1.名额筛选的城乡差异
在2008年对学生家长进行调查时，63.6%的家长认为农村生源处于劣势，且58%的家长认为自主招生过程中存在不同地区之间学生人才选拔的不平等。在我们2008年对自主招生录取学生的生源地进行统计时发现，40.4%来自直辖市或省会城市，31.1%来自地级市，13.7%来自县级市，来自乡镇和农村的考生仅占6.4%和8.4%。这充分说明了在自主招生名额筛选中的城乡区别，农村生源处于劣势。
在2015年新华网发表的《自主招生强化城乡失衡 公平效率难两全》中对比了统一高考和自主招生学生中农村户籍学生的比例，发现自主招生录取的学生中来自农村的比例远低于普通高考。尤其在2003年至2007年这5年中，统一高考录取的学生约有16.4%为农村户籍，而自主招生平均仅为5.4%。名额分布在自主招生中失衡十分严重。在清华大学2011年启用了自主招生的AB计划，一些高校也在调整招生政策，但是考试内容，选拔标准甚至考试成本方面都是不利于农村生源的。这也是农村生源长期处于劣势的原因。
2.名额筛选的重点非重点中学的差异
在2008年调查到认为当前自主选拔录取制度不足之处，25.8%的学生认为造成中学之间的不公平，非重点中学名额较少或没有名额。10.7%认为名额偏少不能满足需求。36%认为制度不健全，人为操作性较强。一方面，本课题组在2015年对学生的就读中学调查统计发现，自主招生录取的学生9.9%来自国家级示范中学，42.2%来自省（自治区、直辖市）示范中学，18.4%来自市级示范中学，27.6%来自普通高中。在2015年对学生家长进行调查时，自主招生录取的学生6.5%来自国家级示范中学，47.1%来自省级（自治区、直辖市）示范中学，17.3%的学生来自市级（直辖市区、自治区镇）示范中学，28.8%的学生来自普通高级中学。整体来看，考生来源集中于省市级示范中学，在名额筛选中，高校给了这些重点中学更多的名额。
2015年对学生和家长考生来源的调查，如表5 - 2所示。
表5-2 2015年对学生和家长考生来源的调查(www.xing528.com)
另一方面，从2015年学生家长的调查所给出的孩子的中学在所在城市的排名情况来看，绝大部分集中在前三名，其中51.9%第一名，15%第二名，11.2%第三名。这项数据更加直观地体现了在自主招生进程中，排名靠前的重点中学占据了更多的录取名额。中学名额分配制和中学校长推荐制都是高校将更多的名额分配给重点中学，从而导致重点非重点中学在名额上相差太多。
自主招生考生所在中学在其城市排名情况，如图5 - 1所示。
图5-1 自主招生考生所在中学在其城市排名情况
人数比率（%）
（数据来源：2015年对学生家长的调查）
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