理论上，作为农村社区股份合作社的最高权力机构，股东（代表）大会可以对农村社区股份合作社的一切事项作出决议，但实际上这样做既不符合股东（代表）大会作为非常设机构的现实，从决策的成本和效率的角度看，亦无必要。农村社区股份合作社的股东（代表）大会的决议事项应仅限于“重大事项”，即涉及股东切身利益的重大事项及与农村社区股份合作社发展有关的重大问题。[17]
关于股东（代表）大会行使的职权，各地农村社区股份合作社章程的规定基本相同，具体包括：①审议批准、修改农村社区股份合作社章程；②选举、罢免董事会、监事会成员，决定其报酬事项；③审议批准董事会、监事会工作报告；④审议批准年度财务预算方案，审查年度决算方案、利润分配方案和弥补亏损方案；⑤决定农村社区股份合作社发展规划和重大投资计划；⑥决定农村社区股份合作社资产的转让、处置等重大事项；⑦审议批准股份转让方案；⑧对农村社区股份合作社增加或减少注册资本，以及合并、分立、变更、解散、清算等事项作出决议；⑨审议批准农村社区股份合作社各项规章制度；⑩审议、决定国家法律、法规、规章和政策未明确的或情况特殊的公民是否具备本农村社区股份合作社股东的资格；
审议、决定股份配置、认购及其他涉及股东切身利益重大事项的方案；
决定其他重大事项。
在股东大会与股东代表大会并存的模式下，农村社区股份合作社的章程中划分了股东大会和股东代表大会行使的职权，股东大会职权包括上述第①、⑧、⑩、
项以及审议、决定1/10以上有选举权股东提出异议的股东代表会议表决通过的事项，其余重大事项归属于股东代表大会的职权范围。[18](www.xing528.com)
相较于《公司法》有关股东会和股东大会职权的规定，除了农村社区股份合作社特有的决定事项外，农村社区股份合作社的股东（代表）大会的职权与《公司法》的规定并无实质差异。农村社区股份合作社股东（代表）大会决定的特殊事项，如股东资格认定、股权转让等，是与农村社区股份合作社具有的社区性和封闭性密不可分的，虽然有限责任公司有人合性的要求，但其封闭程度远没有农村社区股份合作社高。以股权转让为例，有限公司的股权内部转让自由，股权外部转让须经其他股东过半数同意，公司股东可以就股权转让事项书面通知其他股东征求其同意即可，但在《公司法》上股东股权转让并不属于需要股东（大）会决定的事项，与之相反，农村社区股份合作社的股东（代表）大会有权审议批准股权转让方案。
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