入教的人最初只是求佛保佑，消灾解难，并没有其他的意图，不像天地会、白莲教、大刀会等包含着种族和政治的思想。据官劲丞在《南通军山农民起义史料》所考证的，两杯茶教起义的原因在于“当时江阴、常熟地区的太平军确有移军北渡的计划”[27]。经由盛广大的组织和介绍，并“得到太平天国军方面的联系和策动，复经过了一段时间的组织酝酿之后，才作出这一空前大举的武装起义计划来的”[28]。
在姚民哀所撰的《中国秘密党会小史：两杯茶教》、朱自振的《慷慨悲壮的两杯茶教案》、徐珂的《清稗类钞》中，皆认为是狼山镇标兵陆家升和陈保国虽然以战功获五品虚衔食双口粮，但二人并不满足，于是私自偷渡过江到常熟管辖的福山镇与太平军接洽，并愿做太平军攻克南通的向导。而太平军则表示只有他们先取了南通，然后再派军过江。但陆、陈二人势单力薄，难成大事，便想利用黄朝阳在两杯茶教中的影响来达到自己的目的。于是陆、陈二人便向黄朝阳谎称太平军马上就要渡江攻打南通、崇明两县，除了事前有接洽的人，其余的不问青红皂白都要砍脑袋，应该早做准备，而他们与太平军相识，太平军出售一种太平纸，每张一千文，有了这张纸，等洪军发兵渡江攻破通城的时候，把这纸贴在门上，可以保证洪军不来骚扰。如果可以介绍销售太平纸，满一万张，不但自己身家可以保证，而且还可得到太平天国的一个官职。黄朝阳相信了二人所说的话，就出钱购买太平纸。其实陆、陈二人并没有真正的太平纸，“实皆陆、陈伪为之”[29]
黄朝阳将这两万张太平纸每张加了二百文转卖给那些两杯茶教的教徒，说是教主颁发下来的，每人买一张藏在身上可以刀枪不入，逢凶化吉。那些教徒多是愚昧之人，听说是教主颁发的，“争出金钱”[30]。开始只有两杯茶教教徒有太平纸，后来连非教徒人家也有。通州、崇明、如皋、靖江以及新沙、老沙、海门等处几乎家家有一张太平纸。
陆、陈二人虽然骗取了一大笔钱财，但却没有人力，便又蛊惑黄朝阳道：“天王顺天爱民只要相从便和手足一样，有福同享有难同当……凡是买过太平纸的便是天朝兄弟，例当同心协力，共助威势，每家要先端正一支长枪，一扇旗帜以便天兵渡江立时可以编成队伍。”[31]黄朝阳听后心中犹豫不决，说道：“告身名札，尚可秘藏之不令人知，今公然庀器械、列行伍，有司闻之，祸赤族矣。”[32]但二人拿出一本在黄朝阳那买过太平纸的那些人的姓名调查录，威胁黄朝阳如果不准备军械，就会做刀下之鬼，还会连累亲族，并带着黄朝阳悄然渡江到福山营中拜会太平军领兵元帅。太平军听说是南通州两杯茶教的重要人物，手下有两三千弟兄，是为接洽献城而来，加以盛情款待，并商定在五月十四晚上起义，先占据南通州城，然后夹击狼山镇标和崇明团练，许诺事成之后保黄朝阳一个王位，并接到天京去共享荣华。
黄朝阳回去之后筹备粮饷兵马，驻队军山，直等到五月十三关公诞辰，借着替武圣祝寿的名号，召集各路教徒到任家港大关帝庙面议，并把假名庆祝关帝寿辰的请柬分发出去，注明凡是两杯茶教中人每人随带一件军器或一面旗，如果不是两杯茶教中人，每人随带香金五百文[33]。又僭用神佛之名自封了许多名号，譬如黄朝阳封为紫皇上帝，盛广大封为广陵都天城隍，陆家升封为都天火部左灵官，陈保国封为都天水部右灵官兼保圣卫国翊赞都天侯，其余什么真君、神王、龙神、星君等等，由此可见两杯茶教杂糅了许多民间信仰，其信仰上较为杂乱。(www.xing528.com)
“南沙有董事某，以无故敛民阻黄”[34]，并提及请柬上所说的非教徒随带五百金似乎太多，并且教徒每人要带一件军器，不知道有什么用？黄朝阳大怒：“此何时，汝等犹大耶！”[35]此董事受到羞辱，于是赶到通州衙门找知州黄印山告密
两杯茶教农民起义的消息被告密之前，外界几乎毫不知情，黄印山听到后非常震惊，急忙命各沙董将所有预备赶赴任家港关帝庙会的人不管男女老少一概擒获，如果抵抗则格杀勿论。到了十三日那天先把黄朝阳的家人捕到衙门，并抄到一本花名册子和军械旗帜号衣印信等类，把花名册交给下属按籍擒获，不许遗漏。但到了十四这一天，黄印山见民心不安便把几名要犯斩头示众，这样一来谣言才慢慢停止。
黄印山把所有花名册上有对号之人捉来正法，无一遗漏。最为可怜的是许多迷而不误的教徒被拘捕之后依然神色潇洒自若。临刑之际，有人怜悯他们肉体受苦，特买来肉和药酒减轻他们的痛苦，但他们大多合掌称罪过罪过，并说：“再迟一刻我们便得解脱升天，有元通大师来接引上西天，你们何苦再逼我开五荤佛戒，致使死堕地狱，不能超生。”[36]事情败露后，黄朝阳先行潜逃，被捕后被处死，而盛广大不知所终，两杯茶教起义至此结束。
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