由于行政指导这样一种新型行政行为的特有功能，使其越来越受到现代政府的广泛青睐。但就目前世界范围内（包括日本、韩国这些已有相应立法的国家）而言，行政指导在大多数情况下，仍处于事实状态之中，远未步入法治状态。正是由于目前的这种“雄心勃勃的指导计划和高频率的指导作为”与行政指导的尚未法治化之间的矛盾，使得无论在理论上，还是在实践中都不可回避地提出了关于行政指导的法律控制问题。
日本学者室井力先生主编的《日本现代行政法》第十章第二节专门探讨了“围绕行政指导的各种法律问题”。其中指出，围绕行政指导的课题，应根据法治主义、情报公开与参与、行政责任等观点加以研究。其涉及的主要问题有：（1）行政指导与依法授权；（2）法律对行政指导的拘束；（3）行政指导中的裁量统制；（4）行政指导与法律救济[15]。日本学者对行政指导中这些问题的揭示，是缘于目前的行政指导与行政法治三项最基本的原则之间所出现的激烈的矛盾。法律保留与法律优先原则（或称合法性原则）、合理裁量原则（或称合理性原则）、责任行政原则是法治行政所奉行的三个最基本、最核心的原则。舍此三项原则，法治原则便无从谈起。
行政指导这种新型行政行为要能有效地发挥其既保证政府必要的权威，又充分尊重相对人意志自由的功能。其根本出路仍然在于法治行政原则的遵守，而不是对法治行政原则的僭越，否则就会出现“依行政指导行政”取代“依法行政”的可怕局面。据此，我们认为，根据法治行政三个基本原则，对行政指导的法律控制，实际上可归纳为三个问题，即：（1）行政指导的法律依据；（2）行政指导的程序控制；（3）行政指导的责任约束。
从法治行政的要求看，一切行政行为均要有法律的授权，这是由行政权的特征所决定的，也是法律保留原则和法律优先原则的具体表现。但由于法律授权涉及行政组织法和行政行为法两种不同的情况，在行政指导的法律授权问题上自然也出现了不同的意见。一种是只要有组织法上的依据即可，另一种是必须有行政行为法上的依据。我们在前面探讨行政指导的性质时，已对这一问题说明了我们的认识。我们认为，对行政指导这种新型的行政行为，只要有组织法上的依据即可，而不必强求一定要有具体行为法上的依据，也即以组织法为其最后的保留领域，如果对行政指导仍坚持传统的法律保留原则，那么就失去了其存在的理由。行政机关只要在组织法规定的职权和所管辖的事务范围内均有权采用行政指导的方法进行有关事项的管理。“行政指导的作用不仅从行政指导的相对人来判断，而且也应该从与此有关的国民各种权利自由与宪法价值序列关系及行政目的等方面进行判断”。[16]也就是说，行政指导是行政自由裁量权的一种表现，它可以根据行政权对法治政府下的行政权价值作出机动权较大的自由判断，最终为达到行政目的服务。但是，任何行政指导，即使不是针对特定相对人的行政指导，也不允许超越组织法所规定的范围而随心所欲地进行。因为“一切行政活动不得与法律相抵触，行政指导也必须合法化。因此不允许行政指导超越有关行政机关组织法规定的权限”。[17]行政组织法的法律依据控制了行政指导的合目的性。另外，由于组织法范围的广泛性，作为行政指导法律依据补充的是，除有组织法的依据外，还必须符合法律规定的一般原则，也即行政指导还要受一般法律原则的拘束。
由于行政指导的广泛性、灵活性、温柔性、隐密性等特性，以及以组织法为其最后的保留原则，使得对行政指导的法律程序控制具有了特别重要的意义。所以尽管日本《行政程序法》明确界定行政指导不属于行政处分的行为，我国台湾地区《行政程序法（草案）》明确界定行政指导为事实行为或促请行为，但仍然在各自的法律中专辟章节对行政指导的程序加以规制（这本身似乎显示了自相矛盾）。这是因为“在行政实际工作中有必要通过行政指导灵活应付行政需要的变化，这样一方面弥补法律的不完备，另一方面采取随机应变的对应措施”。但是，倘若“一旦考虑行政指导的必要性，就要具体详细地规定行政指导的要件和内容，这是十分困难的。因此，为了使行政指导相对人的权利自由不受行政官僚主义的侵害，保证裁量判断、决策过程的公开以及其他公正程序的程序统制，是极其重要的”。[18]“通过程序规则限制恣意，实现行政指导的目标合理化和过程合理性，……这种方法不但可行，而且成本最低”[19]。
在行政指导的具体程序规则上，日本、韩国、我国台湾地区的法律提供了有益的经验。尽管他们的规则还不够具体，有些地方还显得空泛（我国台湾地区1990年草案在这方面要超过韩国和日本）。我们认为，既然行政指导是新型行政行为的一种，那么，行政指导的程序规则从总体上来讲适用行政程序的一般程序规则。具体来说，抽象行政指导适用诸如行政立法等抽象行政行为的一般程序规则，具体行政指导适用具体行政行为的一般程序规则。但由于行政指导的特殊性，在适用一般行政行为程序规则时，又不可机械从事，这特别表现在具体行政指导方面。例如在行政指导的成立问题上，强调相对方的同意。若相对方不同意，则指导关系也不可强为成立，且应于达成行政目的之必要和最小限度内进行（是为比例原则）。同时也不得给予服从指导者以特别利益（是为平等原则）。在对行政指导的程序控制上尤其要强调事前控制、书面形式，一般情况下不得对不接受指导者采取公布姓名等不利措施。
行政指导的责任约束问题实际上可归结为对行政指导的法律救济问题。关于行政指导的法律救济，从理论上讲并不是一个难解的课题。但由于行政指导与其他行政行为之间的显著差异，使行政指导的法律救济问题增加了复杂性和难度。对此，中外学者也作了一些有益的探讨。日本有的学者认为对行政指导能否进行国家赔偿请求诉讼，应作具体分析。如果相对人意识到某种行政指导将会带来损害，却又出于某种考虑判断服从行政指导，结果果然造成损害的，就不能承认其对赔偿的请求。如果在相对人实际上不存在自由选择的情况下，行政指导具有实质上的“公权力性质”，在这种情况下，相对人不得不服从行政指导，由此而造成对相对人的损害应承认其赔偿请求。有的学者则认为行政指导不具有强制力和拘束力，是任意性的。因此，由行政指导造成的损害是基于自己任意选择的过错而产生。对此，如果作为国家赔偿请求诉讼的对象还存在许多问题[20]。在这两种观点中，前者把焦点放在相对人在行政指导中有无选择的自由上。如果有选择的自由，即不存在赔偿请求的问题，完全是相对人“咎由自取”。如果没有选择的自由，这时行政指导视为“公权力行使”的一般行政行为，相对人可以就此造成的损害请求国家赔偿。而后者则干脆完全否认行政指导的赔偿诉讼请求，因为行政指导是取得相对方的“同意”和“自愿合作”的基础上实施的，“不属于‘行政厅的处分’”。又如日本学者成田赖明认为，行政指导本身不构成行政诉讼的对象，须因被指导者不服从行政指导而受到不利益处分时，方能以该处分为诉讼对象，并可一并对该行政指导的合法性问题进行争讼。
现行的日本《行政案件诉讼法》《国家赔偿法》正是按上述第二种观点将行政指导排除在行政诉讼和国家赔偿之外。1993年的《行政程序法》对此又作出了一个不能令人满意的规定，使行政指导的可诉性问题仍然处于“搁浅”状态。值得研究的是日本1989年《行政程序法》草案第八十六条曾经规定：“受行政指导之相对人，对为指导之行政机关得声明不服。为指导之行政机关对前项不服之声明应作出明确答复。如不服有理由时，应采取更正指导等措施。”这是企图赋予被指导者行政救济的机会。(www.xing528.com)
我国台湾地区也认为行政指导因不具有“行政处分”之性质，故不能以诉愿或行政诉讼等方式予以救济，只能由实施指导机关的上级机关从内部加以监督。正缘于此，我国台湾地区1990年行政程序法（草案）第一百三十七条特别规定了“意见表示”一条。它赋予相对人就行政指导的方式、内容向实施机关表示意见的权利，而且实施机关对相对人陈述的意见应予以答复。如果认为相对人的意见有理由的应予接受并更正指导。1998年法案中更进一步规定，相对人明确拒绝指导时，行政机关应立即停止指导，并不得据此对相对人为不利益之处置。这样方能使指导更具说服力，也可避免因行政指导而损害当事人的合法权益。
我国有学者认为，对行政指导的救济一般可以通过承认错误、赔礼道歉、责令履行、补偿损失等方式来进行，至于能否提起行政复议或行政诉讼则要具体分析。如果行政指导是纯指导性的，即当事人完全出于自愿而作出响应的，由此而造成损害，不能提起行政复议或行政诉讼。如果认为行政指导不当，可以提出申诉。如果因错误行政指导而造成严重损失，则可提出补偿，其程序与一般补偿程序相同。但如果行政指导实际上是强制性的，就可看成是具体行政行为，可以申请复议或提起行政诉讼，谋求司法救济。[21]
沿着我国学者的分析思路，我们作以下具体分析：如果行政指导本身没有任何瑕疵，但接受指导者因其他原因遭到一定损失，如棉农接受了有关农业部门的指导，种植了大量棉花，但在收获季节恰遇连绵雨水结果导致较大损失。这时行政指导者应基于信赖保护原则，向被指导者赔礼道歉，并适当给予一定的经济补偿。如果行政指导者因自身的信息或情报有误，而误导了被指导者，结果使被指导者遭受到较大损害，如今年某地菜农接受了当地农业部门的指导，种植了大面积的茭白，结果由于大量新品种蔬菜的上市，再加上外地价廉物美的茭白大量涌入本地市场，致使该地菜农的大片茭白烂于田中，损失惨重。对于这样的行政指导，指导者应考虑到行政机关在占有信息、情报方面的全面性、权威性而负有一定的补偿责任。
当行政指导作出后，受指导者确是出于自愿而接受了该指导，结果由于行政指导的内容本身违法而使受指导者遭受损失，如国家明令禁止走私行为，但有些地方政府从地方局部利益出发，指导有关人员如何进行走私或如何逃避打击，使受指导者因此而遭受损失；又如有些行政机关超越职权进行行政指导使受指导者蒙受损失。如果这类行政指导是在受指导者并不知道实情的情况下作出，受指导者接受了这样的行政指导而遭受的损失，行政指导者必须给予全部赔偿，包括直接损失和间接损失，如因接受指导而直接花费的费用、遭受的罚款等。而且，这种行政指导应纳入行政复议和行政诉讼的范围。
当行政指导者以行政指导为名，行行政命令之实时，应允许受指导者穷尽一国（地区）对行政行为的所有救济手段。此时不仅要审查行政指导有无法律依据（广义的），更要审查指导者有无事实上的强制（即包括潜在的强制）。如对不接受指导的当事人给予不利益处分、公布不服从者的姓名，使其产生心理压力、给接受指导者以本不该有的额外奖励、融合其他手段促使当事人接受指导。这时的行政指导已完全背离了行政指导的本意。实际上，法律所要控制的主要就是这样的行政指导。因为它不仅使受指导者对行政指导望而生畏、失去信心，而且使政府的“慈善”形象走向反面，从而使行政机关与相对人之间的关系处于紧张状态，不利于行政目的的实现。当然，难于控制的也是这种行政指导，尤其是具有潜在强制的行政指导。
总之，对行政指导这样的新型行政行为的法律救济要作具体分析，不可一概而论。但有一点是肯定的，从与违法的行政指导相对抗，更好地规范行政指导行为，保护相对人的合法权益这一角度讲，扩大对行政指导的正式救济途径，是重要手段之一，这种手段有时甚至比要求行政指导一定要有具体行为法的根据更为重要。
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