阶段，隗瀛涛先生经历了从中国近代史向中国地方史的不断开拓，开辟新研究领域的学术发展过程。为什么要从中国近代史深入到中国地方史？他认为，中国地方史是历史学中一门新兴的学科，它既是一门基础学科，又是一门应用学科和交叉学科。主要研究带有区域特征的经济、政治、社会、文化、民族等方面的历史，在历史科学乃至整个社会科学中都占有特殊的地位，并已成为当今国际上一股颇有声势的学术潮流。深入开展地方史研究，不仅是推动全国通史、断代史、专门史研究向深度和广度进展的有效途径，而且有利于准确认识中国的国情和地区、省、市情，为建设有中国特色的社会主义提供历史依据。[2]
第二次，是进一步深化中国地方史研究，重点转向开辟新的学术领域——近代中国城市史研究（1986—1993—1998年）。代表作主要有《近代重庆城市史》（1991年出版）、《中国近代不同类型城市综合研究》（1998年出版）。
从上个世纪80年代中期起，隗瀛涛先生将研究重点投入新的学术领域近代中国城市史。(www.xing528.com)
1986年，国家社会科学基金评审会将近代中国城市研究列入国家社会科学“七五”期间的重点科研项目，国家社科基金中国近代史学科组决定将“近代重庆城市史研究”列为四个研究课题之一，并由隗瀛涛先生担任课题负责人。城市史研究在过去并未受到学术界重视，研究者寥寥，资料积累极少，也无学术范式可循，更无有关专业理论与方法可遵。但隗瀛涛先生毅然受命，组织团队，收集资料，了解国内外学术动态，经过三年多时间的努力工作，先是主编出版了《重庆城市研究》论文集（1989年），然后于1991年8月出版《近代重庆城市史》（67万字）。该书得到学术界的好评，有史学界同行专家评价说：该书“篇幅浩瀚、内容丰富、材料翔实、叙述畅达而立意新颖，为城市史研究开辟了蹊径，这是一部很有学术价值和现实意义的重要著作”。该书获得四川省社科优秀成果一等奖。
对于把研究重点投入新的学术领域近代中国城市史，隗瀛涛先生的看法是，我国传统史学和近代史学很有成就，但存在“视野不广，课题老化，领域狭隘”的问题，需要拓宽、深化、创新，“构建具有现代精神的新学科是历史学改革的一条出路”。“在改革开放的新形势下，我国城市建设有了很大发展。1982年，国家提出了‘要以经济比较发迖的城市为中心，带动周围农村，统一组织生产和流通，逐步形成以城市为依托的各种规模和各种类型的经济区’。如何从历史的深度把握城市的形成、发展和功能的演变，并进而考察当今城市的状况、布局和发展，规划和预测城市发展的走向和城市近代化的道路，就成了一个有机交融在一起的理论与实践课题。构建历史学与经济学、社会学、城市管理学等学科交叉的新学科——城市史学就成了社会与学科发展所必需了。”[3]
由于城市史研究是一项全新的、规模大、涉及面广的科研新领域，既是一个新兴的交叉学科，又符合社会、经济发展的需求，因而学校对此非常重视，1988年，学校决定成立四川大学城市研究中心（1997年改名为四川大学城市研究所），隗瀛涛先生被任命为中心主任。经他的努力，《近代重庆城市史》课题研究工作得到了重庆市党政领导（包括当时已离任的领导）的关心和指导，得到了重庆市地方史研究会领导和学者们的大力支持和悉心帮助，得到了我校有关部门和专家的配合协作。课题组成员中，分章执笔的7人，都是川大历史系毕业的学生，其中有5人是硕士或在读硕士生。课题研究仍是与培养人才相结合，是研究生教学的重要活动。
在进行以上科研教学的同时，学校积极申报中国地方史博士点。1993年，经国务院学位委员会批准，四川大学“中国地方史”学科成为博士学位授权单位，隗瀛涛教授为指导教师。这是我国第一个中国地方史学科博士点。中国地方史的教学与研究由此迈上一个新的更高的台阶。1997年，经国务院学位委员会决定，将“中国地方史”学科调整为“专门史”学科，近年来该学科的招生研究方向有中国区域与城市发展研究、藏族史、民族社会研究、中国文化、中国学术史等。
《近代重庆城市史》项目完成后，隗瀛涛先生为了进一步拓展城市史研究，提出开展区域城市和分类城市研究。1992年，他作为课题组负责人所申报的“中国近代不同类型城市的综合研究”，获准列入国家哲学社会科学“八五”期间重点研究课题。1998年，《中国近代不同类型城市的综合研究》（63万字）出版。此书是在近代个体城市和区域城市研究成果的基础上，以近代化为基本线索，对近代中国的城市类型进行了划分，对不同类型的城市的兴衰、发展原因、发展动力、相互关系进行了深入的研究，将城市史研究推向一个新阶段。
1998年，隗瀛涛先生被省里认定为四川省首批学术带头人。
这一阶段，也是隗瀛涛先生大力培养研究生的时期。迄于1997年，他指导博士生10名（全为中国地方史学科，内4人已毕业并获学位，其余6人此后陆续按时毕业并获学位），20名硕士生（均毕业并获学位）。他的学生和参加他主持的研究项目的年轻学者，大多陆续晋升为教授，成为重要学术骨干或学术带头人（此后还有多名被批准为博士生导师）。
第三次是，关于历史研究的现代化及其与城市研究的现代化研究（自1999年前后开始到至2007年1月病逝）。
2000年，我校专门史学科获准为国家重点学科，使城市史、区域史的研究又上了一个更高的新台阶。
对于历史研究、城市史研究的现代化，隗瀛涛先生进行了许多思考，有不少探索性的见解，在他《古稀之年的回忆》中写了整整7页[4]，对新时期、新动向、新变化以及近代史、城市研究现代化研究的指导思想、理论依据、研究方法、研究手段等，提出了较为集中的有创见的看法。
新世纪以来，国家启动了大型文化建设工程——新编《清史》，隗瀛涛先生对此十分关注，他对新编《清史》体例体裁上如何继承传统史学，同时又如何进行创新和富有时代特色相当重视，提出了自己的见解，特别是关于增设城市史的建议受到重视。2004年底，国家清史编纂委员会决定增设《清史·城市志》经过在全国充分征求相关专家的意见后，通过投票表决，决定将国家工程《清史·城市志》委托我校城市研究所担纲编纂，并以隗瀛涛先生为课题负责人。二十四史均无“城市志”，因而如何编纂好《城市志》是一个学术难题。但隗瀛涛先生毅然受命，不顾病痛缠身，组织团队，集中进行此项工作，直至逝世。
这一期间，隗瀛涛先生还十分重视四川地域文化的普及和研究。本世纪初，在他的建议和助推下，四川省人民政府参事室、四川省文史研究馆决定编写“巴蜀文化走进千家万户”丛书，由隗瀛涛先生担任主编，计划出版30册（目前已完成出版30册的计划），从而大大地推进了巴蜀文化研究的大众化。2004年，在隗瀛涛先生的推动下，西华大学与四川省文史研究馆共同建立了“蜀学研究中心”。
正当我校专门史学科繁荣发展，城市史、区域史频出硕果之时，隗瀛涛先生却一病不起了！他重病住院，仍念念不忘在研课题的进展，其间曾回家休息的短暂时间，仍扶病继续进行《清史·城市志》的手头工作！
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