5月18日，康矛召以中国人民解放军华东野战军（即第三野战军，因印信公章未及更换，仍沿旧称），受命致函“紫石英号”舰长克仁斯少校：“中国人民解放军镇江前线司令部对于英国海军军舰于4月20日侵犯中国人民解放军阵地之暴行及其所应负的责任，决定经由谈判解决”，并告，我已受镇江前线司令部指派为代表，要求对方指派相应代表举行谈判。
人民解放军同“紫石英号”的交涉从5月18日开始，大约可分为2个阶段：
第一阶段，英方推诿与我方的有限让步阶段。
5月23日，克仁斯向我军镇江前线司令部袁仲贤将军转交英国远东舰队总司令布朗特的一封信。信的主要内容是：
1.“紫石英偶然事件”的讨论已由英国大使在南京开始，此属高级外交范围之事，我无权决定在“紫石英号”舰长与中国人民解放军之间做关于4月20日不幸事件的责任问题的任何讨论。
2.不予“紫石英号”舰安全航行的唯一理由可能是它的移动影响到军事行动或者可能使舰艇陷于危险。出于任何其他理由的扣留，当然会产生最严重的国际后果。最好是将“紫石英号”舰向下游航行的事，由有关海陆军司令官之间来解决。
3.我请求准许“紫石英号”安全通过所有为中国人民解放军所控制的地方而下驶。
4.我授权克仁斯少校解释此函中任何需要解释之点并安排该舰之安全航行。
袁司令当即指出：“英国军舰侵犯中国内河及闯入中国人民解放军阵地的行为，是中国人民所不能原谅的。所谓在南京已开始的谈判完全不确。在英舰未履行其应负的责任之前，我不准备讨论其安全驶离的问题。关于英舰应履行的责任问题，可与我的代表康矛召上校商谈。”袁司令说完后起身告辞。
康矛召随后向克仁斯递交了一份备忘录，列举了4艘英舰武装侵犯中国内河和中国人民解放军阵地，造成了我方严重的伤亡和损失。因此，我们要求英国舰队的代表履行下述责任：
1.承认英国军舰上述行为是错误的，并向中国人民解放军道歉。(www.xing528.com)
2.赔偿中国人民解放军及当地人民所受之损失。
3.我方准备在英方履行上述责任之后，即与英方讨论肇事英舰及其人员撤离长江的办法。
4.本备忘录所列各项请即转报英国远东舰队总司令。
这场谈判的中心问题，是要英方承认侵犯中国内河及解放军阵地，并向我军道歉。但英方始终回避这个要害问题，并以种种借口推脱责任。在随后举行的康矛召同克仁斯的几次谈判中，康多次明确表示，在英方未履行认错、道歉、赔偿等责任之前，不拟讨论英舰撤离长江的问题。但克仁斯始终以无权讨论责任问题来推托，反而要求先讨论让“紫石英号”安全驶离的问题。
考虑到当时解放军正乘胜解放全国，千头万绪，有许多重大的事情要料理，经过中央的批准，总前委分析“不宜在这种主要表现为军事性的谈判中长期僵持”，我方决定让一步，但前提是英方必须认错。
6月20日，袁仲贤司令约见克仁斯少校，郑重表示，如果布朗特海军上将派出的代表确能尊重事实，以适当方式承认英舰未获人民解放军许可而闯入我内河和我战区的基本错误，则我方也可以考虑将放行“紫石英号”，与今后继续谈判道歉赔偿的问题分开解决。袁司令进一步表明，如果布朗特海军上将同意前述方案，即可在交换一项正式换文后，放行“紫石英号”舰。换文内容包括：英方承认基本错误；我方允许“紫石英”舰驶离；其他问题留待以后谈判解决。
第二阶段，英方拒不认错，出现僵局。
对于中方的意见，布朗特表示欢迎我方建议。6月26日，克仁斯送来布朗特25日致袁仲贤的电文：1.正式请求照准“紫石英号”安全下驶；2.承认英国皇家海军“紫石英号”未获中国人民解放军之同意而进入中国人民解放军之前线地带；3.深信阁下对所致双方之伤亡，将分感本人之深切遗憾；4.本照会不妨碍双方上级当局以后举行之继续谈判。但是在随后的换文中，英国内阁最后决定在换文中使用“不幸进入”（unfortunately entered），而坚决不用“擅自侵入”（intruded indiscreetly）。
英方这种态度，显然有违中共中央处理“紫石英号”的基本方针，即“必须英方承认不得人民解放军同意擅自侵入中国内河是错误的这一点（不着重谁先开枪，因为这是没有多大关系的，重要的是擅自侵入内河，只要是擅自进入，我军就必须打它和扣留它；也不要着重正当渡江的时机，重要的是擅自侵入人民解放军控制的内河，不管什么动机，都是不能许可的），才能释放，否则决不能释放”。
负责处理的解放军高级司令部对英方当时的态度变化做了分析，认为英方虽有可能求得解脱此案，但很有可能是想以瞒骗的手段诱我放走“紫石英号”。鉴于英方并无谈判的诚意，而我在政治、军事上都处在主动地位，国际舆论也于我有利，且让英国认错也非易事，所以中共中央决定不与英国在这一事件上长期纠缠，“我不必与之长期纠缠”。当时曾下发只限沿江各高级司令部知悉的命令，如“紫石英号”舰逃走，我沿江部队可装作不知，不予拦截，而在事后发表声明予以谴责。7月10日，解放军允许“紫石英号”从南京英国海军的油料仓库获得了60吨燃油补充，这从一个侧面证明中共并不愿长期扣留“紫石英号”。
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