在西南联大，孙毓棠是师范学院史地系聘请的教授，他有时也在联大历史系兼课。《联大八年》一书中，有联大学子对孙毓棠的一段描述：
孙毓棠先生，清华新起教授，是标准的风流书生，一口漂亮的官话，终年穿一件绸长袍，手提手杖一枝。孙先生以前是名演员凤子的外子，当初孙先生也是话剧界的名流，也写过新诗，后来才专心研究历史，对魏晋南北朝一段最有成就。此外孙先生对中国士大夫在政治舞台上的地位也有深刻见解，他说要中国上轨道，还是要寄希望在士大夫身上。
事实上，孙毓棠对两汉的兵制和经济的研究在史学界颇有影响，而对汉代中西交通史的研究，亦是他的重要成果。
这一段简短的描述，特意提及孙毓棠与凤子的婚史。当年联大的学子，也喜欢八卦老师的情感。凤子离开孙毓棠后，孙就成了孤家寡人。1940年夏，卞之琳辞去四川大学教职，来到昆明，在西南联大执教。卞之琳回忆：“初到昆明，有机缘和他（孙毓棠）在西南联合大学一处宿舍小楼，与两位在一起，短期同住一个大房间，直到受敌机空袭，楼毁为止。”
孙毓棠在昆明，与恩师闻一多交往甚密。
抗战中期以后，物价飞涨，教授们生活日益困苦。闻一多陷入窘迫的境地，为了弥补生活不足，开始正式挂牌治印，补贴家用。抗战胜利前连续三年的暑假，孙毓棠寻找各种关系，帮助介绍闻一多长子闻立鹤打工。
闻一多之孙闻黎明在《闻一多刻孙毓棠名章里的往事》一文中写道：“孙毓棠是国民党员，1944年初还担任过国民党中央直属西南联大区党部的候补执行委员。由于这层关系，1945年暑假他介绍伯伯到三青团团部电台做译电员，日本乞降的消息，就是伯伯最先从电报中获悉的。”
抗战胜利后，清华大学有派学者去牛津大学做学术交流的名额，闻一多向清华推荐孙毓棠去英国做客座教授。临行前，闻一多为孙毓棠治印章一枚，表示祝贺。印章的边款上刻了一段临别赠言：“忝与毓棠为忘年交者十有余年，抗战以还，居恒相约，非抗战结束不出国门一步。顷者强虏屈膝，胜利来晚也。而毓棠亦适以牛津之邀而果得挟胜利以远游异域。信乎必国家有光荣而后个人乃有光荣也。承命作印，因附数言以志欣慰之情，非徒以为惜别之纪念而已也。卅四年九月十一日，一多，于昆明之西仓坡寓庐。”
这段边款，可见闻一多、孙毓棠赤诚的爱国情怀，亦是学者情谊的一段佳话。
1945年8月，孙毓棠应英国文化委员之聘，与陈寅恪、洪谦、邵循正、沈有鼎等联袂赴英，任牛津大学皇后学院客座研究员。随着飞机飞越喜马拉雅山，昆明岁月已成往事。
1952年8月，随着高等院校调整，孙毓棠走出了清华园，任中国科学院经济研究所研究员。此后，他一直在学术机构任历史研究员。新月诗人，客串话剧，昆明的风流往事，都沉入历史发黄的册页之中。晚年，当弟子提出给孙毓棠出版学术论文集时，他念念不忘当年写下的诗，叮嘱弟子一定要在他身后给他出版一本诗集。
2013年9月，余太山编的《孙毓棠诗集》由商务印书馆出版。诗集中有一首隽永的《秋灯》：
秋灯是光之海，
是月明的汪洋。
我飘浮在一片
止水上。冥想似(www.xing528.com)
淡烟，袅绕于止水
无极的清澄上。
拿叶露的滴声
当酒；拿静与梦
和梦的空茫当酒，
醉中有高山流水。
化作一粒水明珠
滴落在秋灯里。
这首诗写于1938年10月，当时孙毓棠和凤子在昆明，租住三间民房。静谧的夜里，诗意和露水一样滴落，滴进空灵的梦中，滴落在摇曳的秋灯里。戏如人生，人生如梦，所有的一切，属于梦的空茫……
[1]见闻黎明《张世英、何柄棣、何兆武三书读后》。
[2]见汪曾祺《晚翠园曲会》。
[3]见张充和口述，孙康宜撰写 《曲人鸿爪》。
[4]见白谦慎编《张充和诗书画选》。
[5]赵宝煦：1943年冬，赵宝煦穿过日寇封锁线，从北平辗转到昆明，进入西南联大化工系就读。一年后转入政治学系，师从张奚若、钱端升等老一辈著名政治学家。
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