1854年7月，红单船50艘终于驶入长江。8月5日，游击吴全美所带的25艘红单船抵达浦口江面，金陵下游各种船舰计达90余艘。8月24日，红单船与拖罾船会合上驶，直抵下关，连战击败太平军。清帝赞谓：“足以寒贼胆而振军威，粤东红单船，本系得力舟师，一经调度合宜，即可指挥如意。”[17]鉴于上游红单船等船只较单薄，上谕同意向荣的意见，从下游调拨都司陈国泰统带的红单船10余艘，前往太平（皖江要冲）协剿。[18]
9月中旬，清军与太平军战，多次取胜。下旬，太平军为占浦口洲，建水营，江南水师定海镇总兵李德麟令吴全美带船折回。当时清军江面攻剿正在得手，太平刚收复，但安徽、湖北太平军大举压下，芜湖吃重万分。9月25日上谕称：吴师驶回后，上游过于空虚，尤须严防，“不可顾此失彼，徒令得力师船，往来行驶，致两无裨益”。向荣持相同意见，谓上游红单船进攻得手，已扼采石矶，截断江面，为“中流砥柱”。但亦异常吃紧，若调回将致前功尽弃，“大局一坏，实属不堪设想”。陈国泰之船，因瓜洲攻剿至紧，不能相援，吴师已孤。下游水师船多，敌援早断，其势较弱，故不必调吴船回驶，掣动大局。[19]10月9日，上谕称：“扼守上游，使贼船不能下驶，为最要机宜。”已令陈国泰分拨船只溯流而上，与吴全美全力堵剿。下游红单船、拖罾、广艇等八九十艘，要共同协剿。[20]10月17日，向荣上奏，谓吴全美以各种借口推诿，屡催不进。10月25日和11月3日，清帝接连降旨，强调力扼上游之特别重要性，斥责吴全美、叶常春带红单船和拖罾船擅自折回的行为，令其迅赴上游，并令陈国泰率船飞速上驶，不准片刻耽误，否则从严参办。[21]
自红单船占领采石矶后，太平军的水路接济已断。12月初，九洑洲太平军营垒被除，武庆陆路清军及李德麟等师船，已足资控扼。12月9日，上谕令吴全美、叶常春的红单船和拖罾船，并续拨之红单船，一齐上驶，以断金陵太平军的来路。[22]下游金陵与镇江的水路也已隔绝，仅瓜洲仍通往来，零星接济未断。
同年底，曾国藩湘军自蕲州直下，清帝令托明阿（钦差大臣，上年9月督水陆师破浦口）、向荣向上迎击。向荣严饬吴全美、叶常春设法会同李德麟等，迅断太平军所设桥链，进而扼守上游，俟与湖北师船，并力夹攻，肃清江面。他设法激励所有管带师船之官兵，并随时补足弹药粮饷，而屡催红单船自浦口上驶，却迁延观望，察知是吴全美与叶常春意见不合，互相猜忌和推诿，实有畏敌情绪。于是与托明阿相商，以叶常春改率局船防堵浦口下游，李德麟接带拖罾船与陈国泰的10艘红单船随吴全美上攻。[23]
1855年初，清水师续行上攻，红单船和拖罾船因船身笨重，非有东北大顺风，不能出击。1月25日，东北风渐发，吴全美与李德麟即会督各船起碇，分三队沿长江北岸、江中及南岸进击。在下关附近激战，损伤数艘，加以风力愈弱，只得收令退回。
同年春，向荣师船沿江而上。3月26日，陈国泰的红单船与鄂黔粤三省官兵及潮勇水陆夹击，打退由瓜洲进攻高资的太平军。3月30日至4月4日，红单船击沉太平军多艘船只。4月22日至5月11日，清军水师进剿上游大胜。据向荣奏称：吴全美统带红单船，“自上年由金陵深入贼境，直至太平金柱关一带，每仗皆捷，先后扫荡贼船，不下千只，嗣因冬干风阻，迹涉迁延，其功过本两不相掩”[24]。
托明阿督水师沿江扫荡，迭破太平军营垒。金陵以上之三山峡，为滨江要隘，太平军以重兵据之。5月4日，清帝敕令水师乘初次得手之声势，南北约会，分攻瓜洲和镇江，并剿除金山太平军营垒，“节节进扼，使南北之贼，不能互相勾结，则剿办自易为力”[25]。5月13日，向荣派吴全美等率船上驶，水陆会剿。5月19日，乘东风大作，清军水陆会合，各船仍分三队进击，连日取胜。5月31日，吴全美指挥红单船，施放喷筒火箭，烧毁太平军哨楼。由此，“三山峡上下水面一律肃清，水师棹行始便”[26]。
由于水陆攻剿激烈，红单船多有伤损，亟需休整。红单船和拖罾船需补充弹药和饷项甚巨，为此，向荣奏请从各省调拨弹药和款项，并催促广东应调未至之碣石镇总兵谢焜，统带拖罾船30艘和红单船20艘，迅赴江南。[27]7月5日至6月27日，清军水陆夹攻大胜关（江宁镇）。10月上旬，水陆协作，剿除了太平军在芜湖的外援营垒。然后，红单船参与围攻芜湖并堵截从金陵出援的太平军。(www.xing528.com)
1856年初，李德麟与吴全美合力围剿，使芜湖成为孤城。同时，清军南北大营相约合攻金陵及镇江，陈国泰统领红单船和拖罾，在江面截剿，阻止太平军于南北两岸往来。吴全美抽调红单船20艘节节扫荡，直逼大胜关。李德麟统带芜湖各船，分扼上游。2月22日，向荣得上谕：据叶名琛奏报，续调红单船27艘，令李新明管带，于上月8日自广东开行。[28]3月17日，清军合围芜湖，吴全美督带水勇在江中截击太平军船只的接济。稍后，李德麟率领红单船和拖罾船进剿大通之太平军。入春，沿江要害，皆已有清水师驻守。3月28日，翁同书奏江防五要，并请饬续调广东红单船入江，力扼江皖上游。建议待红单船一到，“宜催令即日上驶，扼守江宁上游鍼鱼嘴，以补空虚，断皖省贼船由巢湖及内河出江之路”。上谕令续援红单船迅赴江南，听候调遣。[29]
4月初，清军水陆夹攻黄泥洲，陈国泰督带红单船驶赴高资，并登陆作战。直至月底，吴全美等水陆围攻芜湖，断其接济。李德麟继续在大通一带进剿，为陆路清军之声援。5月5日，广东游击李新明、都司黄彬率红单船27艘，先后自上海吴淞口入江，抵达焦山，会同三江口防剿。11日至13日，红单船在芜湖沿江轰击，各船兵勇并登陆截剿，经连日作战，虽损失不小，但仍扼守江面。5月20日，向荣令红单船即日攻下江宁镇老西江，以巩固北岸江防；扼守浦口的李新明，将所属红单船分拨11艘并归下游；前调上游的陈国泰红单船10艘，改由李德麟管带，即日驶回下游。[30]
1857年2月，李德麟率红单船自长江下游入皖进剿，至繁昌旧县峡口受阻，与太平军船只对峙达7个月之久。9月9日至15日，湘军水师提督杨载福率军由西往东，连战皆捷，克彭泽，夺小姑山，肃清湖口以下700余里江面，与李德麟部声势联络。杨军“不出旬日，转战千里，红单船骤见旗帜，群惊为神”。两军会合后，杨氏将所获粮食、船炮等，悉付红单船作为劳军费，称：“非君辈扼要疲贼，我军虽锐，不能如此之速也。”湖北巡抚胡林翼奏称：原以为“红单水师勇悍难驯，统将辄不易调遣，今目睹杨载福奋勇冠军，士卒用命，当为心折，大军东下，庶克和衷，尤为军务之关键也”[31]。
1858年7月2日，官文（湖广总督）、都兴阿（江宁将军）、胡林翼等上疏条陈水陆东进机宜，称：“九江上达川楚，下通三江，为南北七省咽喉，自古战争之地，收复非易，防守宜严”，已拨重兵驻守。“再令彭玉麟水师，分布江西内湖，并大江湖口、浔阳等处……杨载福直达安庆，相机下驶，无返顾之虞，得以会合芜湖红单船，并力东征”。并谓“再闻红单炮船，诚属利器，足以制敌，其将弁中必多战手。惟船身笨重，不如长龙、三板，进退攻击，风帆便捷，其水勇闻亦性情难驯，应请密饬带兵大员，与杨载福和衷共济，合为一体，相机妥办”[32]。8月22日，和春调上游红单船8艘，分泊三山、下关，以断太平军接济。
1860年7月28日，钦差大臣、两江总督曾国藩咨询杨载福，欲调吴全美赴下游各江口布防。杨以吴的红单船仅37艘，李德麟仅10艘，合之尚成一军，分之实形单弱，遂促李与吴会合，并赴下游，听候扬州总兵李若珠调遣。[33]这年6月，太平军攻占松江，李若珠奏请饬令芜湖吴全美、李德麟等艇船，移防下游。自奉旨后，已逾2月，尚未东下。8月17日，李秀成进攻上海，李若珠应援之，形势危急，后靠外国洋枪队支援而解围。
直至1861年底，“水师转战数年，肃清上游千里余，实赖杨载福、彭玉麟（即广东按察使，从军8年，专领水军）二人互相维持”[34]。此后，广东战船仍在苏皖继续助剿，如1862年11月8日，黄彬曾率广东新至红单船36艘巡江，击败太平军于福山港。
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