达尔文的一生有两本影响最大的著作，一本是1849年出版的《物种起源》，另一本是《人类的由来》，亦名《人类的由来和性选择》，这本书出版于1871年。两本书的出版时间相差12年。《物种起源》1849年出版后立即引起了巨大的波澜，它得到著名学者赫胥黎、虎克等的支持，也受到著名学者塞奇威克、欧文的质疑。牛津大主教威尔伯福斯取笑赫胥黎的祖父来自猴子的揶揄更是传播遐迩。但实际上，达尔文在《物种起源》写作中深知关于人类起源问题的复杂性和敏感性，他以很谨慎的态度积累资料，直到《物种起源》第一版问世后12年，达尔文关于人类起源的专著《人类的由来》才完成。
《人类的由来》报告了人类自较低的生命形式进化而来的证据，并认为人与动物具有心理上的连续性，阐述了人类是从猿类进化而来的论据，提出“人猿同祖”这一颠覆当时人们认知的理论。达尔文提出，人类只是动物的一种，而不是当时大多数人所认为的按上帝的样子创造的高级生物。这是达尔文将进化论用于人类学的研究，试图解开了人类起源之秘的经典著作。
在这本书里，达尔文同时详细地论述了性选择的问题。达尔文认为，有的个体继承了使它们能够主宰其生活环境的特性，正是它们主宰着物种的变异。他说，在为了生存而进行的斗争中，最适应的个体才能生存下来，其对手则被淘汰，因为它们能更好地适应环境。在性选择理论中，雄性和雌性的繁殖社会行为不一样。雄性用廉价的精子使尽可能多的雌性受精，而雌性只有有限的大个的卵子，所以需要选择遗传质量最高的雄性来赋予后代优秀的能力。如果一部分个体进化出了性选择策略：雌雄个体通过特征相互吸引，在随机交配的行为中，个体优先和采取性选择策略的异性交配，这种“盲目”的偏好策略可以获得额外的交配机会，这部分个体能够更稳定地繁衍；同时，采取随机交配策略的个体交配机会便下降，在一代代更替后，性选择策略便能扩散至整个群体，不具备特征的个体便会失去交配机会。有着繁殖优势的性选择特征的个体能够延续下来，必然也需要具有生存的优质基因，如朱雀羽毛颜色的浓度反映了养育能力，昆虫的鸣曲显示身体质量。其他的例子还有雄鹿的角、孔雀的羽毛等。(www.xing528.com)
《人类的由来》全书分为三篇。第一篇主要介绍人类在生理构造上与其他哺乳动物的相同或相近。将人类的骨骼系统、肌肉、神经、血管、心理与动物进行比较，说明人和其他动物来自同一个共同祖系。第二篇主要阐述性选择的若干原理，所有分为雌雄两性的动物除生殖动作外，还有第二性征的差别。第三篇由动物回到人类，说明性选择和人类的关系，探讨人类第二性征对于人类进化的作用。最后得出结论：人类是由某种低级类动物发展而来的。
《人类的由来》引起了又一波的争议。但达尔文的“人猿同祖”和性选择理论经过了时间的考验，成为达尔文学说的重要组成部分。
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