太平天国军兴之后，清政府地方政府体制受到了强烈冲击。太平天国运动所到之处，地方大员或战死或别走，损失无数。面对瞬息万变的战时形势，清政府不得不下放部分权力，以保证军事胜利为第一要务。而督抚权力的扩张，直接导致地方官制中“小大相制”的失衡。
第一，经济大权。清朝布政使“掌一省之政，司钱谷之出纳”，并定期汇册报送户部审核，直属户部管理。[7]督抚对地方财政一般只有综核之责，而无直接调拨之权。太平天国运动爆发之后，面对巨大的军费开支，清政府不得不下放部分财政权至地方的一线官员。咸丰年间清政府首先在太平天国起义发端的两广地区准予暂开捐输，同时也规定藩司“自应统筹一切”，各军需局“协同妥办”，仍报户部审核。[8]但在战时环境中各省拥有很大的自主权，并不能保证户部的稽核之权。为缓解战事发展导致的财政危机，清政府不得不于咸丰二年批准了两广总督徐广缙继续办理捐输的申请，制定并颁布了推广捐例章程，各省随之设立捐局。[9]由于捐局一般由藩司、粮台和军营并得助理，曾国藩就曾奏请“行营所至”，“准令臣随处劝捐”，湘军将领直接掌握了部分捐局自主权。[10]
随着厘金制度的实施，原先地方上掌握财政大权的布政使权力被进一步削弱。由于战事的扩大，军费开支浩繁，原有的税收制度已经远远不能满足镇压各地起义的需要。咸丰三年，帮办军务的副都御史雷以
于扬州仙女庙等地创办厘捐，成效显著。“是年苏、常迭陷，丁、漕无收，乃设厘局于上海，藉资接济；又设江北厘捐，归大营粮台经理。”后经胜保奏请，准予推行全国。自此，各省巡抚、湘军和绿营纷纷就地设局抽厘。到咸丰五年，江西已设六十五局卡，湖北设四百八十余局卡，湖南亦设城内外总分各局，江苏扬、常、镇各府属添设五局，厘捐很快成为各地筹措军饷的主要来源。[11]
厘金制度推行前后，由于没有统一规制，议定各省督抚自行掌握，酌量抽厘。地方督抚与统兵大员趁机设立专门机构，管理各地所设厘局，户部与布政使司往往不能问其出入，财政职权形同虚设。咸丰十年五月，曾国藩奏请在江西设立粮台，由藩司总办。另外，又设立牙厘一局，自己“遴委道府大员专管，不归作藩司收款”。此外，还将牙厘与钱漕分开办理，江西本省巡抚经手钱漕，“以发本省绿营以及各防兵勇之饷”；牙厘则归曾国藩设局经收，以供湘军使用。[12]同治元年，曾国藩又以总办粮台的藩司“漫不经心，玩视饷务”为由，奏请“所有厘卡大小委员由臣随时札撤，自皖派员赴江办厘”，“与藩司会同办理”。[13]自此各省设立的厘金局、牙厘局等财政机构，大多改由督抚派出专员管理。或名为藩司管理，实则所收钱财均归统兵督抚调用，致使藩司仅有会核之名，而无察实之权，督抚已经代替藩司逐步掌握了一省财政。
第二，政治地位的变化。有清以来，两司虽名为督抚的属吏，实际上督抚对两司并没有任免之权，相反两司还拥有直接上奏之权，客观上对督抚起到监督作用。雍乾时期清廷更是注重保护地方上的均衡体系，鼓励两司“照常具奏”。“夫督抚果能公正自矢，毫无欺隐，固不待旁人之纠察。若使稍有未协，而两司均得据实入告，则督抚亦有所防检而不敢恣，此亦互相觉察之一道也。”[14]至于用人之权则牢牢为中央政府所控制，督抚仅能任命官职较低的地方官，范围为道府州县衙门的正印、佐杂和教职人员，且定额十分有限。一般情况下总督可保举三员，巡抚可保举两员。清朝前期特别是雍正朝期间，为了更好地了解和统治地方，在藩臬两司的任用上更多赋予督抚保举权。“外任督抚藩臬，为全省之表率，关系甚重。凡内外大臣，受国家厚恩，均当留意于平时，秉公奏荐，尽以人事君之道。”[15]然而为防止督抚权力的扩张，至乾隆时期朝廷又逐渐收紧两司任命之权，乃因“藩臬为通省钱谷刑名总汇，皆朕特加简畀，委任非轻”，故而特别慎重。[16]
咸同年间，随着战事发展，大批地方官员或战死或别走或罢黜，亟需人员补充。为“选择能战之文员”以补实缺，清政府不得不谕令曾国藩、李鸿章等督抚“择其才堪胜任并娴军务者，不拘资格酌保数员”，且保举范围及保举资格都较前朝扩大，出现了督抚保举两司的又一高潮。[17]咸丰七年胡林翼在湖北时因州县悬缺待人，奏请不拘文法资格拣员委署，得到谕允。后来他索性撇开藩司，独揽破格委署和免黜地方官之权。同治元年十二月，清政府又命两江总督曾国藩胪举封疆藩臬人才，提出：“有职分较卑而器识甚远，将来勘以登用者，并着一并具奏。”[18]与此同时，保举任用的程序也趋于简单化。一般报案列名不加考语，督抚开单呈报后，经皇帝允准，吏部即照折注册。一时之间两司任上多为督抚所保举之湘淮系统领，这些旧日部下成为督抚名副其实的属吏，如江忠濬、马新贻、刘长佑、严树森、赵焕联等人，均为曾国藩的湘系将领。据统计，且不包括李鸿章的淮军系统，“仅曾国藩集团，官至总督、巡抚、尚书、侍郎、提督者即有数十人之多；官至道员总兵以上者又有一百数十人。保至武职三品以上者竟然多至数万人”。[19](www.xing528.com)
而这一期间两司直接向皇帝进折数量的急剧减少，也部分反映出两司权力的削弱。据现存雍正朝之后宫中档朱批奏折来看，乾隆朝藩司所上奏折最多，且内容广泛，除例行定期觐见折外，尚涉及农业、经济、赈灾、民生等诸多方面。而随着两司权力的削弱，逐步成为督抚的附庸，其单独进折数量已大为减少，内容也无外乎奏报交卸任谢恩的礼节性奏折。涉及地方事务则更多由督抚进折。对此，光绪帝也不由感慨，“近数十年来，各省藩臬除谢恩及奏报到任交卸外，绝无陈奏事件，殊非朝廷兼听并观之意”。[20]督抚与两司权力均衡态势被打破，也加剧了地方督抚势力的进一步扩张。
第三，督抚司法权的扩张。按照清朝制定的政策，按察司为一省刑名总汇，专司刑名。遇有重大案件，臬司须会议藩司，以听于部院，直接对刑部负责。此外，总督例兼都察院右都御史，巡抚例兼都察院右副都御史。重大案件具题或具奏，督抚常须会衔。在地方审判系统中，凡属徒罪以上案件，必须解送上司衙门复审。原则上斩绞人犯解审到督抚，军流人犯解审到臬司，徒罪人犯解审到府。一般而言，涉及死罪案件，均需由督抚专本或专折具奏，发交刑部核拟具奏。斩绞立决案件，奏旨依议后方可确定。斩绞监候案件，奉旨依议后尚须经每年各省及中央两个阶段的秋审程序，进行复核后由皇帝裁决。这种统由刑部复核，终由皇帝批准的制度，既体现了握有生杀予夺大权的皇帝的绝对权威，又标榜了皇帝“慎刑恤罚”的爱民之心。[21]
咸同军兴之后，随着战事的加紧，各地涉案人员增多，无法悉数上奏朝廷后等待裁决。更何况“当贼匪横行之时，纷纷提解，或致意外疏虞”，实属难办。[22]“若待交部审拟，恐事机延缓，于众心无所惩创”，也并非上策。[23]为此，各地督抚与统兵将领纷纷上奏朝廷，要求改变以往的死刑复核审判制度，争取地方“即行就地先行正法”之权。[24]咸丰三年二月，曾国藩上奏“恭请王命，立行正法”。他指出，“当此有事之秋”，须“诛锄其刁悍害民者”，“不敢不威猛就时，以求于地方有益”。[25]为此曾国藩还在寓馆设立了审案局，“派委妥员二人，拿获匪徒，讯明定供，即用巡抚令旗，立行正法”。[26]即使是寻常痞匪，也“加倍严惩，不复拘泥成例概以宽厚为心”。由于这种审判机构一般为督抚直接任命属员管理，以往掌一省刑名总汇的臬司被排斥在外。
对于握有实权的统兵将领独揽地方司法权的意图，清政府也不得不从战时现实考虑，称“办理土匪，必须从严，务期根株净尽”，[27]“敕各省团练格杀土匪勿论”。[28]咸同年间，地方督抚及领兵大员逐步获得了独立的司法权。到光绪朝，督抚单独设立的地方办案机构进一步增加，待质所、发审局、候审局、清讼局等纷纷出现，对原有的地方司法审判体系形成冲击之势。
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