书院主要有教学（包括学术研究）、藏书（包括流通与刻书）、供祀三项事业。
教学是书院的主体事业，其内容是以儒家为主的传统国学（到了近代，逐渐增添了西学内容），一些书院既是当时一定区间的教学中心，又是学术研究中心。有的书院还是学派的发源地和活动基地。其教学形式有升堂讲说、直面辩难、会讲（学术讨论）等形式。有书院章程（规约）、考课、奖惩、升黜等制度。
书院都有藏书，根据书院的规模和能力，或设藏书楼，或设藏书室、藏书柜，并有图书借阅制度。不少书院还编书、刻书、印书，留下了许多有价值的书籍、讲义、课艺集等。
为了“学以景行，祀以志思”，“使诸生有所矜示”，书院还进行供奉祭祀活动，或设祀祠，或设祀像、牌位。供祀对象大多是儒学先哲、乡贤、乡宦。元、明以降，书院的供祀，又逐渐与民间信仰相联系，崇祀“奎（魁）星”，直至清代书院普遍崇祀“文昌帝君”（其中以四川书院为最盛）[6]。(www.xing528.com)
书院的建筑布局，亦与三项事业相适应。稍具规模的书院一般皆有堂（讲堂）、斋（书斋、斋舍）、楼（藏书楼）、祠（祭祀祠殿）及行政、后勤用房等基本建筑。如岳麓书院，讲学部分：讲堂、教学斋、半学斋（讲于堂，习于斋）、湘水校经堂、明伦堂、百泉轩（山长住处）、山斋（山长住处）旧址。藏书部分：御书楼（藏经阁、尊经阁）。祭祀部分：文庙、濂溪祠、四箴亭、崇道祠、六君子堂、船山祠、屈子祠、文昌阁。此外，还有一些纪念性建筑。[7]。白鹿洞书院：礼圣门、礼圣殿（大成殿）、明伦堂（彝伦堂）、御书阁、紫阳阁（朱子祠）、先贤祠（报功祠）及其他房屋。[8]又如锦江书院，其主要建筑有大厅、讲堂、书舍（斋、房）、藏书室、奎阁、文翁祠、乡贤祠、山长训课所、会客室、山长舍、监院舍、斋长公舍、仓房、厨房及其他用房。[9]尊经书院有讲堂、食堂、院长斋舍、学生斋舍（东西上下四斋）、尊经阁（图书馆）、祀祠、刻书局等[10]。
书院的管理大致有业务的、行政的职事和生员自理的职事，按书院不同情况分设各类人员，现将多见于不同书院的职事列举于下。山长（山掌、院长、洞主、掌教）是书院的教学和学术带头人兼行政首脑。下有主讲、副讲、都讲、助讲、讲书、堂长、训导、司录等。行政人员有监院（实际上的书院行政首长）、副监院（掌管）、监斋、司事、书办、礼房、号房、缮写，以及各种杂工等。生员的自理职事有斋长、副斋长、协理斋长、司纠等[11]。
书院有高级教育或专门研习，也有童蒙教育，因而招收学生，一般没有年龄限制。民办书院比较灵活，招收生徒的方式也多种多样。官办书院则相对规范些，县级以上书院的生员，多以考试招收或在下级书院（学校）推荐生徒中审定，同时亦有其他方式；但低层次书院在招生方式方法上亦多种多样。
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