《蜀学编》在卷首明确指出，“此版流传，庶吾蜀士皆知汉唐宋元明以来及我朝相承之学”[22]，所选列入传记之学者，皆为“蜀学之脉”[23]。其选列标准，一是地域。只限清末之四川，“汉中地今属关中，犹龙安之属蜀也，故汉中人不载是编”。二是学行。“是编固以学问为归，而兼有经济者，亦并述其政绩，采其奏议，以著体用兼备之谊。”“但或学术不传，第以勋业节烈著闻……不敢泛入。”“是编所录，皆择其心术、学术不诡于正者。”三是求信。凡“后人附会”、“传疑”、“无确证”等，“亦姑略焉”不入是编[24]。据此标准，高赓恩、伍肇龄、方守道等在该书初刊后的十多年里又进行修订，“大率增者什三，删者数十，而一其人无关于学脉者也”[25]。将“尊经本”与“锦江本”相比对，入传人数由80人（内正传63、附传17）增为114人（内正传74、附传40），有增有减有调整，计：汉代删去王褒；唐代删去李白；宋代删去苏洵，把苏辙从正传附列苏轼传，新增26人（内正传9、附传17）；元代删王申子；明代新增10人（内正传4、附传6）；将列入明代的费密调整列入清代。
《蜀学编》首列人物为西汉张宽，止于晚清范泰衡。该书所列入正传的74人中，以汉代（14人，占19%）、宋代（32人，占43%）为多，而其附传40人中，宋代有30人，占75%。附传人物均分别列在一个正传人物之后，为该正传人物之门人弟子或兄弟、子侄、孙辈等，亦有朋友，如汉代任安附3人，宋代张栻附8人、度正附3人、魏了翁附6人，明代任少海附5人。从这114人物中，可以看到编者是在探讨蜀学发展的“学脉”源流，遴选蜀学名儒，构建蜀学学统架构。
《蜀学编》编纂主旨在于，“敦崇四教，以上溯邹鲁渊源”、“维持正学”[26]，即维护儒学传统。在学问上，该书是以经学、理学为主，从两汉一直贯穿到清代。这从两个版本相比较就能明显看出，因此唐代只选入仲子陵一人，就不难理解了。对于蜀学之脉即发展源流和学统，高赓恩有明确论述，他写道：“窃维蜀学之脉凡四五：汉则传经重大师，取其有行谊，诸如张叔文一流，而扬子大儒不敢诬，李唐附之，是谓洙泗之脉。宋初诸儒渐启周程之绪，中叶以来，圣学昌明，则取谢、谯、范一流，而苏子名儒不敢摈，是谓伊洛之脉。南轩为晦翁畏友，鹤山乃紫阳再传，一时承学翕然，智术无二，则取张、魏两门，而虞子伟儒不敢外，是谓湖闽之派。元承宋学，明初承元学，嘉靖以还，少海似薛、吕，大洲宗陈、王，学者宗之，是谓津会姚泾之派。国朝名儒宗派虽殊，渊源自合，据是为断。”[27]有关蜀学源流、学脉发展、学派析分、学统构建等，尚需广搜资料、深入探究、开展研讨，但《蜀学编》如此着力地系统梳理蜀学发展源流，并意图建立蜀学学统架构，在中国学术史上还是第一次。(www.xing528.com)
《蜀学编》的编纂印行，是尊经书院对蜀学和蜀学研究的重要贡献。[28]
还要提到的是，在编纂《蜀学编》、构建蜀学学统的同时，尊经书院的师生也在经学典籍整理研究方面开展工作，以建立经学和蜀学新的学术体系，如廖平“创为今古二派，以复西京之旧。欲集同人之力，统著《十八经注疏》（《今文尚书》、《齐诗》、《鲁诗》、《韩诗》、《戴礼》、《仪礼记》、《公羊》、《谷梁》、《孝经》、《论语》、《古文尚书》、《周官》、《毛诗》、《左传》、《仪礼经》、《孝经》、《论语》、《戴礼》。《易》学不在此数），以成蜀学。见成《谷梁》一种。……因旧欲约友人分经合作，故先作《十八经注疏凡例》”[29]。这是尊经书院振兴近代蜀学的另一个极为重要的问题，将另文论叙。
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