由于我国长期以来缺乏注重程序的传统，高校学生纪律处分程序设计薄弱，很多高校都在新修订的校规文本中增加了对学生违纪处分程序的规定，有了更多能体现现代法治精神、维护学生程序权利的程序规定。例如，2017年4月修订的《中国政法大学学生违纪处分办法》、2017年6月修订的《北京大学学生违纪处分办法》、2017年9月施行的《重庆大学普通本科学生违纪处分管理办法》、2017年9月施行的《重庆师范大学学生违纪处分管理规定》等管理规定文本中进一步明确了违纪事件的调查主体、决定主体、处理流程、处分决定的送达、学生陈述申辩及申诉的权利、处分决定书内容及送达要求等内容，这充分体现了各高校在教育部41号令《普通高等学校学生管理规定》的指导下，进一步保障学生合法权益所做的努力，对于进一步实现依法治校具有重要意义。
新修订的《普通高等学校学生管理规定》体现依法治校的精神，具有先进性和进步性，然而由于全国缺乏统一的学生违纪处分的程序性规定作为指导，各个地区不同层次的高校还是体现出程序性制度规范参差不齐的现状。
早在2005年，北京市教育委员会制定颁布了《普通高等学校学生违纪处分程序若干规定（试行）》，作为一项专门的关于学生违纪处分程序的地方规定，在地方教育行政法规中率开先河，一定程度上统一指导了北京地区高校违纪处分程序性管理规定的制定。该规定明确了取证和查实程序、审查与决定、送达与备案等程序的具体要求，明确了听证、申诉重要程序制度的重要内容。“证据是法律程序的灵魂，离开证据的证明作用，任何精巧的法律程序都将会变得毫无意义”。作为程序制度的核心和灵魂——证据制度在各大高校违纪处分管理规定中均鲜有涉及，个别高校即使有涉及证据制度的规定也是内容简单，泛泛而谈。
高校对于违纪处分的程序性规定相比实体性规定而言还是相对薄弱，重实体、轻程序的现象依然存在。从实践工作来看，学生违纪处分程序也出现与程序正当原则相悖的情况。例如，通常情况下学生的陈述、申辩都在调查事实情况阶段完成，而真正的处理决定作出主体并未充分听取学生意见和审核证据。学生在被处分程序中总是被要求“写检查”，也时常有调查人员仅依据学生检查认定案件事实的情况发生，如果不写则表明认错态度不好，还有可能“罪加一等”，这样的方式违反无罪推定及不自证其罪的法治原则，严重违反现代法治精神。沉默权在司法程序中已经形成共识，学生在接受学校处分的时候同样享有这样的权利，可充分保障自身权益，而这样的保护当前是普遍缺失的。
综合来看，当前我国高校学生管理程序制度体现出各地参差不齐的情况，充分体现现代法治精神的听证制度、证据制度建设还并不完善，高校学生纪律处分程序规则建设需要进一步加强。
（二）原则性规定
《普通高等学校学生管理规定》第五十五条：“学校对学生的处分，应当做到程序正当、证据充分、依据明确、定性准确、处分适当。”该规定属于原则性的叙述，且符合我国行政法中对程序正当性的要求，充分体现了高校依法行政的精神。所以各高校应在此条款的指导之下从事具体的规则制定。
（三）处分程序的规定
1.事先陈述和申辩
《普通高等学校学生管理规定》第五十六条：“对学生作出取消入学资格、取消学籍、退学、开除学籍或者其他涉及学生重大利益的处理或者处分决定的，应当提交校长办公会或者校长授权的专门会议研究决定，并应当事先进行合法性审查。”其具体做法是：在处分前举行听证。听证是保证处分作出者能够听取学生和其他事实了解人的意见，防止片面断案，以作出公正的决定。
2.处理决定
《普通高等学校学生管理规定》第五十八条：“对学生的奖励、处理、处分及解除处分材料，学校应当真实完整地归入学校文书档案和本人档案。”(www.xing528.com)
3.申诉程序的规定
（1）学生申请
《普通高等学校学生管理规定》第六十条：“学生对学校的处理或者处分决定有异议的，可以在接到学校处理或者处分决定书之日起10日内，向学校学生申诉处理委员会提出书面申诉。”
（2）受理申诉的主体
《普通高等学校学生管理规定》第五十九条：“学校应当成立学生申诉处理委员会，负责受理学生对处理或者处分决定不服提起的申诉。学生申诉处理委员会应当由学校相关负责人、职能部门负责人、教师代表、学生代表、负责法律事务的相关机构负责人等组成，可以聘请校外法律、教育等方面专家参加。”
（3）申诉期限
《普通高等学校学生管理规定》第六十一条：“学生申诉处理委员会对学生提出的申诉进行复查，并在接到书面申诉之日起15日内作出复查结论并告知申诉人。情况复杂不能在规定限期内作出结论的，经学校负责人批准，可延长15日。学生申诉处理委员会认为必要的，可以建议学校暂缓执行有关决定。”
（四）上级教育部门规定
《普通高等学校学生管理规定》第六十二条：“学生对复查决定有异议的，在接到学校复查决定书之日起15日内，可以向学校所在地省级教育行政部门提出书面申诉。省级教育行政部门应当在接到学生书面申诉之日起30个工作日内，对申诉人的问题给予处理并作出决定。”
《普通高等学校学生管理规定》第六十三条：“省级教育行政部门在处理因对学校处理或者处分决定不服提起的学生申诉时，应当听取学生和学校的意见，并可根据需要进行必要的调查。根据审查结论，区别不同情况，分别作出下列处理：（一）事实清楚、依据明确、定性准确、程序正当、处分适当的，予以维持；（二）认定事实不存在，或者学校超越职权、违反上位法规定作出决定的，责令学校予以撤销；（三）认定事实清楚，但认定情节有误、定性不准确，或者适用依据有错误的，责令学校变更或者重新作出决定；（四）认定事实不清、证据不足，或者违反本规定以及学校规定的程序和权限的，责令学校重新作出决定。”
《普通高等学校学生管理规定》第六十五条：“学生认为学校及其工作人员违反本规定，侵害其合法权益的；或者学校制定的规章制度与法律法规和本规定抵触的，可以向学校所在地省级教育行政部门投诉。”
教育主管部门在实施监督或者处理申诉、投诉过程中，发现学校及其工作人员有违反法律、法规及本规定的行为或者未按照本规定履行相应义务的，或者学校自行制定的相关管理制度、规定，侵害学生合法权益的，应当责令改正；发现存在违法违纪的，应当及时进行调查处理或者移送有关部门，依据有关法律和相关规定，追究有关责任人的责任。
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