在没有理论之前，或者对那些不谙理论的人们，遇上智性困惑，该怎么解释？靠常识。实际上，即使在我们这个理论泛滥的时代，绝大多数人在绝大多数时候仍然靠常识来解释形形色色的困惑。
常识是对寻常事实的认定：水往低处流，太阳东升西落，火是热的冰是冷的，鸟会飞鱼会游，眼镜蛇有毒。这些事实十分寻常，时时可以经验到，或者，即使经验不到，我们也不觉得这些事情奇怪，没有特别的理由，不会去怀疑事情就是这样。妈妈告诉我眼镜蛇会致人死命，老师告诉我仁读如人，我就这样接受下来，用不着证明一番。
我们无须懂很多道理才能接受常识，但常识并非没有道理。金星、木星、天狼星、牛郎星都是“星星”，太阳不是星星，其中的道理是明显的。星星本来指的就是夜空里一闪一闪的小亮点，太阳显然不在此类：太阳独一无二，给世界带来光明与温暖。鲸鱼归在鲨鱼一类而不归在老虎一类，道理也是明显的。我们把常识接受下来，慢慢地也有就明白了其中包含的道理。一种动物，我从来没有见过，但我知道它是鱼还是鸟，我理解区分鱼和鸟的道理。我常称之为自然理解的，指的首先就是常识里所包含的理解。
我们身周的事情大多数是可理解的，且无需谁有特别强大的理解力。这一部分是因为，前人理解事物的努力已经通过种种方式传给了我们。其中最基本的一种方式是语词：我从来没有见过丹顶鹤，第一次见到就把它归入鸟类——我们的词汇把动物分成鸟兽鱼虫而不是分成稀奇古怪难以识辨的类别。
当然，我们也会遇到有点儿奇怪的事情。爹娘个子大孩子也个子大，这是常识，但父母高高大大，孩子也可能长得又瘦又小。可能是小时候撞上了三年饥馑吧。营养不良就长不壮大，这也是常识。我们搜索所知的常识，看看哪一种能够应付相关的情形。这一类解释，所谓常识解释，把与一种常识相左的事情转归到另一种常识之下。
常识解释并不总行得通。猴子浑身是毛，人却光溜溜的，这是常识，可是，邻居家怎么生出一个毛孩来？水往低处流，可是在虹吸管里，水却升了起来。人生而欲求理解，常识解释行不通，会胡乱想出个解释。磁石吸引铁屑，因为磁石有灵魂；出现月食，是月亮被天狗咬了。这些解释里也有常识的影子：灵魂无须接触就能起作用，这是常识，月饼被谁咬了一口会缺掉一块，这也是常识。只不过，有灵魂的东西一般有动作有表情，磁石却没有这些，结果，为磁石能吸引铁屑赋予它灵魂，这种解释跟没解释差不多。天狗食月也是让人起疑，天狗是为日食月食特设的，平常不知道它还在干些什么，再说，它为什么每次咬了一口月亮，过一会儿一定又把它吐出来？常识本来是对付的是寻常之事，解释不了怎么看都反常的事情。
常识包含的道理就事论事不相连属，中间有很多缺口。《列子·汤问》里面有一篇《两小儿辩日远近》，两个小孩子在那里争论太阳中午离我们近一点还是早上近一点，一个小孩说太阳早上出来的时候挺凉的，到了中午就热起来，热的东西离我们越近越热，可见太阳在中午离我们近些。另一个小孩说，太阳刚出来的时候那么大，到了中午变小了，什么东西都是离我们越远就越小，可见太阳中午离我们远些。两个小孩子争执不下，据说孔子路过，听了这争论，也决定不下孰是孰非。两个孩子所依据的都是再自然不过的常理，却各自得出相反的结论。这个故事妙在找到一个焦点，这两个相反的结论在这里冤家碰头，你无法把它们同时接受下来。
为了真正解释反常的事情，为了在看似矛盾的事情中有所取舍，我们不能停留在常识上，需要把常识提供的道理加以贯通，形成一个道理系统，为事物提供整体的解释。这个道理系统，我们称之为理论。
理论所依的道理从哪里来？从常识来。除了包含在常识里的道理，还能从哪里找到道理？理论家在成为理论家之前先得是个常人，先得有常识，就像他在学会理论语言之前先得学会自然语言。然而，尽管理论所依据的道理来自常识，理论解释却不同于常识解释。理论并不是常识的集合，它把包含在常识中的道理加以疏通和变形，组织成一个连贯的系统，在这个系统里，有些道理是原理，是大道理，统辖另一些道理。理论解释不像常识解释那样，借用那边的道理来解释这边的事情，作为一个道理系统，理论提供的是整体解释——自然位置学说能解释了水往低处流，火往上升；它也能解释为什么弹簧被拉长以后，外力一旦消失，弹簧又回到本来的位置；它还能解释为什么苹果熟了掉到地上，解释为什么地体是圆的。自然厌恶真空的原理解释了虹吸这种奇异现象，同时也解释了物体运动的速度总是有限的这一寻常事实。牛顿力学的少数原理对月球轨道、天王星轨道、潮汐运动、炮弹的轨道给出了统一的解释。[1]
理论采掘常识里包含的道理，明述这些道理。但这只是准备工作。理论的目的不是把常识中隐含的道理加以明述，不是把常识精致化，[2]也不是对常识加以总结。在这一点上，误解甚深。营建理论是一项新事业，是一种新的追求：对形形色色的事情提供统一解释。地心说比日心说更合乎常识，但它不是常识，也不是常识的延伸。它是一种理论，对天文现象做出统一解释。在这个理论中，七大行星的运动方式始终是核心问题。而在我们常人眼里，并没有所谓七大行星。太阳是独一无二的，月亮是独一无二的。金星、木星则与天狼星、牛郎星相属，都是星星。包括在地心说之内的多重天球理论更并不潜在于我们的常识之中。(www.xing528.com)
为了提供统一解释，理论家必须把包含在常识中的形形色色道理加以组织。在这个过程中，他重视常识中的某些道理，忽视另外一些，把一些视为主要的，把另一些视为次要的；他从一些道理中，通过种种延伸和变形，推衍出另一些道理。要营造理论，从一开头，到营造过程，到结论，理论都难免与某些常识相左。常识把金星和牛郎星归在一类，现在，天文学把金星和太阳、月亮归为一类，叫作行星。随着理论的继续发展，理论家可能得出在常识看来更加古怪的结论，例如太阳静止而地球转动。
与之对照，我们的常识并不是一个体系，并不对世界提供统一的解释。常识高低不平厚薄不一，也没有总体指向。各个片断的常识以极为繁杂的方式互相勾连，有时通过类比，有时通过认知原型，有时通过语词，有时通过某个单独的事例或印象极深的个人经历。常识不是体系，它不是由原理统帅的。重要的常识是那些在日常生活中常要用到的常识，它们具有感性上和经验上的重要性，而不是像原理那样，具有在一个解释体系中的重要地位。
像虹吸现象、磁石这样的事物，虽然很早就引起人们的注意，但对于常识来说，它们始终是些边缘现象。虽然常识也在理解、解释这个世界，但它主要是为生活和行动服务的。理论则特别关注这些反常的事例。因为我们营建理论，本来就是为了解释这个世界，而这些反常事例常识又恰恰无法提供适当的解释。理论家用自然厌恶真空的学说解释了虹吸现象。地上有个洞，水会往里流，这用不着理论家用自然厌恶真空来解释，因为常识告诉我们，水往低处流。水在虹吸管中向上升了，这是常识无法解释的，正因此，人们才发展出自然厌恶真空这样的理论。理论的解释力特别显示在虹吸现象、磁石的吸引力、日食月食、行星逆行这等异常的事例那里。
前面说到过，我们总是从反常情况开始追问为什么的，苹果熟了掉到地上，水往低处流，火往上升，这些是正常现象，无需解释。但理论不是这样——理论解释反常现象，也解释正常现象，自然位置学说和万有引力学说都可以解释水往低处流。或不如说，理论提供的整体解释消弭了正常与非正常。
另一方面，有一些事情，本来我们觉得自然而然，却成了某种理论需要加以解释的事情。笔直抛到天上的物件掉到脚边而不掉到西边，这本来不需要解释，我们根本提不出这样的问题，但这成为地动说需要解释的一个问题。当然，地动理论最终要表明这件事情也服从于一般的原理，并没有什么异常之处。
人们常常问，理论是否必须合乎常识？的确，理论所主张的可能与常识相异甚至相反。常识视太阳和月亮为独一无二的天体，古代天文学理论把它们和金星、木星归在一类，都是“行星”，现代天文学把太阳跟天狼星归在一类，都是恒星。常识视鲸鱼为鱼，动物学则把鲸鱼和老虎归在一类。按照我们的常识，大地不动，是日月星辰在动，天文学告诉我们是地球在转动。在常识眼里，桌面是致密光滑的，物理学告诉我们，桌子由原子组成，原子和原子之间的空隙远远大于原子的尺度。我们平常看来，拒贿迥异于索贿、因爱情而结合迥异于买春卖春，生物学和经济学告诉我们，两者都是生存选择的结果，服从同样的投入产出规律。如果理论与常识相左，我们该信从理论还是信从常识？
其实，我们很难笼统地拿理论来和常识比较。首先，常识是个筐，装着各种各样来历的有用没用的知识和见识，有的来自传说，有的来自书本，有的来自经验或印象。自从我们有了科学，有了学校，常识里又多出一类“科学常识”。按照常识，鲸鱼是一种鱼，这份常识保存在“鲸鱼”这个词里，但鲸鱼是哺乳动物，不是鱼类，这也是“小学生的常识”。太阳东升西落，这是常识，地球在围着太阳转，这也是常识。
很难拿理论跟常识比较，更重要的原因在于，理论的“用途”不同于常识的用处。我们依靠常识应付日常生活，而理论的目的则在于对形形色色的物事提供连贯的解释。就此而言，常识有常识的道理，理论有理论的道理。在常识眼中，太阳东升西落，这个事实与东南西北的方位感连在一起，与山川和风雨连在一起，与新生和衰落连在一起，这些联系是生活中顶顶重要的联系。在常识眼中，普照世界的太阳独一无二，有什么能跟太阳同类？古代天文学把金星和太阳、月亮归为一类，叫作行星，当然也有道理：它们都是和恒星步调不一致的漫游者。这种重新分类显然是为了系统解释天体的运行。它依据的是天体运行是否与天球同步，这个区分对建构多重天球理论是重要的道理。近代天文学又修改了托勒密天文学的分类法，把太阳和天狼星归在一类，是恒星，金星是行星，月亮是卫星。这一转变，在相当程度上与取消天上事物和地上事物的区别有关：现在，天文学要转变成为物理学的一部分，它需要服从一个对天上事物和地上事物总体的更连贯更系统的解释。托勒密体系对天体的归类与常识的归类相左。但它保存了大地不动这一重要的常识，就此而言，它比日心说与常识较近。但新天文学理论更加连贯系统，对更多的现象具有解释力。天文学家也是常人，他当然知道，对我们的日常生活来说，太阳具有与金星或天狼星完全不同的意义。但他从事天文学时，考虑的不是某一事实在生活世界中的重要性，而是它对营建统一理论的重要性。理论具有更强的或曰更连贯的解释力，但这是有代价的：理论把事质领域加以重新组织，原本不相干的事物获得了连贯的解释，同时，生活世界中息息相关的经验被分隔开了。
尽管科学结论有时会表明，我们认作常识的，可能是错误的看法。但总体上，并没有常识和理论孰是孰非这样的问题。把鲸鱼叫作鱼不是错误，在生活世界里，鲸鱼更接近鲨鱼一类而不是老虎一类。理论所要证伪的是理论，哥白尼要批驳的是托勒密的地心说，地心说是理论，不是常识。常识的确认定大地不在旋转，是河在流，云在飞，风在动，这没有什么错。即使有了哥白尼，我们说太阳东升西落也不是一种错误。我们每一天都依据这些常识看待世界，依据这些常识行动。[3]当然，在生活中，就像在理论探究之中一样，如果发现曾经信以为真的东西是错误的，就应该放弃错误的认识和做法，代之以“科学常识”。
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