由于行政指导的广泛性、灵活性、隐秘性等特点，以及以组织法为最后保留原则，使得对行政指导的法律程序控制具有了特别重要的意义。因为对行政指导的内容、要件进行详细实体法的规定是十分困难的，为了使相对人免受行政恣意和专断的侵害，对行政指导采取公开、公正的程序控制极为必要，从而一方面弥补了实体法的不足，另一方面又规制了行政指导行为，保证了行政指导目标的合理化和过程的合理化。
我国行政实务中行政指导行为程序的法律规范很不完备，远不适应依法治国和依法行政的客观要求，故需吸收外国的经验采取多方面的有效措施加以完善。我们建议具体措施如下：
1.行政主体应充分调查了解真实情况，确定有无进行行政指导的必要性。必要性是指行政主体，基于行政效益的考虑，对采用行政指导行为比实施行政命令等其他行政行为可以产生更好效果的论证，它是行政主体胸有成竹采用行政指导行为的客观依据。在进行技术指导类行政指导时，向专家和专业部门进行咨询论证，以确定该指导行为的适当方式、力度和配套措施。如其指导涉及其他行政机关的业务时应当听取该机关的意见，必要时应与其协商。
2.具体行政指导中，指导者向被指导者说明行政指导的宗旨、内容和指导者身份。在对行政指导的不透明性感到不安的人们来说，也许所有的行政指导都应该以书面形式进行，而若规定行政机关如此实际执行的话，则会给行政实务上带来麻烦。所以，我国的行政指导程序应借鉴日本等国的规定——允许以口头形式进行，但相对人提出要求时则必须以书面形式进行。
3.行政机关为了实现某种行政目的，经常针对符合一定条件者进行同样内容的行政指导，为提高行政运行的透明度和公正性，应事前明确该行政指导共通的方针及准则，并且只要行政上没有特别障碍，必须将所规定的行政指导共通的内容和准则公布于众，行政机关负有积极地使该内容和准则广而告之的义务。
4.向行政相对人公开行政指导过程。行政机关在进行指导时，为保障行政指导过程的透明化和内容的明确化，行政机关必须向相对人公开行政指导的具体过程。如果行政指导采取书面形式，相对人应有权查阅和复制指导文书。行政指导实质上是政府依据其对所获得的信息进行过滤后的结果作出的，向相对人公开的文书就不应该仅仅是过滤后的结果，相对人还有权知道政府所依据的信息来源，并对其也享有复制和阅览权。同时，行政指导的主要内容还应该尽可能地通过政府的文件、公报等予以广泛公布。(www.xing528.com)
5.如果作出对相对人不利的行政指导，行政主体应事先通知相对人。会造成重大不利或影响公共利益的行政指导还可以主动或依相对人申请举行听证。由于听证制度还在行政处罚等少数领域进行，所以我们认为，应注意以下几点：
（1）确定听证的范围，既要注重公正，又要保证效率。在行政指导中适用听证还未具备成熟的制度基础和社会基础，因而应该对允许听证的范围进行限制。根据目前通行的分类方法，把行政指导分为助成性、规制性和调整性行政指导三种。我们认为助成性行政指导大多给予相对人利益，属授益行政行为，一般不举行听证。而规制性和调整性行政指导在目前中国的行政实务中往往具有事实上的强制力，容易侵害相对人利益，因此可依法申请举行听证，或者行政机关就涉及相对人重大利益的行政指导主动举行听证。
（2）按照环节的繁简，听证形式通常分为正式和非正式的听证两大类，其中正式听证参照法院的审判活动设立，规定比较严格，程序要求比较完整、全面，虽然能够为相对人提供充分的参与机会，但影响行政效率，所以一般不宜在行政指导中采用。但是不排除其在一些涉及相对人重大利益的规制性行政指导中适用的可能性。而非正式听证比较简便实用，同时也淡化了强制色彩，比较符合行政指导的民主性和灵活性，相对适合在行政指导中普遍适用。
（3）在实际操作中，相关部门还可以设立一些常设性的听证咨询委员会，委员会成员应当具有一定的政策理论水平和为公众服务的精神，并具有广泛的群众代表性。拟作出行政指导的行政机关负责组织听证咨询会议，提出初步指导计划并进行讨论，参加听证的成员可以对计划提出修改意见和建议，也可就有关问题向行政机关提出询问，最后综合听证会的意见形成意见书，行政机关不是必须采纳意见书中的观点，但是如果行政机关作出的行政指导具体内容与意见书中的观点截然相反，行政机关有必要说明自己意见的充足理由。
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