在明确房屋登记之法律性质的基础上，我们需要结合《物权法》《房屋登记办法》的规定对房屋登记的基本原则予以确定。
（一）依申请登记原则
依申请登记原则，也称自愿登记原则，是指是否申请登记，完全出于当事人的自愿，登记机构不得依职权径行办理登记。
依申请原则是登记行政确认性质的自然推论，行政确认原则上是依申请的行政行为。
在过去，登记被视为行政机关的管理手段，一些行政规章以及地方性法规明确要求当事人在不动产物权变动合同生效后或者物权实际变动后的特定期限内申请登记；或者规定了不少登记机关可依职权主动登记的情形，如对无主房屋可主动登记为国有房屋。这些做法往往大大增加当事人的交易成本、影响交易安全。如前所述，登记是基于当事人变动物权的意思，在当事人的申请下，登记机构审查后确认房屋权属及其变动。因此，当事人登记申请是登记程序启动的必要前提条件。
依申请原则是《物权法》确认的登记行为基本原则。《物权法》明确将登记作为物权公示的手段。依据该法第9条规定，除法律另有规定，登记是物权变动的生效要件。第15条进一步明确，是否登记并不影响不动产物权合同的效力。结合来理解，如果当事人间就物权变动达成合同，进行登记则发生物权变动的效果，如果不登记，合同对当事人也是有效力的。也就是说，法律不要求当事人必须办理登记，是否登记完全由当事人自行决定。在《物权法》的第28条至第30条规定了非基于法律行为的物权变动的情形下，没有登记也并不影响物权的变动。此外，在《物权法》第11条至第14条规定的登记程序中，当事人的申请被置于登记程序的第一步。这些都意味着不动产登记行为原则上应当事人申请进行，明确了依申请登记的原则。
《房屋登记办法》进一步贯彻依申请登记原则。首先，申请是登记程序启动的第一步。《办法》第7条明确将申请作为一般登记程序的第一步，当事人申请后，才有登记机构的受理、审核等行为。其次，登记机关的审查及最后登记记载内容都是紧紧围绕当事人的登记申请。从《办法》第20条规定的予以登记的条件来看，登记机构的审查是围绕当事人申请的内容和范围进行，记载于房屋登记簿的内容也是申请登记事项。再次，申请人对登记申请有撤回权。《办法》第21条明确强调申请人在登记完成前，可撤回登记申请。最后，《办法》针对此前实践中存在的依职权登记的现状，予以严格限制，将此前大量依职权登记的情形明确规定为依申请登记。譬如，第75条对登记机构发现房屋登记簿的记载错误，明确规定应当通知当事人申请，而禁止登记机构依职权径行更正，仅在当事人无正当理由逾期不办理更正登记的，房屋登记机构方可依职权更正。
（二）形式审查为主、实质审查为辅的原则
房屋登记的形式审查，是指登记机构原则上仅对登记申请材料是否齐备、登记申请内容与既有权利是否冲突等事项加以审查；房屋登记的实质审查，就是登记机构需要审查登记原因即导致房屋权利变动的法律关系、法律事实的真实性、合法性。
《物权法》第12条规定：“登记机构应当履行下列职责：（一）查验申请人提供的权属证明和其他必要材料；（二）就有关登记事项询问申请人；（三）如实、及时登记有关事项；（四）法律、行政法规规定的其他职责。申请登记的不动产的有关情况需要进一步证明的，登记机构可以要求申请人补充材料，必要时可以实地查看。”这实际上是规定了形式审查为主、实质审查为辅的原则。
《物权法》规定形式审查为主、实质审查为辅的原则，主要是因为实行实质审查效率较低，且对登记机构工作人员的素质要求很高，现有登记机构的人员素质、编制决定登记机关没有审查合同等登记原因文件效力的能力。
《房屋登记办法》的相关规定，对《物权法》确立的形式审查为主、实质审查为辅原则进一步地具体化：
第一，《房屋登记办法》第18条规定了房屋登记机构查验和询问的职责。查验原则上是检查验收材料形式上是否齐全，譬如，对于登记申请书所记载的民事法律关系，登记机构仅审核其是否与登记簿记载冲突；对于登记原因证明材料如作为物权变动依据的合同、遗嘱是否合法有效的问题，登记机构无权加以审查，只需简单核对；同样，对“申请登记事项是否是申请人的真实意思表示、申请登记房屋是否为共有房屋、房屋登记簿记载的权利人是否同意更正”等有关实体法律内容，《办法》明确规定登记机构仅负有询问义务，而无权对其真实性、合法性审查。
第二，从《房屋登记办法》第20条规定的予以登记条件来看，登记机构也是负形式审查义务。根据该条规定：“登记机构在申请人与依法提交的材料记载的主体一致；申请初始登记的房屋与申请人提交的规划证明材料记载一致，申请其他登记的房屋与房屋登记簿记载一致；申请登记的内容与有关材料证明事实一致；申请登记的事项与房屋登记簿记载的房屋权利不冲突；不存在办法规定的不予登记的情形下，应当予以登记。”从中可以看出，登记机构在审查过程中，只是基于当事人提交的材料而审查相应的法律文书在形式上是否一致，原则上不须审查合同是否合法有效、权利本身是否合法、标的物是否存在等。(www.xing528.com)
第三，从《登记办法》第21条列举的不予登记的各种情形来看，无论是“申请登记事项与房屋登记簿记载冲突，房屋已被依法征收、没收，房屋被依法查封”，还是“违法建筑、申请登记房屋不能特定或者不具有独立利用价值”，或者是“提供的申请材料有瑕疵”，这些都是可通过简单的材料比对发现的问题，显然也符合形式审查原则。
当然，考虑到所有权初始登记、在建工程抵押权登记以及因房屋灭失导致的房屋所有权注销登记的情况下，标的物是否存在具有重要意义，而且登记机构也有能力前往实地查勘。《办法》第19条对以上特定情况下的实质审查作出了例外性规定。
德国在登记审查方式上，也经历了实质审查到形式审查的转变。1782年之前，德国的不动产登记实行实质审查主义。1782年的《普鲁士土地所有权取得法》采纳了物权契约及其无因性理论，登记不再实行实质审查，而是实行形式审查。其登记审查模式转变的一个主要原因是：登记机构缺乏信息来源，不具备进行实质审查的条件；进行实质审查需要的时间一般比较长，影响交易的效率；实行实质审查，如果出现登记错误，登记机构就要承担更大的责任。
（三）登记替代原则
房屋登记的登记替代原则，有三方面的含义。
1.当事人的物权变动意图，以双方签字的登记申请书来表达
换言之，登记申请书替代了当事人之间物权变动的合同。依据《办法》第20条的规定，双方当事人因买卖房屋办理产权转移登记，应当在登记申请书中明确表达转移房屋产权的意思，登记机构只能按照登记申请书的记载来完成登记。
2.其他当事人或利害关系人同意或授权的意思表示，也需要申请人向登记机构提交他们的书面授权或意见来替代
依据《办法》第15条的规定，委托代理人代为申请房屋登记的，代理人必须向登记机构提交书面的授权以证明代理关系的存在。
3.以登记簿记载的权利状态替代真实的民事权利义务关系
这意味着，登记机构仅审查登记簿记载的权利状态。例如，在某房屋上存在的抵押权被抵押双方协议注销后，房屋所有人与买受人申请转让该房屋，登记机构审查登记簿后认为并无权利冲突，故办理了转让登记。事后，即便该消灭抵押权的协议无效，也不影响登记机构的转让登记合法性。
登记替代原则规定以登记申请书、书面同意或者登记簿记载替代表征实体民事法律关系、法律事实，登记机构因此能够较为便利地明确当事人物权变动的意图，无需审查和判断相关实体关系，较好地呼应了形式审查原则。
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