中国当代监狱行刑功能性层次上，惩罚机能是国家、社会和民众所组成的结构系统中所要求监狱所存在的工具主义认识，也是此系统中内化的功能；改造机能是国家、社会和民众所期待的监狱的整体的功能，是此结构系统中的外化功能，两者的功能性冲突在价值系统中不应存在着严重的对立或反向的认识，否则会产生相对的严重后果。一是可能使得行刑功能在社会功能中的需要产生偏向，偏向的风向标要么是惩罚，要么是改造，两者任何的偏向都有可能使得监狱的两个行刑机能所实现的目标都有可能达不到；二是如果两种机能冲突不能有所调谐，那么，两者冲突的最低限度不能达到社会与民众所要的期望，犯罪人、监狱与社会、民众在结构系统中可能会失去整合，即监狱的行刑机制有可能会失去社会与民众的社会性基础的支撑，则监狱的封闭性运行机制重又回到了从前。所以，从根本上说，惩罚的内化需求和改造的外化动力为当代监狱的社会功能需求奠定了深刻的社会性生成基础，两者的高度融合才不会导致监狱行刑的功能性分裂。
陈兴良教授认为，在刑罚执行阶段，必须以罪犯的再犯可能性为主要依据，采取行之有效的改造对策，把之改造成为守法公民为主要任务；在此行刑阶段，体现的是预防目的主义，实践中以罪犯改造表现为主要依据的减刑、假释制度充分体现了预防目的主义。但根据刑法总则的相关规定，对罪犯的减刑和假释都要受到相应的限制，这体现的则是以报应来限制预防，以公正或正义来限制功利。[12]应当说，陈兴良教授把综合刑论十分恰当地运用到刑罚执行理论中，以刑罚目的论来论证刑罚执行，具有重要的学术意义。但在行刑理论中，监狱的惩罚机能和改造机能的冲突的解决有着自己运行的轨道，它是传统刑罚学理论的延伸。监狱惩罚机能和改造机能的统一性的前提性基础在于两者的目标具有高度统一的可能性。(www.xing528.com)
将监狱管理和教育融合，是现实的需求，是监狱管理和教育冲突的解围之道：
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