北宋中期，理学已初步形成并有所发展，但其地位不稳定。直到晚宋时期，理学才被认作官学，确立了统治地位。
1．从曲折发展到“伪学”
熙丰年间，理学发展。元祐更化，理学人物被贬逐。绍述之政，理学人物又掌朝政。徽宗即位之初，向太后（神宗皇后，保守派人物）权同处分军国事，改革派与保守派互相攻击，乃有“本中和而立政”的调和政策（“建中靖国”年号）。崇宁元年（1102）七月蔡京任右相，九月，以崇奉熙宁新法为名，否定“建中新政”，籍元祐旧党120人，称为“奸党”，理学人物又遭打击。理学代表人物遭贬锢，崇宁元年十二月禁止施用“元祐学术政事”，二年“追毁程颐出身文字”。三年，又有元祐、元符党人之禁，立《元祐党人碑》，共籍309人。
南宋初年，以北宋之亡罪于王安石。秦桧当政，利用、扶持理学派以扩势（后因理学家反对屈辱求和，秦乃阴佑新学），以后赵鼎又扶理学，故新学为主流，但仍“遵尚程颐之学”。
孝宗时（1163—1189年，二十多年间），学术思想活跃，有“百家争鸣”之称，“诸儒彬彬辈出”（黄震语），蜀学在孝宗扶植下崛起，形成新、理、蜀三大学派。
宁宗时，韩侂胄当政，庆元三年（1197年），“籍伪学”，赵汝愚、朱熹等59人被籍为“伪学逆党”。庆元四年五月又“诏禁伪学”，直到嘉泰二年（1202年）二月才“弛学禁”。[10]这就是“庆元党禁”，历时四年多。期间，理学学者受到很大打击。
可见，理学经历了从曲折发展（基本是自由的）到被禁为“伪学”的过程。
2．从“伪学”到正学(www.xing528.com)
“开禧北伐”，韩侂胄失算。开禧三年（1207年）十一月初三，史弥远（时任礼部侍郎）秉承杨皇后旨意，以密旨杀死韩侂胄。嘉定元年（1208年）三月，宋与金讲和，订“嘉定和议”。史当政（同年十月为右丞相），为固其位，乃奉理学，用理学人物，弛党禁。
弛党禁后，党籍中人陆续恢复名誉、官爵或被重新启用（如追复赵汝愚、朱熹）。嘉定年间，宁宗先后赐谥号于朱熹（文，二年）、张栻（宣，八年）、周敦颐（元）、张载（明）、程颢（纯）、程颐（正）（均九年以后）。理学学者的政治地位和理学的“正学”地位得到皇帝正式承认。
3．从“正学”到独尊的“官学”
理宗大倡理学，通过“崇奖”加以独尊，确立其统治地位。
宝庆三年（1227年）正月诏云：“朕观朱熹集注《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》，发挥圣贤蕴奥，有补治道。”[11]赠朱熹为太师，追封信国公。绍定三年（1230年）九月，又沿用封赠孔子、孟子之例，改封朱熹为徽国公。
淳祐元年（1241年）正月诏：“朕惟孔子之道，自孟轲后不得其传，至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见实践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹精思明辨，表里混融，使《大学》、《论》、《孟》、《中庸》之书，本末洞彻，孔子之道，益以大明于世。朕每观五臣论著，启沃良多，今视学有日，其令学官列诸从祀，以示崇奖之意。”同时，斥王安石（新学之首）为“万世罪人”，黜其从祀孔庙。还“封周敦颐为汝南伯，张载郿伯，程颢河南伯，程赜伊阳伯”[12]。
至此，理学的道统亦为皇帝正式承认，皇帝对理学及其代表人物的“崇奖”，对“新学”的贬黜，使理学得以独尊，成为官学，理学的统治地位得以确立。这对元、明、清有巨大而深远的影响。
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