在过去的排污收费体制下，我国有关该项费用收支准则的规定，见之于《排污费征收使用管理条例》第4 条，“排污费的征收、使用必须严格实行‘收支两条线’，征收的排污费一律上缴财政，环境保护执法所需经费列入本部门预算，由本级财政予以保障”，以及第5 条：“排污费应当全部专项用于环境污染防治，任何单位和个人不得截留、挤占或者挪作他用。任何单位和个人对截留、挤占或者挪用排污费的行为，都有权检举、控告和投诉。”可见我国的排污费制度实行收支分离和专款专用原则，一方面，排污费的征收和使用脱钩，所取得的收入由商业银行缴入国库后，再由国库部门按照1：9 的比例分别上缴中央和地方国库[22] ，支出则由环境主管部门依照执法需要合理安排，但这只是对排污费收入行为与支出行为的互不干涉关系做出的规定，实际上排污费的支出安排还需要建立在其收入规模的基础之上，即体现“量入为出”原则，这在《排污费资金收缴使用管理办法》中也有所体现，其第3 条规定“环境保护专项资金按照预算资金管理办法，坚持‘量入为出和专款专用’的原则”。另一方面，排污费支出应当符合专款专用要求，必须纳入财政预算，列入环境保护专项资金进行管理，主要用于重点污染源防治、区域性污染防治、污染防治新技术、新工艺的开发、示范和应用以及国务院规定的其他污染防治项目。[23]
排污费专款专用制度的设置反映了当时国家意图加强环境保护专项财政支持的决心，但在收费体制和软预算管理体制下，常常发生“财不抵用”和预算监管不力等问题，大大减损了排污收费制度的功能发挥。一方面，愈加恶化的生态环境治理面临排污费收入规模极为有限的现实制约，在专款专用原则下，无法在起初的预算编制过程中安排充足可用的财政资金。另一方面，中央也无法保证地方上既有的排污费实现专款专用，由于地方缺乏独立自主的税收立法权，与中央的税收收益分配也处于相对次位，承担着沉重繁多的事权，财权与事权不相对称的现实使得地方在进行预算安排时存在着利益选择，其往往根据地方政府官员的政绩考核体制以及各部门的利益分配机制进行。由于排污费时期环境保护尚未列入地方官员政绩考核指标之列，地方环境主管部门的地位也相对虚弱，导致排污费收入经常被地方用以弥补财力空缺，其专款专用原则经常因政治利益或官员利益而发生扭曲偏移。(www.xing528.com)
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