在个别谈话和酝酿阶段后，4月13日晨，毛泽东函告周恩来：“今日下午双方代表团应举行一次正式会议。在此会议上，宣布从今（十三）日起，结束非正式谈判阶段，进入正式谈判阶段，其时间为十三日至十七日，共五天。在此会议上，大略解释协定草案的要点，并征求他们的意见。”“另向张治中表示，四月十七日必须决定问题。十八日以后，不论谈判成败，人民解放军必须渡江。他们派回南京的人，十四日上午去，十五日下午必须回来。南京四要员（李、于、居、童，不要张群）如愿来平，十五日至迟十六日必须到达，十七日必须举行签字式。”“应争取南京代表团六人都同意签字。如果李、何、白不愿签字，只要他们自己愿签，亦可签字。签字后他们不能回去，叫他们全体留平。如他们因南京不同意签字而不敢签，并有些人要回去，则必须争取张、邵、章三代表及四个顾问留在北平。”“今天晚上应举行各党派代表人物（十人）的会议一次。”
至此，国共北平谈判进入正式阶段。
根据毛泽东的意见，4月13日晨，周恩来交给国民党政府代表团一份《国内和平协定草案》，并通知当晚9时开始正式会议，集体谈判。
晚9时，正式会谈在中南海勤政殿举行。大厅中间横放着一张长条桌，双方代表分坐两侧。条桌两侧的后面各有三张小条桌，是双方列席和记录人员座位。周恩来率中共代表团由勤政殿东向进入会场，张治中率南京代表团由勤政殿西面进入会场，气氛十分严肃。
会议没有固定的程序。中共代表团首席代表周恩来言简意赅地阐明了中共方面的观点，对《国内和平协定（草案）》各个款项的具体内容逐项做了说明，希望南京政府代表团能够接受这个《国内和平协定（草案）》。
周恩来在发言中申明：协定草案中必须首先分清是非，说明发动内战的责任在南京国民党政府方面。并对协定草案的基本条款做了解释和说明，指出：中共对一切战犯，不问任何人，只要“能认清是非，幡然悔悟，出于真心实意，确有事实表现，因而有利于中国人民解放事业之推进，有利于用和平方法解决国内问题者，准予取消战犯罪名，给以宽大待遇”。强调：国民党反动军队是使国家蒙受变乱的祸根的所在。为使国家获得永久和平，就必须消灭这一个祸根。消灭的方式有两种，一是以武力消灭武力，一是以和平的方法改编。
张治中当场表示，在此我愿意向中共代表团申明：对于自己的错误，我们今日诚意承认；对于我们的失败，也有勇气来承认。不过前文里有若干过于刺激的字句，希望能够酌加删节。战争责任问题，希望不要作成一个条文；更不宜在条文上规定南京政府为人民革命军事委员会所辖的一个机构等。
张治中等表示原则上接受草案，并将在明天对草案提出修改意见。(www.xing528.com)
最后双方同意再做会外协商，然后定期举行第二次会议。
第一次于1时55分宣告散会。
同日，南京代表团经过一天的研究，提出了一个修正案。“这个修正案和原草案最大的不同之点是：词句力求和缓，避免刺眼的词句，同时对军队改编、联合政府两项也有若干的修正。目的完全在希望南京方面或者能够接受，使和平不致于破坏。”
此时的张治中等人无可奈何地意识到一个事实，“对国民党方面，认为失败是肯定的，我们既然注定失败，何必还一定拖累国家和人民。”“其实，即使这个修正案为中共方面接受了，南京、溪口和广州方面也是不会接受的，他们还没有那种远见和定见，我们的想法也未免太天真了！”
当晚，张治中把这个修正案交给周恩来，两人就《国内和平协定草案》的全部内容交换了意见，进行了很长时间的交谈。
15日早晨，其他南京和谈代表团代表又同中共方面代表分别交换意见，“但进展殊少”。
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