“健康食品管理法”共有七章，31条。第一章为总则，主要规定了立法目的，解释了相关重要概念，比如“健康食品”，指具有保健功效，并标示或广告其具该功效之食品；“保健功效”，系指增进民众健康、减少疾病危害风险，且具有实质科学证据之功效，非属治疗、矫正人类疾病之医疗效能，并经主管机关公告者。第3条规定了健康食品许可证的申请及批准制度，符合下列条件之一者，应发给健康食品许可证：第一，经科学化之安全及保健功效评估试验，证明无害人体健康，且成分具有明确保健功效；其保健功效成分依现有技术无法确定者，得依申请人所列举具该保健功效之各项原料及佐证文献，由主管机关评估认定之；第二，成分符合主管机关所定之健康食品规格标准。第4条规定了健康食品保健功效的表达限制：第一，如摄取某项健康食品后，可补充人体缺乏之营养素时，宣称该食品具有预防或改善与该营养素相关疾病之功效；第二，叙述摄取某种健康食品后，其中特定营养素、特定成分或该食品对人体生理结构或生理机能之影响；第三，提出科学证据，以支持该健康食品维持或影响人体生理结构或生理机能之说法；第四，叙述摄取某种健康食品后的一般性好处。[51]
第二章为健康食品之许可，其中第9条规定了健康食品重新评估制度，健康食品之许可证于有效期间内，有下列之各款事由之一者，主管机关得对已经许可之健康食品重新评估：第一，科学研究对该产品之功效发生疑义；第二，产品之成分、配方或生产方式受到质疑；第三，其他经食品卫生主管机关认定有必要时。
第三章为健康食品之安全卫生管理，其中第12条明确规定，健康食品或其原料有下列情形之一者，不得制造、调配、加工、贩卖、储存、输入、输出、赠与或公开陈列：变质或腐败者；染有病原菌者；残留农药含量超过中央主管机关所定安全容许量者；受原子尘、放射能污染，其含量超过中央主管机关所定安全容许量者；掺伪、假冒者；逾保存期限者；含有其他有害人体健康之物质或异物者。[52]
第四章为健康食品之安全卫生管理，第13条规定，健康食品应以中文及通用符号显著标示下列事项于容器、包装或说明书上；品名；内容物名称及其重量或容量；其为两种以上混合物时，应分别标明；食品添加物之名称；有效日期、保存方法及条件；厂商名称、地址；核准之功效；许可证字号、“健康食品”字样及标准图样；摄取量、食用时应注意事项及其他必要之警语；营养成分及含量。(www.xing528.com)
第五章为健康食品之稽查及取缔，第18条规定，健康食品有下列情形之一者，其制造或输入之业者，应即通知下游业者，并依规定限期收回已售品，连同库存品依本法有关规定处理：未经许可而擅自标示、广告为健康食品者；原领有许可证，经公告禁止制造或输入者；原许可证未申请展延或不准展延者；输入之健康食品，未符合原产国之良好作业规范之情事者；健康食品与其容器及包装，应符合卫生要求之情事者；有第12条所列各款情事之一者；违反第13条各款之规定者。
第六章为罚则，违反本法相关规定的行为直接认定为犯罪行为。比如第21条规定，未经核准擅自制造或输入健康食品或违反第6条第1项（食品非依本法之规定，不得标示或广告为健康食品）规定者，处3年以下有期徒刑，得并科新台币100万元以下罚金。明知为前项之食品而贩卖、供应、运送、寄藏、牙保、转让、标示、广告或意图贩卖而陈列者，依前项规定处罚之。第22条规定，违反第12条之规定者，处新台币6万元以上30万元以下罚款，前项行为1年内再违反者，处新台币9万元以上90万元以下罚款，并得废止其营业或工厂登记证照。第1项行为致危害人体健康者，处3年以下有期徒刑、拘役或科或并科新台币100万元以下罚金，并得废止其营业或工厂登记证照。
与“健康食品管理法”相关的还有若干行政法规，比如“健康食品申请许可办法”、“健康食品规格标准”、“健康食品查验委托办法”、“健康食品之功能评估方法”。[53]
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