当时，基督教会都是由外国人主办，外国人在中国传教都有他们的侵略目的。中国人没有自己办的教会。张伯苓在加入基督教后，认为“若是入了基督教，无论什么事情，都要学外国人，说外国话，穿外国衣服，甚至于信仰外国神仙，若是用外国的宗教，而爱吾们中国，这岂不是‘南辕北辙’？”所以他主张中国人要办自己的宗教。于是，他与同道一起，在1910年6月，于仓门口建立了中国人自己的教会，名为“天津基督教会”。
此前他还参加了基督教的社会团体——天津基督教青年会。天津基督教青年会是1895年12月8日成立的。其创建人为美国人，北美基督教青年会国际联络来会理（D.Willard Lyon，一译李昂）。其所建天津青年会为在中国的第一所城市基督教青年会。首任会长为埃德穆德·卡森斯（Edmund Cousins，一译克先生，是英国人，怡和洋行经理），总干事是来会理。1897年7月10日选出第一届董事会，董事长为美国人白雅各（James H·Pyke）董事为赫立德（Lavington Hart）等四人，均为外国人。该董事会一直为外国人所把持，直到1909年中国会员觉悟日高，不满于外人掌权，张伯苓就是其中之一。该会遂于是年9月15日改选董事会，全部董事由中国人担任，选出张伯苓、王厚斋、朱荩臣、刘铭泉、张佐庭、夏松藩、曾侗忱，全绍清等九人为董事，接理会务。这是中国人主持青年会之始。张伯苓一直担任该会董事，并且长期担任智育部事业主任委员职，根据史料记载他还于1911年、1920年两度担任董事会正职。(www.xing528.com)
天津青年会开始是面向天津五所大专学校开展工作，在本世纪初又面向城市工商实业界，而非教会中等学校均未建青年会团体。但是张伯苓的教育思想认为：“中国新教育最要之目的，即为训练青年以社会服务心。”他看到青年会在德智体群四育方面能培养青年服务社会，是一种很好的组织形式。他说应该“立青年会作种种公益以服务社会”。于是他在南开学校组建了基督教青年会。这是在非教会学校中的第一个青年会。
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