自书院产生，就有民办书院和官办书院。民办书院的经费主要由主办者筹集，官办书院则由官府拨给，或支钱币、或拨学田（街房产业）以收租、或划拨某项税收（如肉厘、盐税）中的一定额度。唐、宋时期以民办书院为多，到了元代书院官学化的趋势明显，明代进一步加快，清朝时期官办书院大量发展，其层次亦向县以下地区迅速扩展。据不完全资料估计，清代四川552所书院中，约90%是场（镇、乡）设立的书院[12]。此时，书院与官办学校的区别已经很小。
所谓官学化，主要内容是：（1）书院的创立与兴办须经官府审批。（2）由官府委派书院山长。（3）拨给经费，设官管理书院钱粮财政。（4）书院生员肄业后，官府安排职业（在清代还允许参加科举考试）。当然，书院官学化，还不能在书院与官学之间画等号，它们还分属两个不同的教育体系，但是随着清代书院的官学化普遍化的发展，书院与官学已没有根本区别。正因为如此，清末教育改制，大多数书院很自然地被改为官办学堂。
就民办书院而言，未曾划分也难以评定其办学等级，大体只能依其教学效果、学术贡献与影响来评论其水平的高低。官办书院则因其主办官府的级别（包括与之相应的办学规模、条件与能力等）而区分出不同等级。官办书院等级明显，以清代而言，有省级、道级、府（州）级、州级、县级、乡（镇）级等六级。
但是，书院的等级与层次不尽相等，要视其具体情况而定。以四川而言，明正德十三年（1518年）在成都建有省级书院大益书院[13]。康熙四十三年（1704年）四川按察使刘德芳建锦江书院，这是清廷允建的第一批省级书院。清中期以后全国又增省级书院29所[14]，其中就包括光绪元年（1875年）在成都新建的尊经书院。同是省级书院，光绪二十八年（1902年）书院改制时，锦江书院改制为四川大学堂（今四川大学前身）和成都府中学（今石室中学前身），尊经书院改制为四川大学堂[15]。至于道级以下书院，改制时基本上分别为高等或初等中、小学堂（也有两等学堂），在同级书院中，有的是中学堂，有的却为小学堂；有的是高等中、小学，有的却为初等中、小学，皆视具体情况而定其办学层次。(www.xing528.com)
关于历史上的书院，还要说明两点：
一是，今日的一些高等学校，是由书院改制变化而设立的。据不完全的了解，如浙江大学的前身是求是书院（1897年）；南京大学由金陵大学等组建，金陵大学的前身是汇文书院（1889年）、基督书院（1891年）、益智书院（1892年）、宏育书院（1907年，为基督、益智二书院演建）；湖南大学的前身是岳麓书院（973年）；四川大学的前身是尊经书院（1875年）、锦江书院（1704年）部分。
二是，中国书院传到国外，特别是东南亚国家。有资料表明至迟在明正统四年（1439年），朝鲜李氏王朝君臣沿用中国宋代的书院制度发展其教育事业。在朝鲜半岛，历史上曾有过600多所书院。在日本、马来西亚、新加坡等都有一些书院。在意大利、美国也有中国式的书院。[16]
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