蒋介石为了守住长江，特成立京沪杭警备总司令部，汤恩伯为总司令，统一指挥长江作战。另设有海军江防舰队司令部，叶义和为江防舰队司令，负责江面巡守。汤恩伯指挥范围是由上海到江西湖口止，湖口以上归武汉华中总部白崇禧负责。
汤恩伯京沪杭总部下辖4个作战指挥中心：第一是上海地区，由汤恩伯直接控制；第二是南京地区，由南京卫戍司令张耀明主持；第三是芜湖地区，由第七绥靖区司令张世希负责；第四是徽州地区，由第八兵团司令刘汝明负责。
兵力分布上，上海地区是汤恩伯直接控制的作战地区，设立淞沪警备司令部和上海防守司令部。这一地区兵力比较雄厚，计有罗泽闿所辖的第37军，该军由残破的青年军、师编组成立，美械装备，兵员素质均比其他部队好些，汤恩伯以第37军重点守备上海核心阵地浦东地区。顾锡九所辖的第123军，该部是由江苏省保安部队和部分伪军改编的，兵员虽充足但装备不好，并且成分非常复杂，该军属于顾祝同派系（顾锡九系顾祝同之族弟），原分布在常熟、苏州一带地区，最后集结到上海外围防守。舒荣所辖的第12军，该军于1948年底在淮海战场上遭歼灭性打击，1949年初调上海及浙江龙游地区整补，也被汤恩伯用以防守长江，最后阶段集结上海坚守外围阵地。该军枪械不全，兵员不足，是一个军的空架子。王秉钺所辖的第51军，该军系东北军于学忠部残存部分，1946年在山东曾被歼灭过，师长周毓英被俘，后改任王秉钺，虽系杂牌队伍，但比舒荣第12军要好些。原驻嘉兴等地区整补，后来于1949年2月被汤恩伯调上海地区防守。刘玉章所辖的第52军，系蒋介石嫡系部队，美械装备，兵员充足，战斗力较强，为汤恩伯守上海的第二个主力部队，由东北营口撤退后调驻江苏常州地区整训兼守江防。1949年4月初被汤恩伯集结到上海，原安排与第37军共守核心阵地，后因吴淞地区重要，将该军调至吴淞守备，在上海被突破时该军由吴淞海面逃往定海。阙汉骞所辖的第54军于1948年11月由葫芦岛撤出，是蒋介石嫡系部队，属于陈诚派系，该军虽装备精良，美械化，但兵力不足，附有重武器如榴弹炮等。1948年12月底，该军一度调蚌埠前线解黄维兵团之围，受阻后调回镇江一带整补兼守江防。上海紧张时被汤恩伯调集上海参加战斗。该军尚有作战能力。王克俊所辖的第21军，装备陈旧，原驻江阴一带，配合要塞部队戴戎光部防堵解放军渡江。在最后阶段也被汤恩伯使用在上海战场上。除此之外，在汤恩伯直接指挥下的部队，还有吴仲直的第75军，第6、第12等6个交警总队，以及宪兵和地方部队等，总共近30万人。总之，当时蒋介石集团仅有的精锐部队，皆掌握在汤恩伯手里。
在南京地区指挥作战的是南京卫戍总司令张耀明。下辖有刘秉哲的第28军，系蒋介石嫡系部队，属于陈诚派系，系美械装备，虽被解放军击败过，经补充后尚有战斗力。该军是张耀明的主力部队，被使用在浦口桥头阵地和以南京为中心的上下江岸，军部设在下关。其次还有第4军，从扬州地区调来南京，装备齐全。该军一小部部署在南京外围，主力则被张耀明控制为机动突击部队。再次是罗贤达的第66军，部署在以当涂为中心的沿江上下，防堵解放军渡江，军部驻当涂。此外还有两个交警总队和两个宪兵营及警察部队，完全部署在南京市内。
芜湖地区是长江防线中的战略要地。在芜湖地区负军事指挥责任的是第七绥靖区司令张世希，其所控制的部队，有杨干才的第20军，原系四川杨森残余部队改编的，杨干才是杨森的侄子。该军装备齐全，兵员充实，附有炮兵团，尚有战斗力，部署在以芜湖为中心的上下江岸，主力控制在芜湖；有驻荻港的马师恭的第88军，由伞兵总队和冯治安残余部队编凑而成，属于伞兵总队部分，武器比较优良，而编并的冯治安部分武器不全。该军兵员既不充实，派别又极端复杂，彼此排斥，人事不和，是蒋介石江防部队的薄弱环节。
徽州地区第四指挥中心，由第八兵团司令刘汝明主持。刘汝明兵团是一支精锐部队，在其控制下的部队，有于兆龙的第96军，该军是半美械装备，辖肖兆武的一个完整师和一个残破不全的师，驻南陵一带防守；曹福林的第55军，驻安徽青阳，有两个完整师，一个残破师，该军系半美械装备，尚有战斗力；驻至德的第68军，系刘汝明嫡系部队，刘汝明胞弟刘汝珍任军长，有两个美械装备的师，战斗力比较强，有一个残破师，另外有一个炮兵营和一个辎重团（步兵装备）。(www.xing528.com)
此外，国民党军还有由汤恩伯直接指挥的机动兵团，除了前述阙汉骞的第54军（辖第8、198、暂57等，驻丹阳）负有机动支援扬中、江阴间长江守备的任务外，还有胡长青的第99军（辖92、99、268等师，驻句容）、第106军（驻宁国）、第73军（驻徽州歙县）等机动部队。
京沪杭总部还辖有战车4个营又1个连（共计M5 A1战车64辆， M3 A3战车10辆，M10装炮12辆，WT15辆，并105榴炮20门），控置于上海附近地区，作为机动力量。另炮兵约5个团，置于京沪地区。
为了加强镇江南京段的江防，蒋介石派东南军政长官部（实际是保密局）的技术总队（专任破坏任务）杜长城部负责在这段江面敷设水雷，其中有水底雷、漂浮雷以及埋在沙滩上的地雷等。
国民党京沪杭警备司令部所辖各军人马统计（1949年2月）
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