1938年以前，大学各科的课程设置没有制定统一的课程标准。1938年南京国民政府教育部从文、理、法三学院的课程设置入手，开始着手整理大学的课程设置。1938年春，南京国民政府教育部邀请各个领域的知名专家及各大学知名教授，商讨拟订了《文、理、法学院各学系课程整理办法草案》，并对大学的课程设置做了原则性的规定：“第一，规定统一的标准。从规定必修科目入手，选修科目暂不完全确定，仍留各校斟酌变通的余地。第二，注重基本训练。先注意于学术广博基础的培养，文、理、法各科的基本学科为共同必修，然后专精一科，以求合于由博返约之道，使学生不因专门的研究而有偏固之弊。第三，注重精要科目。一般大学科目的设置，力求统整与集中，使学生对于一种学科的精要科目能充分学习、融会贯通，琐细科目一律删除。”[40]
《文、理、法学院各学系课程整理办法草案》除了详细规定整理课程的基本原则之外，还列出了九条整理要项，即：“全国大学各院系必修及选修课程，一律在部规定的范围内，参照实际需要，斟酌损益。大学各学院第一学年，注重基本科目，不分学系；第二学年起分系；第三四学年按各院系的性质酌设实用科目，以为出校后就业的准备。国文、外国文为基本工具科目；在第一学年终了时，应举行严格考试；国文须能阅读古文书籍与作通顺文章，外国文须能阅读各学院所习学科外国文参考书才算及格；否则，仍须继续学习，直到达到上述标准才能毕业。各大学仍采用学年制，各学科学习分量得以学分计算；每一学分规定教师须每周授课一小时，学生须每周自习两小时。各科教学，除由教师上课讲授外，对于自习讨论与习作或实验，应同时并重；考试范围除教师讲习材料外，也应包括自习讨论及习作或实验的材料。各科目应由教师详细规定自习书目与其它参考资料，督令学生按时阅读，并作札记；文法学院学生应研究古今名著，每科一种或数种；课间并宜举行讨论，培养学生独立研究的精神。各科目须确实规定学生习作或实习次数，凡习作与实习报告应由教师按期批阅。各学系除规定学生注重平时习作外，并应在高年级课程中规定重要科目数种，指导学生作学科论文，其题目应由教员指定或核定。学生毕业考试，应包括各院系四学年中重要科目，其科目种类得由各校自行规定，但须有五种以上。”[41]南京国民政府教育部所制定的《文、理、法学院各学系课程整理办法草案》，对国民政府统辖区的各高等学校课程的设置，做了原则性规定，对各高等学校的课程建设影响很大。
1938年9月，南京国民政府教育部召开第一次全国课程会议，拟订并通过了“文、理、法三学院共同科目表”，并予以正式公布，要求各高校从当年入学的一年级新生开始实施。同年10月，南京国民政府教育部又公布“农、工、商各学院分院共同科目表”，并规定从当年入学的新生开始执行。共同必修科目表对大学生必修的共同课程做了细致的规定和要求。其中，各学院共同必修的国文与外国文两科目，开设在第一学年，并举行严格考试，不及格者应继续修习至及格为止。1941年，必修科目“三民主义”改为共同必修科目。1945年，停开军事训练课。体育一科，虽然历次规定都是必修，但各校实施得极不一致。1939年3月颁布的“专科以上学校体育实施方案”规定：专科以上学校以体育正课、早操、课外运动三项为主要部分，其中，体育正课每周至少2小时，早操或课间操每天15～25分钟，课外运动每个学生每周至少3次，每次至少50分钟。各校体育课程从此开始有统一的要求。
1942年5月，南京国民政府教育部又“将伦理学一科纳入各高校学生共同必修科目之中，作为一年级学生的共同必修课程”[42]。1944年8月，南京国民政府教育部召开第二次大学课程会议，这次会议修订了文、理、法、师四个学院的共同必修科目表，并于1944年9月公布，规定新修订的共同必修科目表自1944学年度一年级新生起开始实行。新修订的共同科目表中：“正式列入三民主义和伦理学课程；将西洋通史改称世界通史；同时，文学院社会科学课程中增加了社会科学概论和法学概论（原为民生概要）两科，自然科学课程中增加了科学概论、普通心理学及地学通论等科目；法学院的自然科学课程中也增列了科学概论、普通心理学和地学通论科目。”[43]上述各学院共同必修科目表如表5-1所示。
表5-1 文学院共同必修科目表[44]
注：“1.体育为当然必修课，不计学分，成绩不及格者，不得毕业。2.伦理学及理则学分别在第二学年第一、二学期教授，先后次序，各校得斟酌自行安排。”[45]
表5-2 理学院共同必修科目[46]
注：体育为当然必修课，不计学分。
表5-3 法学院共同必修科目表[47]
续表
注：“1.体育为当然必修课，不计学分，成绩不及格者，不得毕业。2.伦理学及理则学分别在第二学年第一、二学期教授，先后次序，各校得斟酌自行安排。”[48](www.xing528.com)
表5-4 师范学院共同必修科目表[49]
续表
表5-5 农学院共同必修科目表[50]（1938年11月1日）
注：“1.除表中所列必修课目外，三民主义、体育及军训，均为当然必修科目，不计学分。2.物理学及数学，为农业工程系、农业化学系与农林系、分系必修科目，各校得于第一、第二两学年中教授之，未列本表之内。”[51]
表5-6 工学院共同必修科目表[52]（1938年11月1日）
注：“除表中所列必修科目外，三民主义、体育、军训，均为当然必修科目，不计学分。”[53]
表5-7 商学院共同必修科目表[54]（1938年11月1日）
与此同时，南京国民政府教育部还颁布了各学院分系必修及选修科目表。1939年4月至6月，南京国民政府教育部分别召开了“文、理、法三学院分系必修及选修科目”“农、工学院分系必修与选修科目”“商学院分系必修与选修科目”的审订会议。经过各领域的专家和各大学的知名教授反复讨论，最终制订了“文、理、法、农、工、商各学院分系必修与选修科目表”，并于1939年8月统一公布施行。此前，师范学院的分系必修与选修科目表则在1938年已公布实施。大学医学院及医科暂行科目表于1941年7月进行了修订，1942年开始实施。
1942年10月，南京国民政府教育部召开法律教育讨论会，制订了“法律学系司法组必修与选修科目表”，并对法律学系必修科目表做了第一次修订。其后，南京国民政府教育部先后于1944年、1945年分别对法律系必修科目进行了第二次、第三次修订。第三次修订将“法律系必修科目分为混合制与分组制两类，其中混合制不分组。分组制分为司法、行政法学、国际法学及理论法学等四组，各校法律学系得根据师资与设备情形斟酌设置，但须在设置前报部核准”[55]。1944年9月，南京国民政府教育部又对文、理、法、师范四学院分系必修与选修科目表进行了修订。
至此，历经十余年，南京国民政府基本完成了对大学课程的整理工作，并统一了大学的共同必修科目及分院分系必修选修科目，大学课程重新得以统一。但这次的统一课程与民国初年的统一迥然不同，民国初年对各大学各院系各学科的课程规定多是照搬国外的模式，再加上部分中国传统文化课程组合而成，到底科不科学、适不适合中国的情形都不得而知，这也是1924年将大学课程设置权下放到各高校的一个主要原因。但大学历经二十余年的发展后，其课程开设慢慢成熟，各大学之间也逐渐形成了一些基本的共识性，加之课程自由化不便于管理。因此，在这样的背景下再来进行课程整理与统一课程就显得合情合理，而历经二十余年的课程实践，这次的课程整理与相关规制也日趋科学与合理。
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