农村社区股份合作社可以通过直接注册成公司或作为出资人设立公司的形式满足对外经营的需求，但是目前农村社区股份合作社承担了大量社区公共职能，且该状态在短期内难以完全改变，而农村社区股份合作社直接注册成公司需要满足《公司法》的要求，且与其他公司承担同样的纳税义务，这是有欠妥当的。
农村社区股份合作社作为集体资产的管理主体，同时还承担着一定的社区公共职能。立法上鼓励农村集体经济组织举办各种教育事业、兴办医疗卫生设施及开展群众性的卫生活动等。[34]实践中，农村集体经济组织承担了村里绝大部分的公共开支，农村集体经济组织的收入往往优先用于村（社）公共开支，如教育、合作医疗、公共道路、水电、环卫、治安等方面，甚至包括村委会、基层党组织的开支，剩余部分才用于成员分配。[35]有些地方的农村集体经济组织所承担的公共开支占其收入的30%～40%，有些地区甚至超出其总收入。[36]可见，包括农村社区股份合作社在内的农村集体经济组织并不是纯粹的经济组织，它还承担了本应属于政府职责的公共产品供给与社会保障的重任。
通常认为，税收的必要性在于它能在一定程度上缓解公共产品领域存在的市场失灵，是最重要的提供公共产品的手段，它对社会收入进行再分配，进而成为宏观调控和保障经济与社会稳定的政策工具。而国家享有课税权的正当性也恰恰在于国家的公共职能，各国征税的直接目的是用于提供公共产品。[37]然而，政府为农村配给的公共产品远不及城市，也远不能满足农民们的需求，因此提供公共产品的重任落在了能够创造收入的农村集体经济组织身上。要求农村社区股份合作社承担农村公共产品供给和税赋负担（无论是直接的还是间接的）的双重压力是缺乏正当性基础的，也不利于农村社区股份合作社自身的发展以及发挥其带动农村经济发展的功能。(www.xing528.com)
将农村社区股份合作社创设为一类新型企业法人的同时应为其制定税收优惠政策，如在缴纳所得税前扣除其承担社区公共职能部分的支出，对其直接经营所得的收入实行优惠税率，或者允许其在应纳所得税税额中抵扣符合条件的公共支出等。但是对于农村社区股份合作社作为出资人设立的公司或集体企业所取得的收入，则应与普通企业承担同样的纳税义务，同时也不应对农村社区股份合作社的下设企业课以承担社区公共职能的法定义务。[38]
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