“行政院农业委员会”（简称“农委会”）成立于1984年7月20日，前身为“行政院农业发展委员会”、“中国农村复兴联合委员会”，主管台湾地区的农、林、渔、牧及粮食行政事务，对于各级政府执行农业相关事务，有指示、监督之责。“农委会”的下设机构主要由两大部分组成：内部单位与直属机关，共计71个部门机构。
1.内部单位
目前，“农委会”下设有企划处、畜牧处、辅导处、国际处、科技处、农田水利处、秘书室、人事室、会计室、统计室、政风室、法规委员会、诉愿审议委员会、资讯中心等14个内部单位。[60]
其中与农产品监管直接相关的部门主要是畜牧处。畜牧处的主要职能是关于畜牧政策、法规、产销计划与科技方案之拟订及督导事项；畜牧生产所需种畜、种禽、资材规格与品质之检验策划及督导事项；畜牧生产与专业区之统筹策划及督导事项；重要畜牧工程之研拟及配合事项；畜产品试验研究与品质管制之策划及督导事项；畜牧团体之联系、督导与畜牧人才之培育及训练事项；畜牧事业产生污染之防治策划及督导事项；畜牧场登记管理之策划及督导事项；动物保护之策划及督导事项。
畜牧处下辖动物保护科、家畜生产科、家禽生产科、污染防治科、牧场管理科、食品加工科等6个科室。其中食品加工科主要负责的工作为：畜产品加工之研究发展策划及督导；优良农产品标志之策划及推动；农产食品卫生之联系及协调；食品加工技术人员培训与食品加工产业先进技术之研究发展及推动；关于食品加工厂设备、技术标准与管理规则之拟议及配合；农畜产食品技术国际交流及合作事项；有机畜禽产品管理事项。[61]
2.直属机关
“农委会”所掌直属机关23个，直属机关之所属机关34个，总计57个机关。直属机关包括农粮署、渔业署、动植物防疫检疫局、农业金融局、林务局、水土保持局、农业试验所、林业试验所、水产试验所、畜产试验所、家畜卫生试验所、农业药物毒物试验所、特有生物研究保育中心、桃园区农业改良场、苗栗区农业改良场、台中区农业改良场、台南区农业改良场、高雄区农业改良场、花莲区农业改良场、台东区农业改良场、茶业改良场、种苗改良繁殖场、屏东农业生物技术园区筹备处。其中与农产品监管直接相关主要有以下几个部门。[62]
（1）农粮署。农粮署的主要职能是农粮政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导事项；农作物生产改进、专业区与产销稳定措施之策划及督导事项；农粮产业资讯之搜集、分析、预测及报导事项；农粮产业天然灾害救助、公害处理配合与一般病虫害防治之策划及督导事项；农粮产品交易制度与市场经营管理之辅导及督导事项；农作物生产、运销及加工科技之研发事项；农粮产品加工之辅导及督导事项；农药、肥料、种苗与农机检查业务之策划、执行及督导事项；粮食管理业务与稻米分级检验制度之拟订、执行及督导事项；粮食收购、储运、碾制与配拨计划之拟订、执行及督导事项；肥料购销、储运计划之拟订、执行及督导事项；农粮产销组织辅导、资讯传播及农民教育事项。[63]
农粮署内部单位设企划、作物生产、农业资材、运销加工、粮食产业、粮食储运等6组及秘书、人事、会计、统计、政风等5室。除此之外，下设北、中、南、东等4个分署。北区分署设于桃园，辖台北、基隆、桃园、新竹、苗栗、金门及马祖等地区；中区分署设于彰化，辖台中、南投、彰化及云林等地区；南区分署设于台南，辖嘉义、台南、高雄、屏东及澎湖等地区；东区分署设于花莲，辖宜兰、花莲、台东等地区。[64](www.xing528.com)
（2）渔业署。农粮署的主要职能是渔业政策、法规、方案、计划之拟订及督导；渔业科学、渔业公害防治之研究及规划；渔船与船员之管理及督导；渔业巡护之执行、协调及督导；渔民团体与渔业团体之辅导及督导；渔业从业人员、渔民团体与渔业团体推广人员之训练、策划及督导；渔产运销与加工、渔民福利、渔业金融之督导及配合；国外渔业基地业务之督导；国际渔业合作策划、推动及渔业涉外事务之协调；渔业资源保育、栽培、管理、调查研究、评估及养殖渔业之策划、推动、督导与协调；渔港与其附属公共设施之规划及督导；渔获统计及资讯之综理分析；其他有关渔业及渔民之辅导。[65]
目前，渔业署下辖企划组、渔政组、远洋渔业组、养殖渔业组、远洋渔业开发中心、秘书室、人事室、主计室、政风室等9个科室以及1个所属部门——渔业广播电台。
（3）动植物防疫检疫局。动植物防疫检疫局的主要职能是动植物防疫、检疫政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；动物用药品与动物卫生资材政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；兽医公共卫生政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；植物防疫、检疫人员与兽医师管理政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；畜禽屠宰卫生检查政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；屠宰场登记管理政策、法规、方案、计划之拟订、执行及督导；动植物防疫、检疫与畜禽屠宰管理科技之研究、发展及技术服务；动植物防疫、检疫与畜禽屠宰管理技术、程序、方法之研议、执行及督导；输出入动物与畜、禽、水产品疫病之精密检查及处理；输出入植物与植物产品之有害生物之精密检查及处理；动物用药品与动物卫生资材检验之策划、执行及督导；输出入动植物与其产品检疫证明书及畜禽屠宰卫生检查证明文件之签发、查核、管理及督导；动植物防疫、检疫及畜禽屠宰管理人员之训练。[66]
动植物防疫检疫局内部单位设企划、动物防疫、动物检疫、植物防疫、植物检疫、肉品检查等6组及秘书、人事、主计、政风等4室。除此之外，下设基隆、新竹、台中、高雄4个分署。[67]
（4）农业试验所。农业试验所的主要职能是农艺作物栽培方法、品种改良、生理细胞遗传及生物统计等试验研究事项；农业机械及设施之设计、改良、试验、机械化经营研究与农业气象资料收集、分析、应用研究及试验研究事项；园艺作物（果树、蔬菜、花卉）之品种改良、栽培方法、园产品加工及处理等试验研究事项；土壤化学、土壤物理、土壤肥力、植物营养、农业微生物、农产化学及其加工等试验研究事项；植物病害之调查、病原菌之生理生态及防治、食用菌类之分类栽培及开发等试验研究事项；农业害虫、益虫及应用动物之研究、防治或利用暨经济昆虫生理生态分类及杀虫剂等试验研究事项；农业经营、调查综合发展、整体区域资源利用规划、分析及评估等试验研究事项；作物种原收集、保存、繁殖、新种原引进开发利用及国际种子交换等试验研究事项；农场土地之利用、农场之整理、维护及管理、农具之保养及管理、肥料之采购及分配、水稻及其他作物原种之繁殖等事项。[68]
（5）畜产试验所。畜产试验所的主要职能是畜禽育种、改良繁殖及有关动物之应用试验研究等事项；畜禽营养及化学分析、精密仪器运用、试验研究等事项；饲料作物与牧草栽培、育种改良繁殖、土壤肥力调查改良及试验研究等事项；畜禽生殖生理及环境生理等试验研究事项；畜产品加工制造、技术改进、新产品开发及有效利用之试验研究等事项；畜牧经营改进、畜产品经济分析、畜禽废弃物利用研究、牧地开发规划利用及畜牧机械改良设计等试验研究事项；试验资料搜集、试验研究刊物出版、试验研究成果之示范、推广及技术辅导等事项；畜禽饲养管理、繁殖、饲料加工制造、农机与牧地管理及配合各系之试验业务等项目。[69]
（6）家畜卫生试验所。家畜卫生试验的主要职能是动物保健卫生、疫病防治及研究试验等事项；猪瘟与海外恶性传染病之诊断及防疫研究试验等事项；动物疾病、疫学病理与病性鉴定技术等研究、兽医技术辅导、学术文献之编辑及兽医讲习等事项；动物用生物药品之开发研究、制造改进及其他公民营生物药品制造技术之指导、协助等事项。[70]
（7）农业药物毒物试验所。农业药物毒物试验所的主要职能是农产品中农药残毒与毒性物质之分析、调查、预防、管制、安全评估标准之研订及农民安全用药之指导事项；农药与代谢产物或其他毒性物质之毒性测试及协助安全使用农药之试验研究事项；农药及毒物之有机合成技术之研究、农药配方制剂之改进、农药成品品质分析、标准规格之试验研究事项；低毒性天然物、微生物及其产物、化学传迅素等生物化与生化制剂标准规格及品质管制之试验研究事项；杀草剂、杀菌剂、生长调节剂、微生物制剂、杀虫剂与杀鼠剂等有关农药使用及整合性植物保护规范之研订事项；杂草、农药、公害污染物在农业环境中之分布与其对农作物生长及品质影响之试验研究事项；农药及毒物科技发展资讯服务、农药安全使用推广教育、经济效益评估与受委托办理农药登记试验及资料综合分析等服务事项。[71]
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