政府化验署同样也是食物及卫生局辖下的部门，负责为各香港政府部门在法证、公众卫生及安全、环境保护、税收及消费者权益等相关的化验事务，提供支援。政府化验署除了管理日常工作的行政部之外，还包括两个重要的职能部门：法政事务部和分析及咨询事务部。[43]其中和食品安全监管相关的主要是分析及咨询事务部。
分析及咨询事务部的主要职责，是为所有法定组织和执法部门，提供科学数据和专业意见，作为研究、分析和评估用途。现今所涉及的项目，计有食物安全和环境污染的监察、药物的规格、玩具和消费品的安全性、消费者权益、应课税商品的验证以及贸易条例等等。工作往往涉及复杂的科学实验或研究，但亦有纯属咨询性质的查询。透过这事务部内超过170名由专业及技术人员组成的专业团队，每年完成约四十万项的测试和咨询工作。[44]
分析及咨询事务部设有两个科室：食物安全及品质科、其他科学服务科。食物安全及品质科由一位总化验师主管，主要服务对象是食物环境卫生署。专责对食物提供适时的科学数据和专业意见作为食物安全的分析和评估。此外，该科亦负责向分析及咨询事务部内组别提供外判管理、元素分析及品质管理服务，并支援部内策略发展的工作。科内有以下组别，每组由一位高级化验师负责：添加剂、污染物及成分组、残留组、食物投诉组、外判管理组、策略性发展组、微量元素化验组、品质管理组。(www.xing528.com)
其他科学服务科由一位总化验师主管，对药剂、中药、环境监控等样本进行分析，提供专门的技术和咨询服务。此外亦为其他政府部门提供技术及咨询服务，包括危险品之分类及分析，为政府购买的商品作规格检定，以及协助推行有关职业安全条例等。服务科包括以下组别，同样也是各由一位高级化验师负责：中药组、环境化学A组、环境化学B组、药剂化验组、药品质量及检验组、商品测试及应课税品化验组、商品说明组、化学安全组。[45]
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