在2013年3月22日之前，我国的食品安全实行的是一个环节由一个部门监管，“分段监管为主、品种监管为辅”的监管体制。负责食品安全监管的机构主要有农业部、卫生部、国家工商行政管理局、国家质量监管检验检验总局以及商务部。其中，农业部主要负责农产品质量安全监督管理；卫生部负责食品安全风险评估和食品安全标准制定；国家质量监督检验检疫总局负责生产环节食品安全的监督管理；国家工商行政管理总局负责流通环节食品安全的监督管理；商务部主要负责进出口食品的监督管理。
2003年，为了加强食品安全和安全生产监管体制建设，第十届全国人民代表大会第一次会议第三次全体会议以绝对多数通过了《第十届全国人民代表大会关于国务院机构改革方案的决定》[96]，根据该决定，国务院在国家药品监督管理局基础上组建国家食品药品监督管理局。该局的职责主要有：组织有关部门起草食品、保健品、化妆品安全管理方面的法律、行政法规，制定综合监督政策、工作规划并监督实施；依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处，组织协调专项执法监督活动；综合协调食品、保健品、化妆品安全的检测和评价工作，监管信息发布办法并监督实施；拟订和修订药品研究、生产、流通、使用方面的质量管理规范并监督实施。
2010年，为进一步加强食品安全工作，根据《国务院关于设立国务院食品安全委员会的通知》（国发[2010]6号）[97]，国务院成立了国务院食品安全委员会办公室（简称为国务院食品安全办），作为国务院食品安全委员会的办事机构，具体承担委员会的日常工作。国务院食品安全办主要职责是：第一，组织贯彻落实国务院关于食品安全工作方针政策，组织开展重大食品安全问题的调查研究，并提出政策建议；第二，组织拟订国家食品安全规划，并协调推进实施；第三，承办国务院食品安全委员会交办的综合协调任务，推动健全协调联动机制、完善综合监管制度，指导地方食品安全综合协调机构开展相关工作；第四，督促检查食品安全法律法规和国务院食品安全委员会决策部署的贯彻执行情况；第五，督促检查国务院有关部门和省级人民政府履行食品安全监管职责，并负责考核评价；第六，指导完善食品安全隐患排查治理机制，组织开展食品安全重大整顿治理和联合检查行动；第七，推动食品安全应急体系和能力建设，组织拟订国家食品安全事故应急预案，监督、指导、协调重大食品安全事故处置及责任调查处理工作；第八，规范指导食品安全信息工作，组织协调食品安全宣传、培训工作，开展有关食品安全国际交流与合作；第九，承办国务院食品安全委员会的会议、文电等日常工作。[98](www.xing528.com)
2013年，国务院启动了2000年之后的第三次部门机构改革，通过这次改革，国务院正部级机构减少4个，其中组成部门减少2个，副部级机构增减相抵数量不变。其中一项重要改革内容就是成立了国家食品药品监督管理总局。将国务院食品安全委员会办公室的职责、国家食品药品监督管理局的职责、国家质量监督检验检疫总局的生产环节食品安全监督管理职责、国家工商行政管理总局的流通环节食品安全监督管理职责整合，组建国家食品药品监督管理总局。将工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构划转食品药品监督管理部门。保留国务院食品安全委员会。国家食品药品监督管理总局加挂国务院食品安全委员会办公室牌子。不再保留国家食品药品监督管理局和单设的国务院食品安全委员会办公室。[99]
新成立的国家食品药品监督管理总局，对生产、流通、消费环节中的食品、药品安全统一监管。与此同时，新的国家卫生和计划生育委员会将负责食品安全的风险评估和食品安全标准的制定；农业部则负责农产品质量安全监督管理。这样，国家卫生与计生委、农业部、食药监管总局“三位一体”的监管构架初步形成。[100]
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