为了适应时势发展需要，推进维新变法和改革教育，尊经书院在教学上既保证以传统儒学为主体，又注意经世致用，宣传学习社会实用的学科和西方的先进知识。在图书资料的采购、收藏上有明显变化，增加了中西时务书报、挂图、标本和仪器等。[36]还要特别提到的是开设书局。
尊经书局设在尊经书院内，“庀集工匠，就院雕刻……博士弟子躬任校雠，仅十余年成书数十种”。其内容主要是儒家经典，伍肇龄等给四川总督王人文的呈文中说：“院中开设书局，随时印行，以给学子之求。”[37]亦印行书院教学科研成果和师生著述。后者如张之洞的《輶轩语》、《书目答问》，王闿运的《古文尚书》、《尔雅注疏》，刘岳云的《算学丛话》、《喻利算法》、《四川省城尊经书院讲义》，廖平的《今古学考》、《经学初程》、《群经凡例》以及《蜀学编》、《蜀秀集》和尊经课卷集，等等。此外，尊经书局还承担《蜀学报》的刊印和“蜀学会”有关资料的印行。可见尊经书局是服务于书院教学、振兴和传播蜀学的。
自书院改制以后，尊经、锦江二书院藏书和书局刻书书版“展转移徙，后归官报书局”。宣统三年（1911年）官报书局易名官印刷局，伍肇龄等具文四川总督王人文，要求将这些图书和书版，移交给上年设立的四川存古学堂，提出“仿照前例，设置书局，及时补葺，专意刷印”，王人文批示中嘉奖伍肇龄等“留心古籍、保存国粹之意”，“即檄行官印刷局遵照办理”，由存古学堂派人“逐项协同清理，当面交收，妥为庋藏，如有残缺，随时修补完整，并选工加意印行，以广传流而资服诵”，并要求“此后该学堂永专职守，即有交替，共负责任”[38]。(www.xing528.com)
据档案所载，尊经书院向四川存古学堂移交的图书共77种、423本（未详其复本情况），移交的尊经书局所刻书版共55种书、15901块（外有7种书版“移送选科师范学堂”）。[39]辛亥革命后，四川存古学堂先后改设为四川国学学校、四川公立国学专门学校，1927年设为公立四川大学中国文学院[40]，上述图书和书版也随之移入四川大学图书馆（具体情节和图书、书版数量尚未见载录）。经过近一个世纪的嬗变播迁，至今四川大学图书馆还收藏有尊经、锦江二书院刻印的部分图书和尊经、锦江二书局刊刻的少数书版。
书院刻书始于宋代，至清代为最兴盛，形成了古代刻书史上独树一帜的书院刻本。清末，在“西学东渐”的大潮中，中国的教育事业出现了重大变革，维新变法，废科举，兴学堂，陈旧教材在西学东渐和近代教育体制的巨变中被修订或淘汰势在必然，书院既要坚持维护传统儒学，又要随时势而变，为教育变革服务。尊经书局正是在这种形势下诞生、发展起来的，它在保存国粹、改革教育、发展学术、开通风气和推进蜀学转型等方面作用明显，还培养和锻炼出傅樵村等出版界著名人物。尊经书局是四川近代新兴出版业的前身，并成为当时闻名全国的书院专门出版机构之一[41]。
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