海战的结果传来了，朝廷上下一片哗然，清流言官们找到了事做：不遗余力地参奏丁汝昌。早就看他不顺眼了，更何况还战败了！于是，丁汝昌被专门参，被单独参，被在其他奏折中附带参，反正成了炮轰的对象，众矢之的。与此同时，言官还暗地里将矛头对准李鸿章，要求追究李鸿章的领导责任。
丁汝昌赶紧向李鸿章写报告，把海战的过程描述了一遍。接到报告后李鸿章仔细阅读，发现了一个兴趣点，马上给丁汝昌回电：“接电，此战甚恶，何以方伯谦先回？”
丁汝昌明白了，于是他重新写了一个报告。这个新报告重点讲了讲方伯谦如何率领“济远”舰逃跑，顺便将方伯谦的逃跑定义为舰队变成一盘散沙的直接原因——“方伯谦首先逃回，各船观望星散，将队伍牵乱”。
后来，李鸿章加上一句：“若非‘济远’‘广甲’相继遁逃，牵乱船伍，必可大获全胜！”
李鸿章的意思已经很明显了：就让方伯谦成为北洋舰队战败的替罪羊吧。
但是，对于李鸿章来说，找到这个替罪羊，还需要堵住“闽党”以及朝中言官们的嘴。
他们很快想到一个人——刘步蟾。
刘步蟾属于“闽党”，借刘步蟾之手去杀掉方伯谦，无论是“闽党”还是言官，都无话可说。
要借到刘步蟾之手，还需要一道程序：让他暂时成为北洋舰队的最高指挥官（代理司令）。
于是，丁汝昌开始养伤休假，李鸿章命令刘步蟾暂时接替丁汝昌的职位。丁汝昌写好的那第二封战报，由刘步蟾签发。
按照《北洋水师章程》规定，舰队司令平时有事不能来上班，应该由左翼总兵（林泰曾）代理，左翼总兵也不能来上班时，才由右翼总兵（刘步蟾）代理。所以，按照章程规定，即使是丁汝昌有伤请假，代理司令也应该是由林泰曾来接替，而林泰曾一向老实，他是绝对不会签发把方伯谦定为替罪羊的报告的。李鸿章看中的就是刘步蟾为人强硬，能压服其他福建同乡——借刀杀人之计，很完满。(www.xing528.com)
根据这个战报，李鸿章请旨将方伯谦即行正法。
朝廷当即同意，李鸿章立即将处斩方伯谦的电报发给北洋舰队，电文的签收方是“丁提督刘镇”，也就是让丁汝昌和刘步蟾同时签收，而以前李鸿章发给北洋舰队的电报都是丁汝昌一人签收——这就是说，刘步蟾必须全程参与杀方伯谦的过程。
同为福建人的林泰曾、叶祖珪、邱宝仁一齐求见刘步蟾，请求他看在大家都是老乡以及27年同学同事的分上，设法保住方伯谦一命。
刘步蟾表示：“我也没有办法啊。”
42岁的方伯谦被押至旅顺黄金山山脚下斩决。
就方伯谦战场逃跑来看，他的行为属于严重地违反军纪，被正法是一点都不冤枉的。但是他又很冤枉，他的冤枉在于一个人承担了大东沟决战失败的责任，而丁汝昌解脱了，李鸿章也给了朝廷一个交代，言官们的嘴被堵上了。大家一团和气。
在死前，方伯谦曾质问：“军无令，队不整，谁之过？”
这是逃跑冠军最后一次抓住了事件的核心，只是他再也没有去分析判断的机会了。
在方伯谦死后，丁汝昌的伤奇迹般地“迅速好转”了，刘步蟾当了两天代理司令的使命也宣告结束，丁汝昌重新归位，此后李鸿章发给北洋舰队的电报再也没有列上“刘镇”。
由于方伯谦是死在刘步蟾任上，方、刘两家自此世代结怨。方伯谦的后人一直保留一个祖训：先辈是被他的同学刘步蟾诬陷害死的，要向刘家报仇！据说在很长一段时间内，福州的方、刘两姓互不通婚。
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