如前所述，由于农村社区股份合作社股权的功能受限、股权价值不能实现完全市场化等因素的制约，农村社区股份合作社的股权在现阶段还不具备在市场进行自由流转的条件。农村社区股份合作制改革的一个重要目标，是通过产权制度改革创新来有效保护农村集体资产，制止非法侵占农业、农村资源的行为，避免农业、农村资源的外流。因此，在股份合作制改革初期，为了保证不让外部人侵占村集体资源性资产，损害村集体天然成员作为真正所有者的权益，以及避免外部人入股甚至控股削弱社区的公共目标，适当限制股权流转是适当和必要的。[54]
为了解决资源的合理配置与农村现实情况之间的矛盾，可以通过以下途径来逐步实现农村社区股份合作社的股权流转：
（1）明确能够对外转让股权的农村社区股份合作社的范围。目前很多农村社区股份合作社不具备股权对外流转的条件，但是对于已撤村建居，集体所有土地已全部被征收或转为非农建设用地，已妥善安排好成员的养老、医疗等社会保障，集体资产已全部量化到人的农村社区股份合作社，已基本不承担社会保障及提供其他公共服务的职能，无须再限制其股权流转，因此应当允许这类农村社区股份合作社股权的自由流转。
（2）确定股权的价值，创造股权流转的公平环境。股权应在平等、自愿、协商的基础上以公平合理的价格进行转让，为此，应建立相关的股权评估机构对农村社区股份合作社的资产和股权价值进行定期评估，并加大信息披露力度，将评估结果及时向股东公告，定期公布资产质量、每股资产净值、收益状况以及整体运行情况，尽量避免由于信息不对称导致股东利益受损的情况发生。(www.xing528.com)
（3）设立股权流转的程序。为了实现股权流转，需要设置必要的形式要件和转让程序，比如，转让双方应签订股权转让协议，农村社区股份合作社应及时办理股权变更登记手续等。农村社区股份合作社章程还可规定股权转让须经股东（代表）大会讨论同意。股权向外流转时，股东的权利义务原则上随股权移转，具体办法应由股东（代表）大会讨论确定。此外，可以通过创建股权交易平台的方式来规范股权流转，佛山市南海区即在2013年率先探索建立了农村集体经济组织成员股权管理交易平台，此平台分为“成员管理、股权管理、分红管理、特殊群体管理”四大模块，通过股权管理平台确权的股东可以进行股权交易流转，如转让、继承、赠与、抵押、担保等。不过南海区的股权流转仍仅限于农村社区股份合作社内部。[55]
在允许农村社区股份合作社股权对外流转后，为了真正实现股权的价值，股权的功能与作用也应该相应予以拓展，比如允许以农村社区股份合作社的股权进行质押等。在农村产权制度改革推行较早的浙江省，多个地区都已允许以农村社区股份合作社的股权质押，如慈溪市就出台了《慈溪市股份经济合作社股权质押贷款管理办法（试行）》，允许借款人以自己或第三人持有的农村社区股份合作社的股权在慈溪农村合作银行进行质押贷款，质押的股权的价值以股权面值和股权证发证日至贷款授信日期间股份经济合作社的净资产增减变化情况合理确定，贷款额度最高不超过其所提供质押股权评估价的70%。借款人办理质押贷款前，在农村社区股份合作社财务会计部门办理股权质押登记手续。如果借款人到期不能偿还借款，银行可以选择拍卖、变卖质押的股权或者由农村社区股份合作社回购，即先由股份经济合作社偿还贷款本息，再将债权及所质押的股权转让给农村社区股份合作社。[56]
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