1946年4月，根据中共中央决定，华中分局决定撤销南京工作部，建立中共南京市委，陈修良为书记。南京市委组织关系隶属于上海分局，后归上海局领导。
陈修良潜入南京担任市委书记后，第一件事就是在磨盘街42号召开市委成立会议，恢复市委。新成立的中共南京市委，陈修良任书记，刘峰任副书记，朱启銮、王明远和方休为委员。陈修良成为我党历史上第一位女市委书记。
当时南京的全部党员约220人，党员组成主要为工人党员和学生党员。工人党员方面，主要分布在浦镇铁路工厂、下关车站、浦口车站、中央商场、印刷厂、401汽车修理厂、首都电厂、三轮车工人、电讯局等。学生党员方面，临时中央大学有一个支部约十多人，钟英中学有个支部，其余多是个别党员。大中院校的教职员尚无党员，敌党、政、军、机关仅有个别党员。
为了加强对各系统的领导，南京市委陆续成立学委、工委、文委、公务员工作委员会等组织。1946年下半年，学委由王明远任书记，工委由陈慎言任书记。市委委员分工为：陈修良负责全面工作并领导情报工作；刘峰协助陈修良抓全面工作，并领导工人工作，王明远领导学生工作，朱启銮领导公务员工作，方休领导小教及店员工作。1947年春，方休被敌人注意，撒退到上海工作，陈慎言补为委员。另外成立情报部，负责人为卢伯明，由陈修良单线领导。
1952年夏，陈修良与解放战争时期中共南京地下市委情报系统负责人卢伯明（后排右）等人合影
中共南京市委在工作上贯彻党的“长期埋伏、隐蔽精干、积蓄力量、以待时机”十六字方针，充分利用合法条件，建立各种群众组织，宣传党的方针政策，在各部门发展党的力量。
中共南京市委副书记刘峰
根据中央指示，1948年5月，上海局在香港举办了几期干部训练班。参加学习的主要是上海、南京、台湾三个方面的部分负责干部。训练班以总结工作经验为主。南京市委经过讨论，决定派下列同志前去：工委方面为陈慎言、高骏、叶再生、曾群；学委方面为王明远、欧阳仪（女）、颜次青、翁礼巽、胡立峰、李照定；商场方面为陆少华；小教方面为潘家珍（女）；公务员系统为王嘉模。作为市委书记的陈修良也前去香港参加培训班，总结领导南京地下工作的经验。
在培训班上，“学习了中央文件和城市政策，特别研究了国民党反动派在逃跑前，狗急跳墙进行大屠杀和搬迁工厂、破坏工厂的可能性”。在学员讨论的基础上，陈修良写成了《建党工作总结》，报经上海局同意后由上海局发给南京市委，以指导南京地下党将工作转到配合大军、迎接南京解放的轨道上来。
随着解放战争形势的迅速变化，1948年9月，上海局给南京市委下达指示：为着执行党的总方针，“认真做到在充分准备、抓紧时机、跳跃发展的总方针下，加强与扩大自己的力量，争取群众的优势，建立战略堡垒，深入敌人心脏，来有效地发扬第二战线作战，加强支援解放战争”，应完成下列任务：
（1）继续为巩固与扩大党的组织而斗争；
（2）相机进行策反怠工破坏工作；
（4）开辟文化宣传部门工作；
（5）建立外县近郊农村党的组织和输送干部至解放区。
12月，上海局派沙文汉化名张登到南京检查指导市委工作，并传达上海局指示。沙文汉认为，以南京为中心的会战，那是决战性的。估计可能在春末夏初（最晚在夏末秋初）。因为南京会战必然在华北问题基本解决，我们后方交通补给有了充分准备（或苏北皖西地区肃清，可以就地取给），可以集中优势兵力大规模渡江，一举占领京沪敌人心脏地区（上海可能没有战争），取得决定性的胜利。以后虽然以武汉为中心，可能出现一个小型会战，但大军指向西南，不过是扫荡战的性质罢了。根据以上分析，沙文汉指出，南京的解放战还需要几个月的艰苦奋斗。长期论固然不对，但侥幸速胜论也是不对的。(www.xing528.com)
南京市委对沙文汉关于南京解放前途的看法，经过分析后，表示认可。南京市委召开会议，讨论了上海局的指示，最终由陈修良口述、朱启銮记录，整理成《中共南京市委关于最近工作致中共上海局的报告》，集中汇报了淮海战役后南京的环境和前途、各部门（店员、小教、公务员、警宪等）的工作与布置、新形势下党的组织问题等内容。
工作方向上，报告指出，今后总的方向是加强工作，配合解放军占领南京。其中心工作，分为以下五个部分：
1.群众斗争。以继续扩大、深入领导群众性生活斗争及反对机关、学校、工厂、商店迁移和裁员疏散为今后两大中心工作。指导群众开展反饥饿、要活命的生活斗争。开展以反对机关迁散迁移、阻止搬运物资器材、反对登记疏散的斗争。在被迫迁散的部门，则要求发给大量遣散费，配给食米，反对迁出宿舍，开展以坚持为主要内容的反对迁移迁散的斗争。
2.情报及策反工作。在情报及策反工作方面，报告指出，要克服过去工作中的单纯化及本位主义现象，认识情报策反工作的重要，把情报策反工作作为全党一致努力的任务。策反以当地驻在军、城防部队及重要单位的军事首长为主要对象。情报主要着重驻在军及城防部队的番号数量、分布地区、配备、长官姓名、部队素质、防守计划及其意图等。
3.警宪工作。警宪工作方面，要求各部门、各单位分头配合、展开警宪关系。在现有警员基础上，加强发展与扩大群众基础，并向巡官、分驻所这一阶层实行突击，及迅速开辟宪兵关系。
4.地区工作。报告指出，由于城市贫民、码头苦力、摊贩的大量存在及今后各产业部门群众不断大批失业，使地区工作的重要性大大提高。在敌人军事失败、后方混乱状态下，群众街头骚动带有极大的革命意义。强调通过现有少数三轮车夫及摊贩关系，广泛开展群众运动，在运动中把群众自发性的斗争与组织领导结合起来。
5.党内工作。报告强调，在条件具备的地方进行党的大发展运动，在党的基础较差和同志素质、能力薄弱的地方加强积极分子的团结工作，并建立骨干组织；加强党的布尔什维克的领导，纠正自由散漫、不守纪律的现象；必须提高警惕，加强秘密工作，严密党的组织，继续坚持稳扎稳打方针，避免敌人打击及保存力量。
根据上海局的指示以及对南京实际斗争情况的分析，中共南京市委制定了如下措施：
“一、成立策反部门，调史永负责。策反工作由上海局委托我（指陈修良）单线联系。通知全体同志，凡是在军事机关有起义可能的线索，均集中于策反部门，策反部门对上海局负责。
二、建立文化工作委员会，由王明远兼管，学生工作委员会书记由盛天任担任。文委下面还有一些报馆关系和新闻记者。利用国民党军队的演剧七队组织地下文工团。掌握电台、电讯局等机关。
三、加强警察工作委员会，任务是准备解放时维持地方治安，保卫安全。
四、建立公务员工作委员会，下面分几条线，有国民党政府、国民党中央党部、市政府的各个部门；军事机关有国防部、美军顾问团、六二兵工厂、兵工署等机关。”
渡江战役期间上海局派到南京的策反负责人沙文威（史永）
南京中共地下党的中心任务是“加强情报与策反，迎接解放军渡江”。“首先考虑加强策反工作，准备里应外合”，“在敌人溃退前，要防止破坏，保卫好人民财产，反对国民党迁移人力、物资去台湾”，“考虑为解放后的接管做好准备，以便我们能够顺利地接管城市，恢复生产。
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